PDB-5t87: Crystal structure of CDI complex from Cupriavidus taiwanensis LMG...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5t87

タイトル

Crystal structure of CDI complex from Cupriavidus taiwanensis LMG 19424

要素

CdiA toxin
CdiI immunity protein

キーワード

TOXIN / Contact-dependent growth inhibition / antitoxin / immunity protein / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Structure-Function Analysis of Polymorphic CDI Toxin-Immunity Protein Complexes / UC4CDI

機能・相同性

機能・相同性情報

catalytic activity / toxin activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Cupriavidus taiwanensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Michalska, K. / Joachimiak, G. / Jedrzejczak, R. / Hayes, C.S. / Goulding, C.W. / Joachimiak, A. / Structure-Function Analysis of Polymorphic CDI Toxin-Immunity Protein Complexes (UC4CDI) / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2018
タイトル: Target highlights from the first post-PSI CASP experiment (CASP12, May-August 2016).
著者: Kryshtafovych, A. / Albrecht, R. / Basle, A. / Bule, P. / Caputo, A.T. / Carvalho, A.L. / Chao, K.L. / Diskin, R. / Fidelis, K. / Fontes, C.M.G.A. / Fredslund, F. / Gilbert, H.J. / Goulding, ...

履歴

登録	2016年9月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年9月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2018年2月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.4	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2024年10月9日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/5t87 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/5t87	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5t86
類似構造データ	5kau-d 3v32-2 3v34-2 6hh2-d 1nuk-d 4jmj-d 3qp1-d 6wl5-1 6y7g-1 1v3a-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC111437 TargetTrack: MCSG-CPX200302

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CdiI immunity protein

B: CdiI immunity protein

C: CdiI immunity protein

D: CdiI immunity protein

E: CdiA toxin

F: CdiA toxin

G: CdiA toxin

H: CdiA toxin

86.3 kDa, 8 ポリマー
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1

A: CdiI immunity protein

E: CdiA toxin

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3

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4

D: CdiI immunity protein

H: CdiA toxin

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単位格子

Length a, b, c (Å)	107.097, 107.097, 315.271
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: タンパク質	CdiI immunity protein 分子量: 13100.101 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cupriavidus taiwanensis (strain DSM 17343 / BCRC 17206 / CIP 107171 / LMG 19424 / R1) (バクテリア) 株: DSM 17343 / BCRC 17206 / CIP 107171 / LMG 19424 / R1 / 遺伝子: RALTA_A1586 / プラスミド: pMCSG81 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B3R1C2
#2: タンパク質	CdiA toxin 分子量: 8487.235 Da / 分子数: 4 / Fragment: catalytic domain / 由来タイプ: 組換発現詳細: The cloned fragment is longer and starts with T3228 of the original sequence, however purified complex was treated with trypsin prior to crystallization. The provided sequence corresponds to ...詳細: The cloned fragment is longer and starts with T3228 of the original sequence, however purified complex was treated with trypsin prior to crystallization. The provided sequence corresponds to the most likely fragment obtained after cleavage. 由来: (組換発現) Cupriavidus taiwanensis (strain DSM 17343 / BCRC 17206 / CIP 107171 / LMG 19424 / R1) (バクテリア) 株: DSM 17343 / BCRC 17206 / CIP 107171 / LMG 19424 / R1 / 遺伝子: RALTA_A1585 / プラスミド: pMCSG81 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B3R1C1
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.74 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 0.1 M Mg acetate, 0.1 M Na acetate, 8% PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9791519 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月24日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791519 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 42464 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.2 % / CC_1/2: 0.894 / R_merge(I) obs: 0.143 / Net I/σ(I): 12.84
反射シェル	解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.693 / Mean I/σ(I) obs: 1.45 / % possible all: 96.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
SBC-Collect		データ収集

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.4→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 20.794 / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.311 / ESU R Free: 0.23 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24697	1086	2.6 %	RANDOM
R_work	0.21528	-	-	-
obs	0.21613	41076	98.66 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.62 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.37 Å²	0.69 Å²	0 Å²
2-	-	1.37 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.4→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5814	0	0	144	5958

