[日本語] English
万見
- PDB-5t3a: Maedi-Visna virus (MVV) integrase CCD-CTD (residues 60-275) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5t3a
タイトルMaedi-Visna virus (MVV) integrase CCD-CTD (residues 60-275)
要素integrase
キーワードHYDROLASE / Visna virus integrase / catalytic core domain / c-terminal domain
機能・相同性
機能・相同性情報


dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / nucleotide metabolic process / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase ...dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / nucleotide metabolic process / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / viral capsid / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
dUTPase-like / dUTPase / dUTPase, trimeric / dUTPase-like superfamily / gag protein p24 N-terminal domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral ...dUTPase-like / dUTPase / dUTPase, trimeric / dUTPase-like superfamily / gag protein p24 N-terminal domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Ribonuclease H domain / RNase H type-1 domain profile. / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Retrovirus capsid, C-terminal / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Ribonuclease H superfamily / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Visna/maedi virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.501 Å
データ登録者Cook, N.J. / Pye, V.E. / Cherepanov, P.
引用ジャーナル: Science / 年: 2017
タイトル: A supramolecular assembly mediates lentiviral DNA integration.
著者: Allison Ballandras-Colas / Daniel P Maskell / Erik Serrao / Julia Locke / Paolo Swuec / Stefán R Jónsson / Abhay Kotecha / Nicola J Cook / Valerie E Pye / Ian A Taylor / Valgerdur ...著者: Allison Ballandras-Colas / Daniel P Maskell / Erik Serrao / Julia Locke / Paolo Swuec / Stefán R Jónsson / Abhay Kotecha / Nicola J Cook / Valerie E Pye / Ian A Taylor / Valgerdur Andrésdóttir / Alan N Engelman / Alessandro Costa / Peter Cherepanov /
要旨: Retroviral integrase (IN) functions within the intasome nucleoprotein complex to catalyze insertion of viral DNA into cellular chromatin. Using cryo-electron microscopy, we now visualize the ...Retroviral integrase (IN) functions within the intasome nucleoprotein complex to catalyze insertion of viral DNA into cellular chromatin. Using cryo-electron microscopy, we now visualize the functional maedi-visna lentivirus intasome at 4.9 angstrom resolution. The intasome comprises a homo-hexadecamer of IN with a tetramer-of-tetramers architecture featuring eight structurally distinct types of IN protomers supporting two catalytically competent subunits. The conserved intasomal core, previously observed in simpler retroviral systems, is formed between two IN tetramers, with a pair of C-terminal domains from flanking tetramers completing the synaptic interface. Our results explain how HIV-1 IN, which self-associates into higher-order multimers, can form a functional intasome, reconcile the bulk of early HIV-1 IN biochemical and structural data, and provide a lentiviral platform for design of HIV-1 IN inhibitors.
履歴
登録2016年8月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02024年1月17日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: integrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9805
ポリマ－25,6071
非ポリマー3724
水82946
1
A: integrase
ヘテロ分子

A: integrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,95910
ポリマ－51,2152
非ポリマー7458
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area5230 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area23430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.050, 124.830, 62.380
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-445-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 integrase


分子量: 25607.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Visna/maedi virus (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P35956
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.74 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1M Mes pH6.0, 15-100mM calcium acetate and 15-21% PEG 400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9282 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年8月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9282 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→62.42 Å / Num. obs: 10859 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 9.4 % / Biso Wilson estimate: 44.1 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 2.5→2.57 Å / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 1.54 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / CC1/2: 0.81 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HPG, 5LLJ

3hpg

5llj


解像度: 2.501→62.415 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.5
詳細: Data were found to be anisotropic, 2.5A in a and c directions; 3.5A in b. Data were subjected to staraniso (global phasing; ian tickle et al) after processing and it is this file the model ...詳細: Data were found to be anisotropic, 2.5A in a and c directions; 3.5A in b. Data were subjected to staraniso (global phasing; ian tickle et al) after processing and it is this file the model was refined against (and is uploaded). The model was refined using phenix and coot.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2402 521 5.64 %random
Rwork0.1792 ---
obs0.1823 9236 84.9 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 62.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.501→62.415 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1716 0 24 46 1786
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021792
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5132425
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.6791066
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043258
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004309
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5008-2.75250.26511150.21111493X-RAY DIFFRACTION60
2.7525-3.15080.28811200.22421990X-RAY DIFFRACTION79
3.1508-3.96960.24771600.19722534X-RAY DIFFRACTION99
3.9696-62.43440.21081260.15422698X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.54520.1965-0.14670.54130.03381.3672-0.15490.0845-0.121-0.0230.02790.00970.0172-0.357-0.08630.16770.0171-0.00580.2925-0.0140.2023-12.4839-34.20169.3469
20.5251-0.43990.11311.0577-0.20910.26950.03660.44690.04190.0373-0.1591-0.14250.05460.0519-0.06630.1848-0.02220.01720.36390.01510.16662.4554-29.61443.025
30.0094-0.0021-0.00140.00390.00180.00070.1854-0.19210.00090.13230.16240.2019-0.1248-0.14090.00020.91060.07830.03660.7224-0.15280.7483-9.5211-9.60921.2039
40.0513-0.03080.06830.0152-0.05050.17070.1609-0.3983-0.1937-0.1882-0.38110.078-0.12390.2146-00.83330.07040.0460.8894-0.0130.60527.6343-8.101738.0689
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 60:153)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 154:207)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 208:220)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 221:276)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る