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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ta0 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of BuGH86E322Q in complex with neoagarooctaose | |||||||||
![]() | Glycoside Hydrolase | |||||||||
![]() | HYDROLASE / (alpha/beta)6 barrel / glycoside hydrolase | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Jelly Rolls - #1200 / Porphyranase catalytic subdomain 1 / Beta-porphyranase A, C-terminal / beta porphyranase A C-terminal / Porphyranase catalytic subdomain 1 / Glycoside hydrolase superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Pluvinage, B. / Boraston, A.B. / Abbott, W.D. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Molecular basis of an agarose metabolic pathway acquired by a human intestinal symbiont. 著者: Pluvinage, B. / Grondin, J.M. / Amundsen, C. / Klassen, L. / Moote, P.E. / Xiao, Y. / Thomas, D. / Pudlo, N.A. / Anele, A. / Martens, E.C. / Inglis, G.D. / Uwiera, R.E.R. / Boraston, A.B. / Abbott, D.W. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 307 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 248.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 781.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 792.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 59.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 91 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 74747.688 Da / 分子数: 2 / 変異: E322Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: NP1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 多糖 | beta-D-galactopyranose-(1-4)-3,6-anhydro-alpha-L-galactopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)- ...beta-D-galactopyranose-(1-4)-3,6-anhydro-alpha-L-galactopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-3,6-anhydro-alpha-L-galactopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose | |
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-非ポリマー , 5種, 1363分子 ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 化合物 | ChemComp-GOL / #6: 化合物 | ChemComp-CA / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.72 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 0.16M CaOAc, 0.1M Na cacodylate, 17.5% PEG 8000, 5% glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.984 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→85.9 Å / Num. obs: 256936 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 15.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.48 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.324 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / CC1/2: 0.952 / % possible all: 93.4 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 70.9 Å2 / Biso mean: 13.685 Å2 / Biso min: 4.76 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.4→82.88 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
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