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- PDB-5t9j: Crystal Structure of human GEN1 in complex with Holliday junction... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5t9j
タイトルCrystal Structure of human GEN1 in complex with Holliday junction DNA in the upper interface
要素
  • DNA (5'-D(*DAP*DCP*DGP*DAP*DTP*DGP*DGP*DAP*DGP*DCP*DCP*DGP*DCP*DTP*DAP*DGP*DGP*DCP*DTP*DC)-3')
  • DNA (5'-D(*DGP*DAP*DAP*DTP*DTP*DCP*DCP*DGP*DGP*DAP*DTP*DTP*DAP*DGP*DGP*DGP*DAP*DTP*DGP*DC)-3')
  • DNA (5'-D(*DGP*DAP*DGP*DCP*DCP*DTP*DAP*DGP*DCP*DGP*DTP*DCP*DCP*DGP*DGP*DAP*DAP*DTP*DTP*DC)-3')
  • DNA (5'-D(*DGP*DCP*DAP*DTP*DCP*DCP*DCP*DTP*DAP*DAP*DGP*DCP*DTP*DCP*DCP*DAP*DTP*DCP*DGP*DT)-3')
  • Flap endonuclease GEN homolog 1
キーワードHYDROLASE / protein-DNA complex / Holliday junction resolvase / structure-specific endonuclease / DNA four-way junction
機能・相同性
機能・相同性情報


