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- PDB-5t5w: Structure of an affinity matured lambda-IFN/IFN-lambdaR1/IL-10Rbe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5t5w
タイトルStructure of an affinity matured lambda-IFN/IFN-lambdaR1/IL-10Rbeta receptor complex
要素
  • Interferon lambda receptor 1
  • Interferon lambda-3
  • Interleukin-10 receptor subunit beta
キーワードCYTOKINE/CYTOKINE RECEPTOR / receptor / cytokine / CYTOKINE-CYTOKINE RECEPTOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-10 receptor activity / response to type III interferon / interleukin-28 receptor complex / mucosal immune response / positive regulation of cellular respiration / type III interferon-mediated signaling pathway / interleukin-10-mediated signaling pathway / regulation of defense response to virus by host / cytokine receptor activity / Other interleukin signaling ...interleukin-10 receptor activity / response to type III interferon / interleukin-28 receptor complex / mucosal immune response / positive regulation of cellular respiration / type III interferon-mediated signaling pathway / interleukin-10-mediated signaling pathway / regulation of defense response to virus by host / cytokine receptor activity / Other interleukin signaling / Interleukin-20 family signaling / negative regulation of viral genome replication / Interleukin-10 signaling / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / coreceptor activity / cytokine activity / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / positive regulation of immune response / cellular response to virus / cytokine-mediated signaling pathway / signaling receptor activity / defense response to virus / immune response / inflammatory response / signaling receptor binding / negative regulation of cell population proliferation / innate immune response / signal transduction / extracellular space / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Interferon lambda / Interferon lambda superfamily / Interleukin-28A / Interferon/interleukin receptor domain / Interferon-alpha/beta receptor, fibronectin type III / : / Tissue factor / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily ...Interferon lambda / Interferon lambda superfamily / Interleukin-28A / Interferon/interleukin receptor domain / Interferon-alpha/beta receptor, fibronectin type III / : / Tissue factor / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-10 receptor subunit beta / Interferon lambda receptor 1 / Interferon lambda-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.847 Å
データ登録者Mendoza, J.L. / Jude, K.M. / Garcia, K.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1U19AI109662 米国
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2017
タイトル: The IFN-lambda-IFN-lambda R1-IL-10R beta Complex Reveals Structural Features Underlying Type III IFN Functional Plasticity.
著者: Mendoza, J.L. / Schneider, W.M. / Hoffmann, H.H. / Vercauteren, K. / Jude, K.M. / Xiong, A. / Moraga, I. / Horton, T.M. / Glenn, J.S. / de Jong, Y.P. / Rice, C.M. / Garcia, K.C.
履歴
登録2016年8月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月5日Group: Database references
改定 1.22017年8月9日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set / Item: _pdbx_related_exp_data_set.data_reference
改定 1.32017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42018年8月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set / Item: _pdbx_related_exp_data_set.data_reference
改定 1.52019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.72021年3月24日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / entity_src_gen
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.82023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.92024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-10 receptor subunit beta
B: Interferon lambda receptor 1
C: Interferon lambda-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,3256
ポリマ－69,6613
非ポリマー6643
水32418
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5090 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area25820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.790, 106.790, 129.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

-
要素

#1: タンパク質 Interleukin-10 receptor subunit beta / IL-10RB / Cytokine receptor class-II member 4 / Cytokine receptor family 2 member 4 / CRF2-4 / ...IL-10RB / Cytokine receptor class-II member 4 / Cytokine receptor family 2 member 4 / CRF2-4 / Interleukin-10 receptor subunit 2 / IL-10R2


分子量: 25045.900 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 20-220 / 変異: N49Q, N68Q, N102Q, N161Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL10RB, CRFB4, D21S58, D21S66 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q08334
#2: タンパク質 Interferon lambda receptor 1 / IFN-lambda-R1 / Cytokine receptor class-II member 12 / Cytokine receptor family 2 member 12 / CRF2- ...IFN-lambda-R1 / Cytokine receptor class-II member 12 / Cytokine receptor family 2 member 12 / CRF2-12 / Interleukin-28 receptor subunit alpha / IL-28RA / Likely interleukin or cytokine receptor 2 / LICR2


分子量: 24703.340 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 21-230 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IFNLR1, IL28RA, LICR2 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8IU57
#3: タンパク質 Interferon lambda-3 / IFN-lambda-3 / Cytokine Zcyto22 / Interleukin-28B / IL-28B / Interleukin-28C / IL-28C


分子量: 19911.914 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 34-195 / 変異: Q15R, E73D, H120R, T150A, V163E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IFNL3, IL28B, IL28C, ZCYTO22 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q8IZI9
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: .2 M Ca acetate, .1 M Imidazole pH 8.0, 10% PEG8000, 3% sucrose

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.999975 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月7日
放射モノクロメーター: multilayer / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999975 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.847→46.241 Å / Num. obs: 20507 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 21 % / Biso Wilson estimate: 106.7 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 24.14
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2% possible all
2.85-2.92213.2431.130.47799.8
2.92-32.2351.730.699100
3-3.091.6522.420.769100
3.09-3.181.0134.090.901100
3.18-3.290.7485.570.943100
3.29-3.40.4938.210.976100
3.4-3.530.34511.390.986100
3.53-3.680.21617.320.994100
3.68-3.840.15922.010.997100
3.84-4.030.11328.660.99899.9
4.03-4.240.09135.80.998100
4.24-4.50.07342.510.999100
4.5-4.810.0648.480.999100
4.81-5.20.05652.160.999100
5.2-5.690.05652.420.999100
5.69-6.370.05652.370.999100
6.37-7.350.04955.861100
7.35-90.04261.571100
9-12.730.03763.411100
12.730.0459.540.99994.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSOct 15, 2015データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3OG6, 3LQM

