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万見
- PDB-5t4y: Crystal structure of BT1762-1763 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5t4y
タイトルCrystal structure of BT1762-1763
要素
  • SusC homolog
  • SusD homolog
キーワードTRANSPORT PROTEIN / outer membrane protein / protein complex / TonB dependent transporter / carbohydrate binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


cell outer membrane / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
TonB-dependent outer membrane protein, SusC/RagA / TonB-dependent outer membrane protein SusC/RagA, conserved site / CarboxypepD_reg-like domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #390 / SusD-like, N-terminal / Starch-binding associating with outer membrane / RagB/SusD domain / SusD family / Carboxypeptidase-like, regulatory domain superfamily / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins profile. ...TonB-dependent outer membrane protein, SusC/RagA / TonB-dependent outer membrane protein SusC/RagA, conserved site / CarboxypepD_reg-like domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #390 / SusD-like, N-terminal / Starch-binding associating with outer membrane / RagB/SusD domain / SusD family / Carboxypeptidase-like, regulatory domain superfamily / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins profile. / Vitamin B12 transporter BtuB-like / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel / TonB dependent receptor-like, beta-barrel / TonB-dependent receptor, plug domain superfamily / TonB-dependent receptor, plug domain / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel domain superfamily / TonB-dependent Receptor Plug Domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
SusC homolog / SusD homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者van den Berg, B.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2017
タイトル: Structural basis for nutrient acquisition by dominant members of the human gut microbiota.
著者: Glenwright, A.J. / Pothula, K.R. / Bhamidimarri, S.P. / Chorev, D.S. / Basle, A. / Firbank, S.J. / Zheng, H. / Robinson, C.V. / Winterhalter, M. / Kleinekathofer, U. / Bolam, D.N. / van den Berg, B.
履歴
登録2016年8月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月25日Group: Database references
改定 1.22017年2月1日Group: Database references
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SusD homolog
D: SusC homolog
B: SusD homolog
C: SusC homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)362,8059
ポリマ－362,6844
非ポリマー1225
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23350 Å2
ΔGint-140 kcal/mol
Surface area104550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.826, 152.085, 253.005
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 SusD homolog


分子量: 65858.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacteroides thetaiotaomicron (strain ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482) (バクテリア)
参照: UniProt: Q8A6W4
#2: タンパク質 SusC homolog


分子量: 115483.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacteroides thetaiotaomicron (strain ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482) (バクテリア)
参照: UniProt: Q8A6W3
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 18-20% PEG3350 50 mM Hepes pH 7.0 0.2 M NH4NO3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年1月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.99→130.46 Å / Num. obs: 86975 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル最高解像度: 2.99 Å / Rmerge(I) obs: 1.17

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5T3R

5t3r


解像度: 3.1→130.348 Å / SU ML: 0.53 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.97
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2695 3941 5.09 %
Rwork0.1984 --
obs0.202 77436 98.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→130.348 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21706 0 5 0 21711
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0122273
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2530221
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.55113005
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0673113
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0073978
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.138 Å / Rfactor Rfree: 0.467 / Rfactor Rwork: 0.385
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.49860.21110.07250.5810.15720.2213-0.0527-0.2551-0.23970.486-0.0160.18250.4952-0.10250.02871.1517-0.01240.32620.70230.13040.6867-28.0075-31.29238.1671
20.460.1680.00990.62530.1390.3804-0.0762-0.27580.11830.4916-0.02640.10550.1211-0.0520.08550.67510.08750.05980.6106-0.05190.5136-16.587612.433539.4146
30.52360.22550.07241.13390.17090.7063-0.24930.1655-0.1643-0.3160.18310.04980.3820.04320.05750.708-0.13810.10570.5388-0.04650.5131-24.2687-28.8164-18.2493
40.2554-0.103-0.00090.434-0.19070.5094-0.17180.15020.1304-0.27550.09910.16690.1196-0.00730.06960.4373-0.1319-0.090.52880.08380.5716-27.720816.1304-15.3194
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 1 through 552)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'D' and resid 210 through 1016)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'B' and resid 1 through 553)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'C' and resid 210 through 1016)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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