resolution of mitotic recombination intermediates / resolution of DNA recombination intermediates / positive regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / crossover junction DNA endonuclease activity / regulation of centrosome duplication / 5'-flap endonuclease activity / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / replication fork processing / four-way junction DNA binding / double-strand break repair via homologous recombination ...resolution of mitotic recombination intermediates / resolution of DNA recombination intermediates / positive regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / crossover junction DNA endonuclease activity / regulation of centrosome duplication / 5'-flap endonuclease activity / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / replication fork processing / four-way junction DNA binding / double-strand break repair via homologous recombination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / centrosome / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
Flap endonuclease GEN, chromatin organization modifier domain / Chromatin organization modifier domain 2 / XPG/Rad2 endonuclease / XPG, N-terminal / XPG-I domain / XPG N-terminal domain / XPG I-region / Xeroderma pigmentosum G I-region / Xeroderma pigmentosum G N-region / Helix-hairpin-helix motif, class 2 ...Flap endonuclease GEN, chromatin organization modifier domain / Chromatin organization modifier domain 2 / XPG/Rad2 endonuclease / XPG, N-terminal / XPG-I domain / XPG N-terminal domain / XPG I-region / Xeroderma pigmentosum G I-region / Xeroderma pigmentosum G N-region / Helix-hairpin-helix motif, class 2 / Helix-hairpin-helix class 2 (Pol1 family) motifs / 5'-3' exonuclease, C-terminal domain superfamily / PIN-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Flap endonuclease GEN homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 3.00012743215 Å
データ登録者Lee, S.-H. / Biertumpfel, C.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Max Planck SocietyMax Planck Research Group Leader Program ドイツ
引用ジャーナル: Elife / 年: 2015
タイトル: Human Holliday junction resolvase GEN1 uses a chromodomain for efficient DNA recognition and cleavage.
著者: Lee, S.H. / Princz, L.N. / Klugel, M.F. / Habermann, B. / Pfander, B. / Biertumpfel, C.
履歴
登録2016年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flap endonuclease GEN homolog 1
B: Flap endonuclease GEN homolog 1
C: DNA (5'-D(*DGP*DAP*DAP*DTP*DTP*DCP*DCP*DGP*DGP*DAP*DTP*DTP*DAP*DGP*DGP*DGP*DAP*DTP*DGP*DC)-3')
D: DNA (5'-D(*DGP*DCP*DAP*DTP*DCP*DCP*DCP*DTP*DAP*DAP*DGP*DCP*DTP*DCP*DCP*DAP*DTP*DCP*DGP*DT)-3')
E: DNA (5'-D(*DAP*DCP*DGP*DAP*DTP*DGP*DGP*DAP*DGP*DCP*DCP*DGP*DCP*DTP*DAP*DGP*DGP*DCP*DTP*DC)-3')
F: DNA (5'-D(*DGP*DAP*DGP*DCP*DCP*DTP*DAP*DGP*DCP*DGP*DTP*DCP*DCP*DGP*DGP*DAP*DAP*DTP*DTP*DC)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,75823
ポリマ－141,3286
非ポリマー1,43017
水41423
1
A: Flap endonuclease GEN homolog 1
C: DNA (5'-D(*DGP*DAP*DAP*DTP*DTP*DCP*DCP*DGP*DGP*DAP*DTP*DTP*DAP*DGP*DGP*DGP*DAP*DTP*DGP*DC)-3')
D: DNA (5'-D(*DGP*DCP*DAP*DTP*DCP*DCP*DCP*DTP*DAP*DAP*DGP*DCP*DTP*DCP*DCP*DAP*DTP*DCP*DGP*DT)-3')
E: DNA (5'-D(*DAP*DCP*DGP*DAP*DTP*DGP*DGP*DAP*DGP*DCP*DCP*DGP*DCP*DTP*DAP*DGP*DGP*DCP*DTP*DC)-3')
F: DNA (5'-D(*DGP*DAP*DGP*DCP*DCP*DTP*DAP*DGP*DCP*DGP*DTP*DCP*DCP*DGP*DGP*DAP*DAP*DTP*DTP*DC)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,87916
ポリマ－82,9335
非ポリマー94511
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11820 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area54740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.940, 86.940, 200.724
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32
Space group name HallP32
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYLEULEU(chain A and (resseq 2 or (resid 3 and (name...AA2 - 192 - 19
12ASNASNLYSLYS(chain A and (resseq 2 or (resid 3 and (name...AA21 - 4221 - 42
13METMETMETMET(chain A and (resseq 2 or (resid 3 and (name...AA4444
14GLYGLYSERSER(chain A and (resseq 2 or (resid 3 and (name...AA46 - 4746 - 47
15METMETMETMET(chain A and (resseq 2 or (resid 3 and (name...AA4949
16PROPROPROPRO(chain A and (resseq 2 or (resid 3 and (name...AA51 - 7951 - 79
17ARGARGSERSER(chain A and (resseq 2 or (resid 3 and (name...AA93 - 10093 - 100
18SERSERASPASP(chain A and (resseq 2 or (resid 3 and (name...AA102 - 208102 - 208
19LEULEULYSLYS(chain A and (resseq 2 or (resid 3 and (name...AA210 - 219210 - 219
110GLNGLNARGARG(chain A and (resseq 2 or (resid 3 and (name...AA221 - 240221 - 240
111ASNASNASNASN(chain A and (resseq 2 or (resid 3 and (name...AA242242
112GLUGLUILEILE(chain A and (resseq 2 or (resid 3 and (name...AA311 - 316311 - 316
113LYSLYSCYSCYS(chain A and (resseq 2 or (resid 3 and (name...AA318 - 323318 - 323
114GLYGLYLYSLYS(chain A and (resseq 2 or (resid 3 and (name...AA325 - 466325 - 466
215GLYGLYLEULEU(chain B and (resseq 2 or (resid 3 and (name...BB2 - 192 - 19
216ASNASNLYSLYS(chain B and (resseq 2 or (resid 3 and (name...BB21 - 4221 - 42
217METMETMETMET(chain B and (resseq 2 or (resid 3 and (name...BB4444
218GLYGLYSERSER(chain B and (resseq 2 or (resid 3 and (name...BB46 - 4746 - 47
219METMETMETMET(chain B and (resseq 2 or (resid 3 and (name...BB4949
220PROPROPROPRO(chain B and (resseq 2 or (resid 3 and (name...BB51 - 7951 - 79
221ARGARGSERSER(chain B and (resseq 2 or (resid 3 and (name...BB93 - 10093 - 100
222SERSERASPASP(chain B and (resseq 2 or (resid 3 and (name...BB102 - 208102 - 208
223LEULEULYSLYS(chain B and (resseq 2 or (resid 3 and (name...BB210 - 219210 - 219
224GLNGLNARGARG(chain B and (resseq 2 or (resid 3 and (name...BB221 - 240221 - 240
225ASNASNASNASN(chain B and (resseq 2 or (resid 3 and (name...BB242242
226GLUGLUILEILE(chain B and (resseq 2 or (resid 3 and (name...BB311 - 316311 - 316
227LYSLYSCYSCYS(chain B and (resseq 2 or (resid 3 and (name...BB318 - 323318 - 323
228GLYGLYLYSLYS(chain B and (resseq 2 or (resid 3 and (name...BB325 - 466325 - 466

