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- PDB-5t6y: HLA-B*57:01 presenting TSTFEDVKILAF -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5t6y
タイトルHLA-B*57:01 presenting TSTFEDVKILAF
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • Decapeptide: THR-SER-THR-PHE-GLU-ASP-VAL-LYS-ILE-LEU-ALA-PHE
  • HLA class I histocompatibility antigen, B-57 alpha chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / human leukocyte antigen Immunoglobulin domain antigen presentation
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of ATPase-coupled calcium transmembrane transporter activity / adaptive thermogenesis / negative regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / tRNA modification in the nucleus and cytosol / tRNA methylation / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / cytoplasmic side of endoplasmic reticulum membrane ...negative regulation of ATPase-coupled calcium transmembrane transporter activity / adaptive thermogenesis / negative regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / tRNA modification in the nucleus and cytosol / tRNA methylation / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / cytoplasmic side of endoplasmic reticulum membrane / lipid homeostasis / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / detection of bacterium / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / secretory granule membrane / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / positive regulation of receptor binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / sensory perception of smell / MHC class I protein complex / defense response / negative regulation of neurogenesis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / Modulation by Mtb of host immune system / Interferon alpha/beta signaling / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / protein-folding chaperone binding / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / early endosome membrane / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / adaptive immune response / amyloid fibril formation / learning or memory / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / Golgi membrane / innate immune response / signaling receptor binding / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / cell surface / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
THADA/TRM732, DUF2428 / THADA/TRM732, DUF2428 / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / : / Beta-2-Microglobulin ...THADA/TRM732, DUF2428 / THADA/TRM732, DUF2428 / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / : / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Armadillo-type fold / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / Beta-2-microglobulin / Thyroid adenoma-associated protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Pymm, P. / Rossjohn, J. / Vivian, J.P.
引用ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / 年: 2017
タイトル: MHC-I peptides get out of the groove and enable a novel mechanism of HIV-1 escape.
著者: Pymm, P. / Illing, P.T. / Ramarathinam, S.H. / O'Connor, G.M. / Hughes, V.A. / Hitchen, C. / Price, D.A. / Ho, B.K. / McVicar, D.W. / Brooks, A.G. / Purcell, A.W. / Rossjohn, J. / Vivian, J.P.
履歴
登録2016年9月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月19日Group: Database references
改定 1.22017年8月9日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: diffrn_source / struct / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct.title
改定 1.32023年10月4日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, B-57 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Decapeptide: THR-SER-THR-PHE-GLU-ASP-VAL-LYS-ILE-LEU-ALA-PHE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1917
ポリマ－44,8563
非ポリマー3354
水5,441302
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5510 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area19030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.707, 82.043, 110.095
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, B-57 alpha chain / Bw-57 / MHC class I antigen B*57


分子量: 31736.172 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 25-300 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-B, HLAB / プラスミド: pET-30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P18465, UniProt: P01889*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11748.160 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: pET-30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P61769

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質・ペプチド Decapeptide: THR-SER-THR-PHE-GLU-ASP-VAL-LYS-ILE-LEU-ALA-PHE


分子量: 1371.554 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: Q6YHU6*PLUS

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非ポリマー , 3種, 306分子

#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 302 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.82 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 12 -20 % PEG 4000, 0.2 M ammonium acetate and 0.1 M tri-sodium citrate pH 5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→41.022 Å / Num. obs: 45709 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 1.76→1.85 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.682 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 90.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2RFX

2rfx


解像度: 1.76→41.022 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.87
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2189 2267 4.97 %
Rwork0.1778 --
obs0.1799 45606 98.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.76→41.022 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3162 0 22 302 3486
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073283
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.034450
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2911217
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046456
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004585
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7603-1.79850.35071040.30492087X-RAY DIFFRACTION78
1.7985-1.84040.31331680.24092700X-RAY DIFFRACTION100
1.8404-1.88640.24751190.22822747X-RAY DIFFRACTION100
1.8864-1.93740.25421700.2142681X-RAY DIFFRACTION100
1.9374-1.99440.25021350.20112706X-RAY DIFFRACTION100
1.9944-2.05880.24281280.19832770X-RAY DIFFRACTION100
2.0588-2.13240.24291330.19632705X-RAY DIFFRACTION100
2.1324-2.21770.26281310.18692762X-RAY DIFFRACTION100
2.2177-2.31870.20171240.18542733X-RAY DIFFRACTION100
2.3187-2.44090.2261540.18642719X-RAY DIFFRACTION100
2.4409-2.59380.25151350.19212738X-RAY DIFFRACTION100
2.5938-2.7940.2221480.20162755X-RAY DIFFRACTION100
2.794-3.07510.27851420.19582760X-RAY DIFFRACTION100
3.0751-3.51990.211470.172775X-RAY DIFFRACTION100
3.5199-4.43390.17981640.13792806X-RAY DIFFRACTION100
4.4339-41.03260.15751650.1382895X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -12.1393 Å / Origin y: 9.1884 Å / Origin z: -18.646 Å
111213212223313233
T0.1156 Å2-0.0007 Å2-0.0136 Å2-0.091 Å20.0002 Å2--0.1396 Å2
L0.9905 °2-0.0616 °2-0.2578 °2-0.3297 °20.084 °2--0.4014 °2
S-0.0192 Å °-0.0166 Å °-0.1386 Å °0.0279 Å °-0.0182 Å °0.0201 Å °0.019 Å °-0.0209 Å °0.0309 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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