[日本語] English
万見
- PDB-4nao: Crystal structure of EasH -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nao
タイトルCrystal structure of EasH
要素Putative oxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / jelly-roll fold / Fe binding
機能・相同性
機能・相同性情報


indole alkaloid biosynthetic process / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む / dioxygenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Phytanoyl-CoA dioxygenase / Phytanoyl-CoA dioxygenase (PhyH) / q2cbj1_9rhob like domain / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXOGLUTARIC ACID / : / Dioxygenase easH
類似検索 - 構成要素
生物種Claviceps purpurea (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.649 Å
データ登録者Janke, R. / Havemann, J. / Vogel, D. / Keller, U. / Loll, B.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: Cyclolization of d-lysergic Acid alkaloid peptides.
著者: Havemann, J. / Vogel, D. / Loll, B. / Keller, U.
履歴
登録2013年10月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月5日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Putative oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3965
ポリマ－36,8891
非ポリマー5074
水3,405189
1
A: Putative oxygenase
ヘテロ分子

A: Putative oxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,79210
ポリマ－73,7772
非ポリマー1,0158
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area6970 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area23600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.304, 91.304, 79.189
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-503-

HOH

21A-525-

HOH

31A-640-

HOH

41A-651-

HOH

51A-653-

HOH

詳細The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis: -y+1,-x+1,-z+1/2

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Putative oxygenase


分子量: 36888.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Claviceps purpurea (菌類) / 株: D11 / 遺伝子: easH1 / プラスミド: pQE80 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha / 参照: UniProt: G8GV69

-
非ポリマー , 5種, 193分子

#2: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.01 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 40% (v/v) PEG 600, 125 mM Na3citrate at pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 1.24908 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月22日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.24908 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.62→40 Å / Num. all: 80988 / Num. obs: 80988 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 8.4 % / Biso Wilson estimate: 20.32 Å2
反射 シェル解像度: 1.62→1.66 Å / 冗長度: 5.1 % / % possible all: 96.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
SHARP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.649→36.326 Å / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.51 / 位相誤差: 16.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1819 3859 5.01 %RANDOM
Rwork0.1571 ---
obs0.1583 76981 99.81 %-
all-76981 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.649→36.326 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2240 0 22 189 2451
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0132406
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4693268
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.989956
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.107355
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007432
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6488-1.66890.21731310.22142506X-RAY DIFFRACTION97
1.6689-1.690.25181370.20392620X-RAY DIFFRACTION99
1.69-1.71220.24231420.18732604X-RAY DIFFRACTION100
1.7122-1.73570.23481320.18782600X-RAY DIFFRACTION100
1.7357-1.76050.19041350.18042650X-RAY DIFFRACTION100
1.7605-1.78670.18861350.17082574X-RAY DIFFRACTION100
1.7867-1.81470.2061360.17732609X-RAY DIFFRACTION100
1.8147-1.84440.17481400.172640X-RAY DIFFRACTION100
1.8444-1.87620.18811370.16822599X-RAY DIFFRACTION100
1.8762-1.91030.20671400.16142620X-RAY DIFFRACTION100
1.9103-1.94710.22171360.15262630X-RAY DIFFRACTION100
1.9471-1.98680.16741390.14682638X-RAY DIFFRACTION100
1.9868-2.030.14481370.14192600X-RAY DIFFRACTION100
2.03-2.07720.18221360.14442637X-RAY DIFFRACTION100
2.0772-2.12920.21381380.14812598X-RAY DIFFRACTION100
2.1292-2.18670.16881400.1472615X-RAY DIFFRACTION100
2.1867-2.25110.16861390.14692605X-RAY DIFFRACTION100
2.2511-2.32370.18551450.14812627X-RAY DIFFRACTION100
2.3237-2.40680.19181360.15382627X-RAY DIFFRACTION100
2.4068-2.50310.19771340.15272589X-RAY DIFFRACTION100
2.5031-2.6170.14681410.15672626X-RAY DIFFRACTION100
2.617-2.75490.18811400.15332608X-RAY DIFFRACTION100
2.7549-2.92740.19291410.1592624X-RAY DIFFRACTION100
2.9274-3.15340.18791370.1642621X-RAY DIFFRACTION100
3.1534-3.47050.16321410.15492596X-RAY DIFFRACTION100
3.4705-3.97210.15921430.14292635X-RAY DIFFRACTION100
3.9721-5.00240.17391400.13342600X-RAY DIFFRACTION100
5.0024-36.33470.19341310.19322624X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.05990.3204-0.04633.7341.00973.57690.0243-0.00130.01270.1567-0.0038-0.5751-0.12770.6826-0.10170.0986-0.0325-0.01670.2194-0.02790.180887.041433.469736.2698
21.26570.08850.22061.5130.31522.054-0.0107-0.14120.04310.2014-0.05650.16620.1245-0.19420.03460.1235-0.03390.02190.108-0.01330.133467.448432.346837.228
30.92410.1460.14361.72230.71161.70710.0275-0.1164-0.04010.20340.013-0.0670.16350.1219-0.03430.105-0.01560.02040.10830.00560.130773.147628.424335.4863
42.1553-0.2969-0.01755.82872.70263.6794-0.2029-0.06140.37930.01280.01460.3261-0.57580.02840.15090.28650.0022-0.03480.15250.04460.257863.439943.747516.7815
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 10:36)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 37:146)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 147:273)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 274:309)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る