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Flap endonuclease GEN homolog 1


分子量: 58394.574 Da / 分子数: 2 / 断片: extended nuclease domain / 変異: D30N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GEN1 / プラスミド: pCB-a-bax10 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pRIL
参照: UniProt: Q17RS7, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素

-
DNA鎖 , 4種, 4分子 CDEF

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*DGP*DAP*DAP*DTP*DTP*DCP*DCP*DGP*DGP*DAP*DTP*DTP*DAP*DGP*DGP*DGP*DAP*DTP*DGP*DC)-3')


分子量: 6134.967 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA strand 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA synthesis / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*DGP*DCP*DAP*DTP*DCP*DCP*DCP*DTP*DAP*DAP*DGP*DCP*DTP*DCP*DCP*DAP*DTP*DCP*DGP*DT)-3')


分子量: 6159.979 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA strand 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA synthesis / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*DAP*DCP*DGP*DAP*DTP*DGP*DGP*DAP*DGP*DCP*DCP*DGP*DCP*DTP*DAP*DGP*DGP*DCP*DTP*DC)-3')


分子量: 6029.905 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA strand 3 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA synthesis / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#5: DNA鎖 DNA (5'-D(*DGP*DAP*DGP*DCP*DCP*DTP*DAP*DGP*DCP*DGP*DTP*DCP*DCP*DGP*DGP*DAP*DAP*DTP*DTP*DC)-3')


分子量: 6214.027 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA strand 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA synthesis / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 40分子

#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.31 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM MES-NaOH, 200 mM NaCl, ratio sample:crystallizing agent 2:1

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.999950,0.978940,1.254730
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月9日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.999951
20.978941
31.254731
反射解像度: 3→75.29 Å / Num. obs: 34063 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.27 % / Biso Wilson estimate: 93.16 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 18.4
反射 シェル解像度: 3→3.14 Å / 冗長度: 6.42 % / Rmerge(I) obs: 0.907 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / CC1/2: 0.649 / % possible all: 98.8

-
位相決定

位相決定手法: 多重同系置換・異常分散
Phasing set
ID
1
2
3
Phasing MIR解像度: 3→70.5 Å / FOM acentric: 0.145 / FOM centric: 0 / Reflection acentric: 33597 / Reflection centric: 0
Phasing MIR der

