ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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PHENIX | 1.10.1_2155精密化 | HKL-2000 | | データスケーリング | PDB_EXTRACT | 3.2 | データ抽出 | HKL-2000 | | データ削減 | PHENIX | 1.9_1692位相決定 | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3P96 解像度: 3.149→41.999 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.29 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.2929 | 1583 | 9.95 % |
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Rwork | 0.2372 | 14322 | - |
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obs | 0.2428 | 15905 | 95.81 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL |
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原子変位パラメータ | Biso max: 89.83 Å2 / Biso mean: 62.5055 Å2 / Biso min: 27.79 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.149→41.999 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2852 | 0 | 5 | 42 | 2899 |
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Biso mean | - | - | 44.67 | 46.33 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 396 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.01 | 2890 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1.216 | 3945 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.063 | 500 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.006 | 516 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d13.699 | 1742 | | | | | |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Num. reflection all | % reflection obs (%) |
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3.1485-3.2501 | 0.3311 | 128 | 0.2933 | 1129 | 1257 | 84 | 3.2501-3.3662 | 0.3833 | 135 | 0.2788 | 1189 | 1324 | 88 | 3.3662-3.501 | 0.358 | 134 | 0.3015 | 1223 | 1357 | 91 | 3.501-3.6602 | 0.3196 | 144 | 0.2709 | 1297 | 1441 | 94 | 3.6602-3.8531 | 0.3495 | 147 | 0.2505 | 1332 | 1479 | 98 | 3.8531-4.0943 | 0.3273 | 150 | 0.2538 | 1341 | 1491 | 99 | 4.0943-4.4101 | 0.2505 | 150 | 0.2245 | 1367 | 1517 | 100 | 4.4101-4.8533 | 0.2437 | 146 | 0.2029 | 1368 | 1514 | 100 | 4.8533-5.5542 | 0.3039 | 144 | 0.2187 | 1348 | 1492 | 100 | 5.5542-6.9925 | 0.278 | 152 | 0.2868 | 1368 | 1520 | 100 | 6.9925-42.0025 | 0.2571 | 153 | 0.1899 | 1360 | 1513 | 100 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 1.3207 | 1.2662 | 0.3374 | 3.615 | 0.721 | 2.7283 | 0.1663 | -0.206 | -0.0535 | 0.5 | -0.1409 | -0.0635 | 0.249 | 0.1369 | -0.0155 | 0.7242 | -0.2617 | -0.0565 | 0.6113 | 0.022 | 0.5832 | 3.8731 | -1.0971 | -19.1918 | 2 | 1.3717 | -0.0774 | 0.1959 | 1.2935 | 0.757 | 1.3755 | -0.0136 | 0.0812 | -0.8006 | 0.6494 | 0.1903 | -0.0901 | 0.0597 | 0.0319 | 0.0241 | 0.6484 | -0.3842 | -0.0447 | 0.6118 | 0.0413 | 0.7438 | -0.9025 | -11.1459 | -40.4344 | 3 | 1.7146 | 1.9873 | 0.9662 | 2.2637 | 1.4689 | 3.973 | 0.073 | 0.081 | -0.0574 | 0.1207 | -0.0874 | 0.1781 | 0.5873 | -0.1571 | 0.0348 | 0.657 | -0.2584 | -0.0105 | 0.6435 | -0.0434 | 0.6976 | -13.6165 | -18.1422 | -53.0444 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | chain 'A' and (resid 5 through 165 )A5 - 165 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | chain 'A' and (resid 166 through 186 )A166 - 186 | 3 | X-RAY DIFFRACTION | 3 | chain 'A' and (resid 187 through 400 )A187 - 400 | | | | | | |
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