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- PDB-1w36: RecBCD:DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1w36
タイトルRecBCD:DNA complex
要素
  • DNA HAIRPIN
  • EXODEOXYRIBONUCLEASE V ALPHA CHAIN
  • EXODEOXYRIBONUCLEASE V BETA CHAIN
  • EXODEOXYRIBONUCLEASE V GAMMA CHAIN
キーワードRECOMBINATION / HELICASE / NUCLEASE / HYDROLASE / DNA REPAIR
機能・相同性
機能・相同性情報


exodeoxyribonuclease V / exodeoxyribonuclease V activity / exodeoxyribonuclease V complex / clearance of foreign intracellular DNA / DNA translocase activity / DNA 5'-3' helicase / single-stranded DNA helicase activity / recombinational repair / 3'-5' DNA helicase activity / DNA 3'-5' helicase ...exodeoxyribonuclease V / exodeoxyribonuclease V activity / exodeoxyribonuclease V complex / clearance of foreign intracellular DNA / DNA translocase activity / DNA 5'-3' helicase / single-stranded DNA helicase activity / recombinational repair / 3'-5' DNA helicase activity / DNA 3'-5' helicase / ATP-dependent activity, acting on DNA / DNA helicase activity / DNA endonuclease activity / isomerase activity / helicase activity / double-strand break repair via homologous recombination / response to radiation / 5'-3' DNA helicase activity / DNA recombination / DNA damage response / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Arc Repressor Mutant, subunit A - #990 / Recbcd, chain B, domain 2 / Recbcd, chain B, domain 2 / Rossmann fold - #10930 / RecBCD complex, subunit RecD, N-terminal domain / Arc Repressor Mutant, subunit A - #160 / PCRA; domain 4 / PCRA; domain 4 / RecBCD enzyme subunit RecB / RecBCD enzyme subunit RecD ...Arc Repressor Mutant, subunit A - #990 / Recbcd, chain B, domain 2 / Recbcd, chain B, domain 2 / Rossmann fold - #10930 / RecBCD complex, subunit RecD, N-terminal domain / Arc Repressor Mutant, subunit A - #160 / PCRA; domain 4 / PCRA; domain 4 / RecBCD enzyme subunit RecB / RecBCD enzyme subunit RecD / RecBCD enzyme subunit RecC / RecC, C-terminal / RecBCD enzyme subunit RecD, N-terminal domain / : / Exodeoxyribonuclease V, gamma subunit / RecC C-terminal domain / RecBCD enzyme subunit RecD, N-terminal domain / Lambda Exonuclease; Chain A - #10 / PD-(D/E)XK endonuclease-like domain, AddAB-type / PD-(D/E)XK nuclease superfamily / Lambda Exonuclease; Chain A / AAA domain / DExx box DNA helicase domain superfamily / UvrD-like helicase C-terminal domain / UvrD-like DNA helicase C-terminal domain profile. / UvrD-like DNA helicase, C-terminal / UvrD-like helicase C-terminal domain / UvrD-like helicase C-terminal domain / UvrD/REP helicase N-terminal domain / PD-(D/E)XK endonuclease-like domain superfamily / UvrD-like DNA helicase ATP-binding domain profile. / DNA helicase, UvrD/REP type / UvrD-like helicase, ATP-binding domain / AAA domain / Restriction endonuclease type II-like / : / Arc Repressor Mutant, subunit A / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / RecBCD enzyme subunit RecD / RecBCD enzyme subunit RecC / RecBCD enzyme subunit RecB
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Singleton, M.R. / Dillingham, M.S. / Gaudier, M. / C Kowalczykowski, S. / Wigley, D.B.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2004
タイトル: Crystal Structure of Recbcd Enzyme Reveals a Machine for Processing DNA Breaks
著者: Singleton, M.R. / Dillingham, M.S. / Gaudier, M. / Kowalczykowski, S.C. / Wigley, D.B.
履歴
登録2004年7月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: EXODEOXYRIBONUCLEASE V BETA CHAIN
C: EXODEOXYRIBONUCLEASE V GAMMA CHAIN
D: EXODEOXYRIBONUCLEASE V ALPHA CHAIN
E: EXODEOXYRIBONUCLEASE V BETA CHAIN
F: EXODEOXYRIBONUCLEASE V GAMMA CHAIN
G: EXODEOXYRIBONUCLEASE V ALPHA CHAIN
Y: DNA HAIRPIN
Z: DNA HAIRPIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)686,57110
ポリマ－686,4918
非ポリマー802
水00
1
B: EXODEOXYRIBONUCLEASE V BETA CHAIN
C: EXODEOXYRIBONUCLEASE V GAMMA CHAIN
D: EXODEOXYRIBONUCLEASE V ALPHA CHAIN
Y: DNA HAIRPIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)343,2865
ポリマ－343,2464
非ポリマー401
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
E: EXODEOXYRIBONUCLEASE V BETA CHAIN
F: EXODEOXYRIBONUCLEASE V GAMMA CHAIN
G: EXODEOXYRIBONUCLEASE V ALPHA CHAIN
Z: DNA HAIRPIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)343,2865
ポリマ－343,2464
非ポリマー401
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)132.602, 187.234, 335.369
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 EXODEOXYRIBONUCLEASE V BETA CHAIN / RECB


分子量: 134110.641 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P08394, exodeoxyribonuclease V
#2: タンパク質 EXODEOXYRIBONUCLEASE V GAMMA CHAIN / RECC


分子量: 128974.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P07648, exodeoxyribonuclease V
#3: タンパク質 EXODEOXYRIBONUCLEASE V ALPHA CHAIN / RECD


分子量: 66990.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P04993, exodeoxyribonuclease V
#4: DNA鎖 DNA HAIRPIN


分子量: 13170.455 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.53 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→46.8 Å / Num. obs: 151577 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 17.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 3.1→46.84 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 4860428.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.296 7373 4.9 %RANDOM
Rwork0.242 ---
obs0.242 151577 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 68.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→46.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数44597 1546 2 0 46145
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.16
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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