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	5974
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	5590
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.321	1.95	8104
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.938	3	12803
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.819	5	747
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.307	23.344	305
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.524	15	920
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.716	15	63
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	888
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	6908
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1425
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.117	3.437	2997
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.111	3.436	2996
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.931	5.137	3741
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.931	5.138	3742
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.235	3.579	2976
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.235	3.579	2977
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.039	5.302	4364
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.708	26.881	6594
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.697	26.852	6578
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.403→2.465 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.263	80	-
R_work	0.337	2706	-
obs	-	-	90.43 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5756	0.0207	-1.4049	0.0098	-0.059	2.4446	0.0757	-0.108	0.1048	0.0044	-0.0666	-0.0034	0.2423	0.2187	-0.0091	0.1729	-0.068	0.028	0.3565	0.0127	0.0147	-1.8721	36.0794	36.0504
2	7.6555	-2.3075	-1.8248	3.1676	-0.4992	3.335	0.1036	0.2556	0.3332	-0.0894	-0.026	0.0504	-0.4972	-0.0149	-0.0776	0.155	-0.0452	0.045	0.2028	0.0228	0.101	-5.0567	46.9913	25.0759
3	7.8716	1.8301	-2.5846	4.5789	-1.2165	1.4355	0.1978	-0.2383	0.8927	-0.2131	-0.1246	0.0883	-0.1514	-0.0075	-0.0732	0.2346	-0.0498	0.0549	0.231	-0.027	0.2438	-2.5574	51.6064	31.0187
4	9.4706	0.2822	9.4921	3.8342	1.0248	9.6589	-0.0799	-0.1011	-0.3963	-0.0502	0.4953	-0.1473	-0.0976	-0.0127	-0.4153	0.227	-0.0734	-0.0183	0.1615	-0.0056	0.106	-25.7195	73.5461	50.7596
5	0.7935	0.4742	-0.0161	0.3329	-0.3533	2.3966	-0.0923	0.0809	-0.0969	-0.0516	0.0512	-0.0661	0.0145	-0.0349	0.0411	0.2151	-0.1338	-0.0199	0.2249	-0.0069	0.0623	-32.0174	57.093	42.2932
6	7.0906	-2.6784	1.1637	1.0669	-0.3596	0.3421	0.1588	-0.2169	-0.1349	-0.038	-0.0064	0.0014	0.0716	-0.118	-0.1523	0.1847	-0.0516	-0.018	0.214	0.0019	0.1489	-38.7853	56.3494	54.4172
7	0.0772	0.0063	-0.3261	0.1828	0.2524	1.8148	-0.0282	0.0179	0.0282	-0.0849	0.0728	0.0434	0.0371	0.0101	-0.0445	0.1922	-0.1459	-0.0162	0.2612	0.032	0.0512	-26.0032	30.8614	50.6935
8	4.277	-0.3264	0.019	1.0005	0.9335	1.1349	0.0662	-0.0237	-0.084	-0.0338	-0.0066	0.0528	-0.1485	0.0997	-0.0597	0.2283	-0.1171	0.0087	0.2253	0.0117	0.0677	-20.7476	37.7332	59.9122
9	1.4369	4.1721	2.1736	14.9202	4.903	4.4404	0.1927	-0.0132	-0.0018	0.5686	-0.1244	-0.0584	0.0155	0.1724	-0.0683	0.1952	-0.0783	0.0371	0.2103	0.0014	0.1784	-8.275	35.4331	64.0029
10	4.2886	-1.4829	5.2872	2.7292	-2.5868	6.8765	0.1117	0.261	-0.1997	-0.0279	0.0659	0.1295	0.2352	0.2586	-0.1777	0.1738	-0.0204	0.0786	0.2688	-0.0239	0.0895	-29.6619	13.0907	20.6232
11	0.6832	0.1504	-0.518	0.9465	-0.6571	1.3697	-0.0387	0.0889	-0.0395	0.0746	0.0658	-0.0667	0.0512	0.0139	-0.0271	0.2306	-0.1099	0.006	0.2335	0.0305	0.0519	-32.5746	20.4418	31.5296
