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万見
- PDB-5t6x: HLA-B*57:01 presenting TSTTSVASSW -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5t6x
タイトルHLA-B*57:01 presenting TSTTSVASSW
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • Decapeptide: THR-SER-THR-THR-SER-VAL-ALA-SER-SER-TRP
  • HLA class I histocompatibility antigen, B-57 alpha chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / human leukocyte antigen Immunoglobulin domain antigen presentation
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-glutamic acid modification / regulation of blastocyst development / protein-glutamic acid ligase activity / tubulin-glutamic acid ligase activity / protein polyglutamylation / 9+0 non-motile cilium / 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成） / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation ...peptidyl-glutamic acid modification / regulation of blastocyst development / protein-glutamic acid ligase activity / tubulin-glutamic acid ligase activity / protein polyglutamylation / 9+0 non-motile cilium / 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成） / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / detection of bacterium / tubulin binding / secretory granule membrane / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / regulation of erythrocyte differentiation / HFE-transferrin receptor complex / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / defense response / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / microtubule cytoskeleton organization / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Interferon gamma signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / Interferon alpha/beta signaling / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / protein-folding chaperone binding / negative regulation of neuron projection development / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / adaptive immune response / amyloid fibril formation / microtubule / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / immune response / cilium / ciliary basal body / endoplasmic reticulum lumen / Amyloid fiber formation / Golgi membrane / signaling receptor binding / lysosomal membrane / innate immune response / external side of plasma membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / cell surface / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Tubulin-tyrosine ligase/Tubulin polyglutamylase / Tubulin-tyrosine ligase family / TTL domain profile. / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin ...Tubulin-tyrosine ligase/Tubulin polyglutamylase / Tubulin-tyrosine ligase family / TTL domain profile. / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / Beta-2-microglobulin / Tubulin monoglutamylase TTLL4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.686 Å
データ登録者Pymm, P. / Rossjohn, J. / Vivian, J.P.
引用ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / 年: 2017
タイトル: MHC-I peptides get out of the groove and enable a novel mechanism of HIV-1 escape.
著者: Pymm, P. / Illing, P.T. / Ramarathinam, S.H. / O'Connor, G.M. / Hughes, V.A. / Hitchen, C. / Price, D.A. / Ho, B.K. / McVicar, D.W. / Brooks, A.G. / Purcell, A.W. / Rossjohn, J. / Vivian, J.P.
履歴
登録2016年9月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月19日Group: Database references
改定 1.22017年8月9日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: diffrn_source / struct / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct.title
改定 1.32023年10月4日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, B-57 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Decapeptide: THR-SER-THR-THR-SER-VAL-ALA-SER-SER-TRP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,6024
ポリマ－44,5103
非ポリマー921
水3,243180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4540 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area18670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.527, 81.667, 109.614
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, B-57 alpha chain / Bw-57 / MHC class I antigen B*57


分子量: 31736.172 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP resiudes 25-300 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-B, HLAB / プラスミド: pET-30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P18465, UniProt: P01889*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11748.160 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP resiudes 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: pET-30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド Decapeptide: THR-SER-THR-THR-SER-VAL-ALA-SER-SER-TRP


分子量: 1026.056 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: Q14679*PLUS
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.69 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 12 -20 % PEG 4000, 0.2 M ammonium acetate and 0.1 M tri-sodium citrate pH 5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.686→42.968 Å / Num. obs: 49434 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 1.7→1.78 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.581 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 92.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2RFX

2rfx


解像度: 1.686→42.968 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.56
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2443 1999 4.05 %
Rwork0.2085 --
obs0.21 49389 95.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.686→42.968 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3131 0 6 180 3317
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073242
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0484404
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8091199
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043454
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005579
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6859-1.7280.30421260.25783000X-RAY DIFFRACTION86
1.728-1.77480.28841460.24593459X-RAY DIFFRACTION98
1.7748-1.8270.33221460.24523451X-RAY DIFFRACTION98
1.827-1.8860.26871450.24063441X-RAY DIFFRACTION98
1.886-1.95340.26331460.2263456X-RAY DIFFRACTION98
1.9534-2.03160.25871430.22493405X-RAY DIFFRACTION97
2.0316-2.1240.26561450.22173426X-RAY DIFFRACTION97
2.124-2.2360.24381440.22453431X-RAY DIFFRACTION96
2.236-2.37610.2671420.2263373X-RAY DIFFRACTION96
2.3761-2.55950.22561440.22383396X-RAY DIFFRACTION95
2.5595-2.81710.28331440.23193399X-RAY DIFFRACTION95
2.8171-3.22460.27281410.21353353X-RAY DIFFRACTION94
3.2246-4.06220.19651420.18113375X-RAY DIFFRACTION93
4.0622-42.98210.19281450.15523425X-RAY DIFFRACTION90
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 62.8002 Å / Origin y: 90.9499 Å / Origin z: 128.0198 Å
111213212223313233
T0.0617 Å2-0.0044 Å2-0.0101 Å2-0.0472 Å20.0048 Å2--0.0663 Å2
L0.6017 °20.0784 °2-0.0608 °2-0.3001 °2-0.1527 °2--0.1694 °2
S-0.0208 Å °-0.0254 Å °-0.1131 Å °-0.0053 Å °-0.0253 Å °-0.0005 Å °0.0113 Å °0.0262 Å °-0.021 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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