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- PDB-5tck: Second Bromodomain from Leishmania donovani LdBPK.091320 complexe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tck
タイトルSecond Bromodomain from Leishmania donovani LdBPK.091320 complexed with Bromosporine
要素Uncharacterized protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Bromodomain / Structural Genomics Consortium (SGC)
機能・相同性: / Bromodomain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / BETA-MERCAPTOETHANOL / Bromosporine / SULFUR OXIDE / Bromodomain family protein
機能・相同性情報
生物種Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Lin, L.-H. / Hou, C.F.D. / Loppnau, P. / Dong, A. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Hui, R. / Walker, J.R. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Second Bromodomain from Leishmania donovani LdBPK.091320 complexed with Bromosporine
著者: Lin, L.-H. / Hou, C.F.D. / Loppnau, P. / Dong, A. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Hui, R. / Walker, J.R. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2016年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / pdbx_struct_oper_list
Item: _audit_author.name / _citation_author.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22025年4月2日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,10410
ポリマ－35,9192
非ポリマー1,1858
水3,081171
1
A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5525
ポリマ－17,9591
非ポリマー5934
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5525
ポリマ－17,9591
非ポリマー5934
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.245, 74.086, 106.412
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 17959.279 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 161-300 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania donovani (strain BPK282A1) (ドノバンリーシュマニア)
株: BPK282A1 / 遺伝子: LDBPK_091320 / プラスミド: pET15-MHL / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus-RIL / 参照: UniProt: E9BA17

-
非ポリマー , 5種, 179分子

#2: 化合物 ChemComp-BMF / Bromosporine / ethyl (3-methyl-6-{4-methyl-3-[(methylsulfonyl)amino]phenyl}[1,2,4]triazolo[4,3-b]pyridazin-8-yl)carbamate / ブロモスポリン


分子量: 404.444 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H20N6O4S
#3: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#4: 化合物 ChemComp-SX / SULFUR OXIDE / スルフィニル


分子量: 48.064 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: OS
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: The protein was crystallized at 293 K with 1% w/v Tryptone, 0.001 M Sodium azide, 0.05 M HEPES sodium pH 7.0, 12% w/v Polyethylene glycol 3,350 with Bromosporine using the sitting drop method.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 20521 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 36.86 Å2 / Net I/σ(I): 24.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
Arcimboldo位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→26.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU R Cruickshank DPI: 0.441 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.2 / SU Rfree Blow DPI: 0.166 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.161
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 1020 5 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs0.198 20392 99.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 39.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.3466 Å20 Å20 Å2
2---0.3451 Å20 Å2
3---3.6918 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.95→26.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2161 0 76 171 2408
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0094512HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.628064HARMONIC3.8
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d997SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes50HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes735HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4512HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.27
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.15
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion296SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5144SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.06 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 137 4.75 %
Rwork0.211 2750 -
all0.213 2887 -
obs--98.76 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.70860.1985-0.04262.23510.27521.01820.0112-0.04430.01520.03020.01110.01040.0894-0.0495-0.0223-0.2874-0.03380.0177-0.30520.0038-0.346915.791855.803515.5496
20.28610.55620.15931.25370.42630.08-0.03110.01720.0429-0.11580.01520.1210.01320.00490.01590.09360.0177-0.01350.12160.01110.08732.963783.61265.3673
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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