Native set-ID: 1 / Power centric: 0 / Reflection centric: _ / 解像度: 3→70.5 Å

IDDer set-IDPower acentricReflection acentric
ISO_11033596
ISO_221.01112584
ISO_330.94510197
Phasing MIR der shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Der-IDPower acentricPower centricReflection acentricReflection centric
13.1970.5ISO_1003600
9.4113.19ISO_1006850
7.719.41ISO_1009020
6.687.71ISO_10010450
5.986.68ISO_10012150
5.475.98ISO_10013090
5.065.47ISO_10014450
4.745.06ISO_10015480
4.474.74ISO_10016080
4.244.47ISO_10017480
4.044.24ISO_10017970
3.874.04ISO_10019190
3.723.87ISO_10019950
3.583.72ISO_10020350
3.463.58ISO_10021710
3.353.46ISO_10021740
3.253.35ISO_10023480
3.163.25ISO_10023640
3.083.16ISO_10024390
33.08ISO_10024890
13.1970.5ISO_22.22603600
9.4113.19ISO_21.62106850
7.719.41ISO_21.23209020
6.687.71ISO_20.93010450
5.986.68ISO_20.662012150
5.475.98ISO_20.439013090
5.065.47ISO_20.267014450
4.745.06ISO_20.163015480
4.474.74ISO_20.108016080
4.244.47ISO_20.073017480
4.044.24ISO_20.04807190
3.874.04ISO_20000
3.723.87ISO_20000
3.583.72ISO_20000
3.463.58ISO_20000
3.353.46ISO_20000
3.253.35ISO_20000
3.163.25ISO_20000
3.083.16ISO_20000
33.08ISO_20000
13.1970.5ISO_31.29903590
9.4113.19ISO_31.51306850
7.719.41ISO_31.34209020
6.687.71ISO_31.188010450
5.986.68ISO_31.091012150
5.475.98ISO_30.865013090
5.065.47ISO_30.703014450
4.745.06ISO_30.566015480
4.474.74ISO_30.408015840
4.244.47ISO_30.2301050
4.044.24ISO_30000
3.874.04ISO_30000
3.723.87ISO_30000
3.583.72ISO_30000
3.463.58ISO_30000
3.353.46ISO_30000
3.253.35ISO_30000
3.163.25ISO_30000
3.083.16ISO_30000
33.08ISO_30000
Phasing MIR shell
解像度 (Å)FOM acentricFOM centricReflection acentricReflection centric
13.19-70.50.93603600
9.41-13.190.88206850
7.71-9.410.81409030
6.68-7.710.705010450
5.98-6.680.581012150
5.47-5.980.436013090
5.06-5.470.325014450
4.74-5.060.241015480
4.47-4.740.163016080
4.24-4.470.036017480
4.04-4.240.008017970
3.87-4.040019190
3.72-3.870019950
3.58-3.720020350
3.46-3.580021710
3.35-3.460021740
3.25-3.350023480
3.16-3.250023640
3.08-3.160024390
3-3.080024890

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoSHARP位相決定
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3.00012743215→75.29 Å / SU ML: 0.4473414622 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.75747278652 / 位相誤差: 24.8888082375
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.240618520154 1720 5.06881207085 %RANDOM
Rwork0.198883324577 ---
obs0.20088296201 33933 99.9469824158 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å
原子変位パラメータBiso mean: 128.704550473 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.00012743215→75.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6298 1589 92 23 8002
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009848151954158385
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.62291716293411473
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03944698185531252
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003062920067811178
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.48187876464690
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0001-3.08840.3567417888741420.2874177766652672X-RAY DIFFRACTION100
3.0884-3.18810.2890219035861420.2868955101032690X-RAY DIFFRACTION99.9647017296
3.1881-3.3020.2984589011751540.2387233699742649X-RAY DIFFRACTION100
3.302-3.43430.2523542120521580.2126738030922695X-RAY DIFFRACTION100
3.4343-3.59050.2769130152421210.2175920378452717X-RAY DIFFRACTION99.9295774648
3.5905-3.77980.2594877990541620.2148756607342687X-RAY DIFFRACTION100
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7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 2 through 74 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 75 through 123 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 124 through 205 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 206 through 308 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 309 through 352 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 353 through 468 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 1 through 15 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 16 through 20 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 1 through 5 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 6 through 10 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 11 through 20 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'E' and (resid 1 through 5 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 6 through 15 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 16 through 19 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'F' and (resid 2 through 6 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'F' and (resid 7 through 20 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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