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万見
- PDB-5t1a: Structure of CC Chemokine Receptor 2 with Orthosteric and Alloste... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5t1a
タイトルStructure of CC Chemokine Receptor 2 with Orthosteric and Allosteric Antagonists
要素Chimera protein of CC chemokine receptor type 2 isoform B and T4-lysozyme,Lysozyme
キーワードSIGNALING PROTEIN / C-C Chemokine Receptor type 2 / dual antagonist / intracellular allosteric antagonist / cooperative binding / lipidic cubic phase / membrane protein / GPCR / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / GPCR Network
機能・相同性
機能・相同性情報


T-helper 17 cell chemotaxis / chemokine (C-C motif) ligand 2 binding / chemokine (C-C motif) ligand 12 binding / negative regulation of eosinophil degranulation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell extravasation / positive regulation of astrocyte chemotaxis / positive regulation of immune complex clearance by monocytes and macrophages / chemokine (C-C motif) ligand 7 binding / positive regulation of thymocyte migration / positive regulation of hematopoietic stem cell migration ...T-helper 17 cell chemotaxis / chemokine (C-C motif) ligand 2 binding / chemokine (C-C motif) ligand 12 binding / negative regulation of eosinophil degranulation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell extravasation / positive regulation of astrocyte chemotaxis / positive regulation of immune complex clearance by monocytes and macrophages / chemokine (C-C motif) ligand 7 binding / positive regulation of thymocyte migration / positive regulation of hematopoietic stem cell migration / leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / CCR2 chemokine receptor binding / monocyte extravasation / regulation of vascular endothelial growth factor production / negative regulation of type 2 immune response / Beta defensins / positive regulation of monocyte extravasation / regulation of macrophage migration / macrophage migration / positive regulation of leukocyte tethering or rolling / neutrophil clearance / regulation of T cell cytokine production / positive regulation of T-helper 1 type immune response / chemokine receptor activity / positive regulation of T cell chemotaxis / positive regulation of alpha-beta T cell proliferation / inflammatory response to wounding / negative regulation of adenylate cyclase activity / C-C chemokine receptor activity / C-C chemokine binding / cellular homeostasis / positive regulation of glutamate receptor signaling pathway / positive regulation of monocyte chemotaxis / Chemokine receptors bind chemokines / regulation of T cell differentiation / dendritic cell chemotaxis / Interleukin-10 signaling / humoral immune response / hemopoiesis / monocyte chemotaxis / blood vessel remodeling / cellular defense response / viral release from host cell by cytolysis / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / positive regulation of interleukin-2 production / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / peptidoglycan catabolic process / sensory perception of pain / homeostasis of number of cells within a tissue / negative regulation of angiogenesis / chemokine-mediated signaling pathway / cell chemotaxis / calcium-mediated signaling / response to wounding / positive regulation of type II interferon production / fibrillar center / positive regulation of T cell activation / chemotaxis / cell wall macromolecule catabolic process / cytokine-mediated signaling pathway / intracellular calcium ion homeostasis / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of inflammatory response / lysozyme / lysozyme activity / positive regulation of cold-induced thermogenesis / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / regulation of inflammatory response / G alpha (i) signalling events / host cell cytoplasm / perikaryon / defense response to bacterium / immune response / inflammatory response / external side of plasma membrane / neuronal cell body / dendrite / perinuclear region of cytoplasm / membrane / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CC chemokine receptor 2 / Chemokine receptor family / : / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx ...CC chemokine receptor 2 / Chemokine receptor family / : / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Lysozyme-like domain superfamily / G-protein coupled receptors family 1 signature. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-73R / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Chem-VT5 / Endolysin / C-C chemokine receptor type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.806 Å
データ登録者Zheng, Y. / Qin, L. / Ortiz Zacarias, N.V. / de Vries, H. / Han, G.W. / Gustavsson, M. / Dabros, M. / Zhao, C. / Cherney, R.J. / Carter, P. ...Zheng, Y. / Qin, L. / Ortiz Zacarias, N.V. / de Vries, H. / Han, G.W. / Gustavsson, M. / Dabros, M. / Zhao, C. / Cherney, R.J. / Carter, P. / Stamos, D. / Abagyan, R. / Cherezov, V. / Stevens, R.C. / IJzerman, A.P. / Heitman, L.H. / Tebben, A. / Kufareva, I. / Handel, T.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21AI122211 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Structure of CC chemokine receptor 2 with orthosteric and allosteric antagonists.
著者: Zheng, Y. / Qin, L. / Zacarias, N.V. / de Vries, H. / Han, G.W. / Gustavsson, M. / Dabros, M. / Zhao, C. / Cherney, R.J. / Carter, P. / Stamos, D. / Abagyan, R. / Cherezov, V. / Stevens, R.C. ...著者: Zheng, Y. / Qin, L. / Zacarias, N.V. / de Vries, H. / Han, G.W. / Gustavsson, M. / Dabros, M. / Zhao, C. / Cherney, R.J. / Carter, P. / Stamos, D. / Abagyan, R. / Cherezov, V. / Stevens, R.C. / IJzerman, A.P. / Heitman, L.H. / Tebben, A. / Kufareva, I. / Handel, T.M.
履歴
登録2016年8月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月21日Group: Structure summary
改定 1.22016年12月28日Group: Structure summary
改定 1.32017年1月4日Group: Database references
改定 1.42017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chimera protein of CC chemokine receptor type 2 isoform B and T4-lysozyme,Lysozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,5789
ポリマ－57,9281
非ポリマー1,6508
水30617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area830 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area21310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.230, 64.690, 169.980
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Chimera protein of CC chemokine receptor type 2 isoform B and T4-lysozyme,Lysozyme / CCR2 / Monocyte chemoattractant protein 1 receptor / MCP-1-R


