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- PDB-5t9x: Crystal structure of BuGH16Bwt -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5t9x
タイトルCrystal structure of BuGH16Bwt
要素Glycoside Hydrolase
キーワードHYDROLASE / (alpha/beta)6 barrel / glycoside hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-agarase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Beta-agarase / Glycoside hydrolase family 16 / Glycosyl hydrolases family 16 (GH16) domain profile. / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / Glycoside Hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides uniformis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Pluvinage, B. / Boraston, A.B.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Molecular basis of an agarose metabolic pathway acquired by a human intestinal symbiont.
著者: Pluvinage, B. / Grondin, J.M. / Amundsen, C. / Klassen, L. / Moote, P.E. / Xiao, Y. / Thomas, D. / Pudlo, N.A. / Anele, A. / Martens, E.C. / Inglis, G.D. / Uwiera, R.E.R. / Boraston, A.B. / Abbott, D.W.
履歴
登録2016年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycoside Hydrolase
B: Glycoside Hydrolase
C: Glycoside Hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,6339
ポリマ－117,3573
非ポリマー2766
水7,098394
1
A: Glycoside Hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2113
ポリマ－39,1191
非ポリマー922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Glycoside Hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2113
ポリマ－39,1191
非ポリマー922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Glycoside Hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2113
ポリマ－39,1191
非ポリマー922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.070, 109.070, 239.300
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Glycoside Hydrolase


分子量: 39118.957 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides uniformis (バクテリア)
株: NP1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A2D0TCD1*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 394 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.44 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2 M NaCl, 0.1 M imidazole-HCl, 0.4 M NaH2PO4/1.6 M K2HPO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1.28215 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.28215 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→99.25 Å / Num. obs: 50683 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.549 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / CC1/2: 0.721 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0155精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4AWD

4awd


解像度: 2.5→99.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 6.908 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.277 / ESU R Free: 0.209
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2062 2469 4.9 %RANDOM
Rwork0.1661 ---
obs0.1681 48136 99.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 90.2 Å2 / Biso mean: 31.203 Å2 / Biso min: 11.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→99.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7211 0 18 394 7623
Biso mean--44.03 30.28 -
残基数----889
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0197423
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026605
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6041.9210089
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.988315237
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.9615886
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.17924.392378
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.984151184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6911539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.21037
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0218446
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021781
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0483.0163553
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0483.0153552
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3854.5144436
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 201 -
Rwork0.249 3492 -
all-3693 -
obs--99.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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