3og6

3lqm


解像度: 2.847→46.241 Å / SU ML: 0.59 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2534 1036 5.05 %random selection
Rwork0.1981 ---
obs0.2009 20499 99.9 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.847→46.241 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4206 0 42 18 4266
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054374
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6945990
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.3122620
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045683
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005765
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8473-2.99740.53241400.43292721X-RAY DIFFRACTION100
2.9974-3.18510.36861480.30732746X-RAY DIFFRACTION100
3.1851-3.4310.35431480.26552760X-RAY DIFFRACTION100
3.431-3.77610.3161490.232742X-RAY DIFFRACTION100
3.7761-4.32210.23831440.1822787X-RAY DIFFRACTION100
4.3221-5.44410.19491480.16032801X-RAY DIFFRACTION100
5.4441-46.24750.23151590.18062906X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.63115.9639-2.52044.3267-2.62380.77770.2008-1.1337-2.5907-0.23640.2795-1.27071.8562-0.2957-0.11481.6236-0.3724-0.32040.92910.43961.412873.414660.4996167.1059
28.3546.7476-1.2895.2618-0.39879.2366-0.15941.09680.5004-1.50090.65020.26921.57-0.9802-0.47341.1187-0.1156-0.32760.73280.17551.219870.582465.873157.8345
38.54162.83062.35732.44730.20284.00160.5493-0.5576-0.9326-0.4525-0.0377-0.06120.8765-0.0171-0.50020.86760.1633-0.12340.58180.05430.754685.482973.4144164.4479
43.44760.51052.95774.01861.09396.8215-0.1863-1.0230.31870.3581-0.2066-0.546-0.37480.13620.12690.71930.2288-0.02641.02020.06410.7185100.914780.7106176.0031
58.9999-1.2515-0.72239.5072-1.83727.8952-0.5113-0.995-1.34680.45780.2616-0.51510.27571.23810.20890.68810.2787-0.15781.142-0.02970.5859103.829278.5126177.0171
68.2272-6.06796.01537.4035-0.76138.7085-0.2111.3881-1.5728-0.5881-0.3962-1.454-0.36432.6320.64470.78570.1831-0.25462.073-0.05991.7983119.194775.0206176.9211
70.1862.7614-1.44267.9832-6.24144.6829-0.57321.039-0.1782-2.11220.4004-0.4592-1.44582.57510.08581.85540.24440.27171.31930.1611.009696.44494.4593130.2049
82.16717.0339-0.78326.487-0.77040.1094-1.7256-0.2428-1.19920.81480.7589-3.3555-0.39-0.40382.8452.58530.52050.18591.59690.84240.995192.8075101.2027123.6595
94.63062.1618-2.90783.4003-0.20473.4171.3326-0.1797-1.2386-1.3998-1.0692-0.75250.59930.0121-1.46842.71130.37870.15351.21650.31431.035681.4215102.4001129.8419
100.7257-1.01942.40581.6247-2.99995.9685-0.12550.57650.6184-1.86370.1558-0.12460.1568-0.4663-0.15092.4430.20110.21861.230.18550.849590.246399.7883128.7953
114.5242-5.33373.99966.1403-2.376.4897-0.44160.26620.7078-0.2158-0.0698-1.4922-0.74530.87250.46390.87830.02870.28211.07710.03421.1493105.4693.8209153.0386
123.33273.03241.24173.11711.02550.12660.26842.1946-1.1931-1.0418-0.4317-1.08021.1850.7819-0.00531.11640.37430.34041.4528-0.14120.9637111.504781.6386153.4603
134.0102-1.79110.79020.6276-0.34830.6216-0.45340.12930.4362-0.45060.3156-1.27690.02270.94130.06431.02050.120.3181.3065-0.02661.3268110.599486.1636154.0929
144.6908-4.36471.25724.214-3.4876.24850.46170.9436-0.6677-0.8640.1785-0.02281.66671.2536-0.57391.0499-0.0215-0.28290.9787-0.02750.830979.242386.7898149.322
152.091-2.6126-3.74316.17746.09226.81630.2760.96510.0116-0.963-0.52582.0705-0.14490.26250.98142.0115-0.1863-0.2711.07970.02751.481871.7769102.9841142.4174
166.8569-3.22673.94777.13122.09896.57820.54520.75450.5956-0.5053-0.51731.23730.2802-0.17150.03890.87250.122-0.22530.70540.00510.745672.74298.9107154.5597
1710.0041-2.929-2.74825.4615-0.56647.30140.1270.32630.1381-0.8334-0.22362.5654-0.318-0.91790.10510.7588-0.067-0.47830.7561-0.02911.099769.560295.7186153.8349
186.1082-2.30353.96522.28732.30197.5645-0.30330.02930.9709-1.5065-0.33950.5902-1.92030.20670.63061.256-0.0095-0.23330.58620.10570.661378.757697.4937150.2319
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 20 through 50 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 51 through 75 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 76 through 144 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 145 through 174 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 175 through 207 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 208 through 217 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 6 through 22 )
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11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 103 through 135 )
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14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 4 through 33 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 34 through 48 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 49 through 78 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 79 through 133 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 134 through 163 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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