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万見
- PDB-5t8v: Chaetomium thermophilum cohesin loader SCC2, C-terminal fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5t8v
タイトルChaetomium thermophilum cohesin loader SCC2, C-terminal fragment
要素Putative uncharacterized protein
キーワードCELL CYCLE / cohesin loader / heat repeats
機能・相同性
機能・相同性情報


mitotic cohesin loading / regulation of gene expression / chromatin binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Sister chromatid cohesion C-terminal domain / HEAT repeat associated with sister chromatid cohesion protein / Scc2/Nipped-B family / Sister chromatid cohesion C-terminus / HEAT repeat associated with sister chromatid cohesion / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Sister chromatid cohesion protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.798 Å
Model detailsThis C-terminal fragment of SCC2 extends from residue 385 to 1840.
データ登録者Tomchick, D.R. / Yu, H. / Kikuchi, S. / Ouyang, Z. / Borek, D. / Otwinowski, Z.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of the cohesin loader Scc2 and insight into cohesinopathy.
著者: Kikuchi, S. / Borek, D.M. / Otwinowski, Z. / Tomchick, D.R. / Yu, H.
履歴
登録2016年9月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月16日Group: Database references
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,5922
ポリマ－162,4001
非ポリマー1921
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.733, 88.779, 160.296
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.170, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein


分子量: 162400.016 Da / 分子数: 1 / 断片: SCC2 C-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0032310 / プラスミド: pFastBacHT / Cell (発現宿主): insect / 細胞株 (発現宿主): BTI-Tn-5B1-4 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: G0S557
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.87 % / Mosaicity: 0.293 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: 9% (w/v) PEG 6,000, 150 mM sodium citrate pH 5.2, 5 mM TCEP, 150 mM NaCl, 20 mM Tris pH 7.5, 15% ethylene glycol.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97935 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月12日 / 詳細: MONOCHROMATOR
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→36.24 Å / Num. obs: 51321 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 44.64 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.121 / Χ2: 0.934 / Net I/av σ(I): 15.196 / Net I/σ(I): 6.7 / Num. measured all: 229634
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.7-2.753.81.1030.448197.9
2.75-2.840.980.561199.1
2.8-2.854.20.8730.574199.4
2.85-2.914.30.8130.64199.9
2.91-2.974.40.7090.731100
2.97-3.044.50.6410.7621100
3.04-3.124.60.5290.8331100
3.12-3.24.60.410.8891100
3.2-3.34.60.3190.9261100
3.3-3.44.60.2450.9541100
3.4-3.524.60.2170.9571100
3.52-3.664.60.1550.9781100
3.66-3.834.60.1190.9861100
3.83-4.034.60.0940.9911100
4.03-4.294.60.0690.9941100
4.29-4.624.60.0590.9961100
4.62-5.084.60.0580.9951100
5.08-5.814.50.0610.9951100
5.81-7.324.40.0480.9971100
7.32-36.244.40.0290.999199.1

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データスケーリング
MLPHARE位相決定
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-3000データ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.798→36.24 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.36
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2673 2004 4.52 %random
Rwork0.2275 ---
obs0.2293 44294 95.5 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 211.44 Å2 / Biso mean: 58.3625 Å2 / Biso min: 8.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.798→36.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10314 0 18 0 10332
Biso mean--98.91 --
残基数----1315
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00310477
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.48814164
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0361686
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031799
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4366492
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7982-2.86820.36441000.32662041214165
2.8682-2.94570.33671100.31082633274384
2.9457-3.03230.35551470.32929307693
3.0323-3.13010.32981320.29423043317598
3.1301-3.24190.30251590.28423084324399
3.2419-3.37170.31341450.28331883333100
3.3717-3.5250.31021490.25431393288100
3.525-3.71070.26311540.23931783332100
3.7107-3.94290.29081480.223131233271100
3.9429-4.24690.24041560.207931603316100
4.2469-4.67350.2411540.179431573311100
4.6735-5.34790.22581480.181331813329100
5.3479-6.73070.26411510.230931943345100
6.7307-36.24320.20011510.17573240339199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.226-0.11980.40091.7813-0.23472.3525-0.071-0.2870.00240.1882-0.0125-0.07450.0976-0.40260.08550.0627-0.00340.02780.2735-0.01630.2791-36.50456.746523.4467
23.05350.103-1.2130.8140.00631.5607-0.01210.4797-0.172-0.1596-0.03610.31730.1375-0.34570.06960.102-0.01020.01680.22390.0120.4018-22.14959.83023.5572
31.01670.3432-0.2152.6005-0.40552.27350.01710.0722-0.0632-0.15710.0031-0.00440.07350.0785-0.02540.08860.02370.01370.06930.07290.1623-1.292367.89880.1415
43.0251-0.43670.8863.0798-0.68392.5715-0.032-0.36540.26640.9716-0.2019-0.2875-0.72540.1863-0.01990.01830.02870.11470.18390.05240.2432.010775.975715.8901
50.27350.1927-1.42660.7606-2.71694.3533-0.06660.33150.0907-0.47020.2520.3630.2644-0.3617-0.06650.5691-0.1134-0.1010.40110.04880.26993.821492.5805-42.2352
63.8288-1.3784-1.33091.96880.59081.83350.1920.32070.2861-0.1682-0.0192-0.0868-0.28350.0903-0.18060.5771-0.146-0.0510.42510.20020.457825.1838103.533-80.2288
71.85421.2363-0.8993.3364-0.48981.6545-0.09360.2912-0.0697-0.39170.12810.09830.2801-0.1497-0.03850.5647-0.0828-0.07510.37160.06280.370520.7781.0053-77.2541
81.67860.29610.62974.2557-0.83452.0140.3996-0.0442-0.37250.3306-0.1758-0.0571-0.0355-0.0922-0.18560.6145-0.0268-0.12280.41320.0730.538819.164551.1642-58.6146
93.8152-0.541-1.4644.3407-3.25313.38290.41770.13990.6294-0.0142-0.1535-0.8634-0.21560.6692-0.24120.85260.1375-0.13830.65270.11791.274438.189933.5853-57.7608
102.0786-0.8781-0.5833.3684-0.21422.5707-0.1547-0.5903-0.21910.9564-0.2175-0.54410.01580.66740.24150.8343-0.0913-0.24530.59960.20480.759824.480942.9638-46.8667
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 388 through 602 )A388 - 602
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 603 through 698 )A603 - 698
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 699 through 878 )A699 - 878
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 879 through 971)A879 - 971
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 972 through 1295)A972 - 1295
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 1296 through 1378)A1296 - 1378
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 1379 through 1579)A1379 - 1579
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 1580 through 1698)A1580 - 1698
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 1699 through 1751)A1699 - 1751
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 1752 through 1840)A1752 - 1840

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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