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- PDB-5t6j: Structure of the MIND Complex Shows a Regulatory Focus of Yeast K... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5t6j | ||||||
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Title | Structure of the MIND Complex Shows a Regulatory Focus of Yeast Kinetochore Assembly | ||||||
![]() |
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![]() | CELL CYCLE / kinetochore / complex / chromosome / segregation / MIND / Mis12 / Mtw1 / Spc24 / Spc25 / Ndc80 / Nuf2 | ||||||
Function / homology | ![]() centromere clustering / MIS12/MIND type complex / Ndc80 complex / sister chromatid biorientation / spindle attachment to meiosis I kinetochore / attachment of spindle microtubules to kinetochore / mitotic sister chromatid segregation / Neutrophil degranulation / chromosome segregation / kinetochore ...centromere clustering / MIS12/MIND type complex / Ndc80 complex / sister chromatid biorientation / spindle attachment to meiosis I kinetochore / attachment of spindle microtubules to kinetochore / mitotic sister chromatid segregation / Neutrophil degranulation / chromosome segregation / kinetochore / spindle pole / microtubule binding / cell division / identical protein binding / nucleus Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Valverde, R. / Jenni, S. / Dimitrova, Y. / Khin, Y. / Harrison, S.C. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structure of the MIND Complex Defines a Regulatory Focus for Yeast Kinetochore Assembly. Authors: Dimitrova, Y.N. / Jenni, S. / Valverde, R. / Khin, Y. / Harrison, S.C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 87.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 440.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 11.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5t51C ![]() 5t58C ![]() 5t59C ![]() 2ftxS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 6942.951 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: ATCC 204508 / S288c / Gene: SPC24, YMR117C, YM9718.16C / Production host: ![]() ![]() |
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#2: Protein | Mass: 10030.358 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Residues S130, N131, A132 are left over from the TEV protease cleavage site. Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: ATCC 204508 / S288c / Gene: SPC25, YER018C / Production host: ![]() ![]() |
#3: Protein/peptide | Mass: 1450.723 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: ATCC 204508 / S288c / Gene: DSN1, YIR010W, YIB10W / Production host: ![]() ![]() |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.38 Å3/Da / Density % sol: 48.26 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.1 M HEPES, pH 7.0-7.5, 1.0 M potassium sodium tartrate, 0.2 M lithium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Feb 12, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.999965 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.75→42.944 Å / Num. obs: 18161 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 17.6 % / Net I/σ(I): 25.3 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 2FTX Resolution: 1.752→42.944 Å / SU ML: 0.27 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 30.85 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.752→42.944 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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