12	6.1421	3.9413	-1.6522	3.2054	-2.3583	3.7805	0.1065	-0.0269	0.5448	0.0966	-0.0193	0.324	-0.1839	-0.3586	-0.0872	0.1874	-0.0225	0.0317	0.2068	0.0122	0.0939	-43.82	25.7324	32.0922
13	0.651	-1.3345	0.1229	2.75	-0.3745	4.4421	0.0375	-0.0599	0.0797	-0.0294	0.0549	-0.1369	-0.6114	0.4056	-0.0924	0.1744	-0.2312	0.0606	0.3796	-0.1027	0.089	0.8496	50.4177	48.0283
14	0.152	0.626	0.5646	2.7027	2.4697	2.2948	0.0338	-0.0332	-0.0047	-0.0533	-0.0468	-0.0695	-0.1051	-0.0162	0.013	0.3081	-0.1669	0.045	0.1947	0.0339	0.311	4.4442	58.0105	40.2629
15	9.9092	0.7619	1.0775	19.131	-16.3885	14.3427	-0.3826	-0.2339	-0.7166	-0.2254	-0.2751	-0.9009	0.1394	0.1863	0.6577	0.3003	-0.154	0.033	0.225	-0.161	0.3966	3.5362	65.5282	48.2821
16	1.6989	-1.6772	0.0482	5.9307	-0.9542	1.4313	0.0969	0.0962	-0.1898	0.0086	-0.0273	0.6248	-0.2086	-0.1492	-0.0696	0.2572	-0.0771	0.0025	0.1712	-0.024	0.1117	-34.6273	72.7776	57.3634
17	0.9146	-0.1187	-1.0511	2.354	0.5425	1.2787	-0.0845	0.1194	-0.151	0.0868	-0.1085	0.1378	0.102	-0.1519	0.193	0.2117	-0.0983	-0.0119	0.3101	-0.0147	0.0352	-37.1087	67.812	56.7276
18	3.4438	-2.9523	1.919	4.3525	0.6317	5.8383	-0.1214	0.3142	-0.2042	0.4831	-0.0184	0.1908	-0.0357	-0.0497	0.1398	0.2452	0.0948	-0.0084	0.3136	-0.0705	0.2061	-44.5027	74.5906	67.9393
19	1.8179	0.0748	1.18	3.8125	-1.2197	1.2357	0.0514	0.0311	-0.0649	-0.092	-0.0707	-0.1675	0.0659	0.1422	0.0193	0.2173	-0.0687	-0.0138	0.2306	0.0247	0.024	-19.314	22.1235	68.3858
20	13.8837	-11.8741	3.0494	13.909	2.53	7.8477	-0.6426	0.4101	0.4747	0.917	-0.1534	0.084	0.2436	0.1755	0.796	0.2338	0.0612	-0.0421	0.3666	0.0764	0.1194	-15.167	18.9719	79.7694
21	14.9007	0.4928	-8.4556	17.0028	-6.5706	7.1437	-0.9171	-0.5172	-0.06	0.4941	0.7836	-0.2482	0.3698	0.0486	0.1335	0.2982	0.1773	-0.1182	0.2605	0.0009	0.2709	-7.1024	16.4083	78.4117
22	2.3282	0.2148	0.7651	0.599	1.3087	3.2432	0.0087	0.3602	-0.1803	-0.0437	-0.1012	0.0742	-0.1543	-0.4402	0.0925	0.2048	-0.068	-0.0198	0.379	-0.0028	0.0397	-47.0154	20.5156	14.3202
23	1.3603	-0.911	-1.2352	0.6109	0.8294	1.1351	0.0635	0.2299	-0.1039	-0.0571	-0.1525	0.0752	-0.1082	-0.1591	0.0891	0.1334	-0.1474	-0.0338	0.2892	0.059	0.0759	-48.0463	21.3533	19.6325
24	0.6185	1.7932	-1.0698	6.3416	-3.823	2.3132	0.3459	0.2059	0.307	0.506	0.3468	1.1732	-0.3013	-0.1657	-0.6927	0.4447	0.1459	0.0162	0.4721	-0.0557	0.3936	-62.0263	21.0159	16.0926

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 77
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	78 - 96
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	97 - 115
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	2 - 8
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	9 - 95
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	96 - 114
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	2 - 57
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	58 - 109
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	110 - 116
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	2 - 19
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	20 - 94
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	95 - 116
13	X-RAY DIFFRACTION	13	E	169 - 212
14	X-RAY DIFFRACTION	14	E	213 - 229
15	X-RAY DIFFRACTION	15	E	230 - 237
16	X-RAY DIFFRACTION	16	F	168 - 204
17	X-RAY DIFFRACTION	17	F	205 - 229
18	X-RAY DIFFRACTION	18	F	230 - 241
19	X-RAY DIFFRACTION	19	G	168 - 230
20	X-RAY DIFFRACTION	20	G	231 - 236
21	X-RAY DIFFRACTION	21	G	237 - 242
22	X-RAY DIFFRACTION	22	H	169 - 199
23	X-RAY DIFFRACTION	23	H	200 - 233
24	X-RAY DIFFRACTION	24	H	234 - 238

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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