分子量: 57928.355 Da / 分子数: 1
断片: UNP P41597-2 residues 2-328 with UNP P00720 residues 2-161 inserted after residues 233
変異: L226S, K227R, T228A, L229S, L230K, R231S, C232R, R233I, N234P, E235P, K236S, K237R, R238E, H238K, R239K, C1054T, C1097A
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: CCR2, CMKBR2, e, T4Tp126
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P41597, UniProt: D9IEF7, lysozyme

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非ポリマー , 6種, 25分子

#2: 化合物 ChemComp-73R / (3S)-1-{(1S,2R,4R)-4-[methyl(propan-2-yl)amino]-2-propylcyclohexyl}-3-{[6-(trifluoromethyl)quinazolin-4-yl]amino}pyrrolidin-2-one


分子量: 491.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H36F3N5O
#3: 化合物 ChemComp-VT5 / (2~{R})-1-(4-chloranyl-2-fluoranyl-phenyl)-2-cyclohexyl-3-ethanoyl-4-oxidanyl-2~{H}-pyrrol-5-one


分子量: 351.800 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H19ClFNO3
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol


分子量: 356.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.86 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6.1
詳細: Lipidic cubic phase made of monoolein and cholesterol, 100 mM 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid, pH 6.5, 30-32% (v/v) PEG 400, 75-85 mM lithium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03321 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月16日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03321 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→23.321 Å / Num. obs: 15550 / % possible obs: 93.1 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 40.35 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.241 / Rpim(I) all: 0.103 / Rrim(I) all: 0.264 / Net I/σ(I): 6.9 / Num. measured all: 82110 / Scaling rejects: 501
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.8-2.951.81.132292215830.3460.8611.4320.866.6
8.85-48.65.40.08131275790.9950.0380.092695.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
Aimless0.5.17データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MBS

4mbs


解像度: 2.806→24.321 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2741 742 5.12 %Random selection
Rwork0.2335 13745 --
obs0.2355 14487 87.21 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 121.63 Å2 / Biso mean: 41.2114 Å2 / Biso min: 3.08 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.806→24.321 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3458 0 105 17 3580
Biso mean--40.64 22.14 -
残基数----445
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033643
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8454961
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.032577
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003603
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8511267
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8057-3.0220.3926870.32351157124438
3.022-3.32540.33431550.30363062321799
3.3254-3.8050.30321690.243531263295100
3.805-4.78790.25811530.2033140329399
4.7879-24.32150.21411780.20553260343899
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.13360.1155-0.38611.1581-0.36471.92870.03430.14410.126-0.13010.0035-0.0079-0.1247-0.0548-0.07120.36760.00070.02080.31140.02160.092312.672423.8183170.4808
20.6985-0.4384-0.70291.2603-0.14691.5096-0.0174-0.31790.18160.33630.1725-0.47020.01380.34010.150.49790.0472-0.09430.4515-0.0229-0.00088.981112.4267214.5599
31.52160.02710.05711.3690.10163.2509-0.130.3555-0.1375-0.00370.0876-0.0406-0.1402-0.1438-0.13840.3414-0.00210.02220.4002-0.0679-0.05322.346520.7634171.3347
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 37 through 233 )A37 - 233
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1002 through 1162 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 234 through 320 )A234 - 320

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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