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- PDB-5t29: Crystal structure of 10E8 Fab light chain mutant3, against the MP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5t29
タイトルCrystal structure of 10E8 Fab light chain mutant3, against the MPER region of the HIV-1 Env, in complex with the MPER epitope scaffold T117v2
要素
  • (Antibody 10E8 FAB ...) x 2
  • 10E8 EPITOPE SCAFFOLD T117V2
キーワードIMMUNE SYSTEM / HIV-1 GP41 MPER / 10E8 FAB / LIPID MEMBRANE
機能・相同性
機能・相同性情報


Mannitol-specific EII; Chain A / Mannitol-specific EII; Chain A / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHOSPHATE ION
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Irimia, A. / Wilson, I.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI084817 米国
Scripps CHAVI-IDUM1 AI100663 米国
引用ジャーナル: PLoS Pathog. / 年: 2017
タイトル: Lipid interactions and angle of approach to the HIV-1 viral membrane of broadly neutralizing antibody 10E8: Insights for vaccine and therapeutic design.
著者: Irimia, A. / Serra, A.M. / Sarkar, A. / Jacak, R. / Kalyuzhniy, O. / Sok, D. / Saye-Francisco, K.L. / Schiffner, T. / Tingle, R. / Kubitz, M. / Adachi, Y. / Stanfield, R.L. / Deller, M.C. / ...著者: Irimia, A. / Serra, A.M. / Sarkar, A. / Jacak, R. / Kalyuzhniy, O. / Sok, D. / Saye-Francisco, K.L. / Schiffner, T. / Tingle, R. / Kubitz, M. / Adachi, Y. / Stanfield, R.L. / Deller, M.C. / Burton, D.R. / Schief, W.R. / Wilson, I.A.
履歴
登録2016年8月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Antibody 10E8 FAB HEAVY CHAIN
L: Antibody 10E8 FAB LIGHT CHAIN
O: 10E8 EPITOPE SCAFFOLD T117V2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,2265
ポリマ－67,0253
非ポリマー2012
水2,594144
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5810 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area25610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.879, 66.972, 84.259
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.46, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 O

#3: タンパク質 10E8 EPITOPE SCAFFOLD T117V2


分子量: 18643.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: PET29 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 STAR

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#1: 抗体 Antibody 10E8 FAB HEAVY CHAIN


分子量: 25447.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGHV3-15*05 / プラスミド: PHCMV3 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Antibody 10E8 FAB LIGHT CHAIN


分子量: 22934.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGLV3-19*01 / プラスミド: PHCMV3 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 3種, 146分子

#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.3 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 / 詳細: 0.1 M PO4-citrate pH 4.2, 40% PEG 600

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.025→36.56 Å / Num. obs: 36193 / % possible obs: 92.1 % / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 37 Å2 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 2.03→2.07 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.535 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 87

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-20002.3.8データ削減
HKL-20002.3.8データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4G6F, 3LF6

4g6f

3lf6


解像度: 2.03→36.56 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.45
詳細: The ligand named PEG is a fragment of polyethylene glycol 600 from the crystallization buffer
Rfactor反射数%反射
Rfree0.213 1810 5 %
Rwork0.174 --
obs0.176 36187 91.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.03→36.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4403 0 12 144 4559
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074663
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0076387
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.121618
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041721
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005831
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0248-2.07960.30591200.24782290X-RAY DIFFRACTION81
2.0796-2.14070.31271360.23832569X-RAY DIFFRACTION90
2.1407-2.20980.28981370.22762615X-RAY DIFFRACTION91
2.2098-2.28880.26791390.23042623X-RAY DIFFRACTION91
2.2888-2.38040.29351380.22292638X-RAY DIFFRACTION92
2.3804-2.48870.2831450.21782766X-RAY DIFFRACTION95
2.4887-2.61990.23681430.20412703X-RAY DIFFRACTION95
2.6199-2.7840.24141440.1962731X-RAY DIFFRACTION94
2.784-2.99890.25981380.19352621X-RAY DIFFRACTION91
2.9989-3.30050.21891440.1772742X-RAY DIFFRACTION95
3.3005-3.77760.19161440.16442743X-RAY DIFFRACTION94
3.7776-4.75780.16071380.13332620X-RAY DIFFRACTION90
4.7578-36.56580.18091440.1492716X-RAY DIFFRACTION91
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.92350.86942.4542.40210.72882.90870.1832-0.1439-0.2848-0.31470.0204-0.16190.58140.0773-0.18180.4107-0.0310.04630.2972-0.02160.2908-17.904610.2312106.4093
22.6406-0.3749-0.1354.1363-0.01073.11980.17870.20930.1694-0.2234-0.11870.0234-0.21060.0785-0.0140.3745-0.027-0.02570.1790.02330.2765-38.707217.700181.8405
33.1876-1.38850.32524.4325-1.97814.7931-0.1527-0.05850.2997-0.13420.2626-0.1236-0.2718-0.2782-0.12240.1863-0.04760.02070.3679-0.03420.2548-20.212629.9895111.671
43.13670.3110.47063.63290.58492.9855-0.0544-0.0463-0.03080.1411-0.07930.2805-0.0277-0.04940.15650.34690.0037-0.00480.1945-0.00270.2814-49.860427.792288.4232
53.83621.8666-0.03442.8269-0.28652.6388-0.3598-0.0494-0.9714-0.031-0.0556-0.94380.24240.85940.21690.40280.13390.05820.8160.06830.834612.711518.3295119.5666
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'H' AND ((RESSEQ 1:131))
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'H' AND ((RESSEQ 132:233))
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'L' AND ((RESSEQ 1:109))
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'L' AND ((RESSEQ 110:212))
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'O'

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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