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万見
- PDB-5t33: Crystal structure of strain-specific glycan-dependent CD4 binding... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5t33
タイトルCrystal structure of strain-specific glycan-dependent CD4 binding site-directed neutralizing antibody CAP257-RH1, in complex with HIV-1 strain RHPA gp120 core with an oligomannose N276 glycan.
要素
  • CAP257-RH1 heavy chain
  • CAP257-RH1 light chain
  • RHPA gp120 core
キーワードIMMUNE SYSTEM / HIV / strain-specific / neutralizing antibody / CD4 binding site / N276 glycan / glycan-free V5
機能・相同性HIV Envelope Protein Gp120; Chain G / Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein / Beta Complex / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2092 Å
データ登録者Wibmer, C.K. / Gorman, J. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2016
タイトル: Structure of an N276-Dependent HIV-1 Neutralizing Antibody Targeting a Rare V5 Glycan Hole Adjacent to the CD4 Binding Site.
著者: Wibmer, C.K. / Gorman, J. / Anthony, C.S. / Mkhize, N.N. / Druz, A. / York, T. / Schmidt, S.D. / Labuschagne, P. / Louder, M.K. / Bailer, R.T. / Abdool Karim, S.S. / Mascola, J.R. / ...著者: Wibmer, C.K. / Gorman, J. / Anthony, C.S. / Mkhize, N.N. / Druz, A. / York, T. / Schmidt, S.D. / Labuschagne, P. / Louder, M.K. / Bailer, R.T. / Abdool Karim, S.S. / Mascola, J.R. / Williamson, C. / Moore, P.L. / Kwong, P.D. / Morris, L.
履歴
登録2016年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月14日Group: Source and taxonomy
改定 1.22016年9月28日Group: Other
改定 1.32016年11月16日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / citation / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq.db_align_end
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: CAP257-RH1 heavy chain
L: CAP257-RH1 light chain
G: RHPA gp120 core
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,00313
ポリマ－86,8433
非ポリマー4,16010
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10750 Å2
ΔGint43 kcal/mol
Surface area36120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.176, 71.139, 190.596
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 G

#3: タンパク質 RHPA gp120 core


分子量: 39997.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus (ヒト免疫不全ウイルス)
細胞株 (発現宿主): HEK293S GnTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#1: 抗体 CAP257-RH1 heavy chain


分子量: 23888.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Donor CAP257 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: Peripheral Blood Mononuclear Cells / Cell: Memory B cell / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 CAP257-RH1 light chain


分子量: 22957.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Donor CAP257 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: Peripheral Blood Mononuclear cells / Cell: Memory B cell / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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糖 , 4種, 10分子

#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1_e6-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.88 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES (pH7.5) 8% PEG4000 10% Isopropanol 200U/mL Endo H 25% 2-Methyl-2,4-pentanediol as cryoprotectant

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 13003 / % possible obs: 81.9 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 90.23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/av σ(I): 10.724 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
3.2-3.272.30.3810.766133.1
3.27-3.362.70.3660.841154.4
3.36-3.452.80.3290.881171.7
3.45-3.553.20.3150.898179.2
3.55-3.663.50.2760.923184.6
3.66-3.793.70.2350.941185.6
3.79-3.953.70.2140.946184.7
3.95-4.133.80.1730.962185.9
4.13-4.343.70.1490.967186.5
4.34-4.613.70.1240.981186
4.61-4.973.70.1050.983188.6
4.97-5.473.60.0930.989191.6
5.47-6.263.60.0930.988197.8
6.26-7.883.70.0730.993198.4
7.88-503.50.0590.994196.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4JZZ, 4HPY, 1NL0

4jzz

4hpy

1nl0


解像度: 3.2092→47.658 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.89
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2689 646 4.98 %
Rwork0.2287 --
obs0.2308 12967 81.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 249.5 Å2 / Biso mean: 116.9047 Å2 / Biso min: 55.53 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.2092→47.658 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5801 0 533 0 6334
Biso mean--153.96 --
残基数----754
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026245
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5638537
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0411015
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031055
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.2483566
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.2092-3.45690.3243850.2881586167154
3.4569-3.80470.31251210.26222455257683
3.8047-4.35490.25591360.22852535267186
4.3549-5.48550.21581390.21082678281788
5.4855-47.66350.29081650.22243067323298
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.17770.1782-0.26385.6557-1.50425.7936-0.0809-0.16770.43380.11230.056-0.0547-0.20520.0651-0.02380.3740.0696-0.04110.4331-0.0240.80810.532915.1393-30.589
28.483-2.4256-1.928.78910.08498.10180.13540.422-0.005-0.0663-0.06840.44990.550.0594-0.03110.4001-0.0893-0.03140.47730.08890.559133.70718.461-52.2593
33.3287-0.2751-2.54794.31250.64077.6789-0.2379-0.205-0.6520.12470.2809-0.05940.27390.23780.06910.35060.0008-0.01520.41570.02041.10496.4425-5.3534-37.3871
45.17432.882.42978.70352.05647.43730.1311-0.0557-0.21840.0645-0.2816-0.3317-0.2849-0.00120.23420.40150.04570.14390.31550.00040.700431.01916.9027-41.7581
54.37140.92760.99782.1146-1.19612.0022-0.2185-0.8533-0.13850.4426-0.1509-0.0096-0.1169-0.40440.35450.656-0.02060.01850.803-0.00970.5572-22.67111.6662-4.2699
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'H' and (resid 1 through 120 )H1 - 120
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'H' and (resid 121 through 222 )H121 - 222
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'L' and (resid 2 through 108 )L2 - 108
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'L' and (resid 109 through 213 )L109 - 213
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'G' and (resid 45 through 492 )G45 - 492

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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