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万見
- PDB-4fr5: Crystal Structure of Shikimate Dehydrogenase (aroE) Y210S Mutant ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fr5
タイトルCrystal Structure of Shikimate Dehydrogenase (aroE) Y210S Mutant from Helicobacter pylori in Complex with Shikimate
要素Shikimate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / dehydrogenase / NADP Binding
機能・相同性
機能・相同性情報


shikimate dehydrogenase (NADP+) / shikimate 3-dehydrogenase (NADP+) activity / shikimate metabolic process / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / NADP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Shikimate dehydrogenase / Shikimate dehydrogenase family / Shikimate dehydrogenase substrate binding, N-terminal / Shikimate dehydrogenase substrate binding domain / Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1 / Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-SKM / Shikimate dehydrogenase (NADP(+))
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Cheng, W.C. / Chen, T.J. / Wang, W.C.
履歴
登録2012年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Shikimate dehydrogenase
B: Shikimate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,9594
ポリマ－60,6102
非ポリマー3482
水2,828157
1
A: Shikimate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4792
ポリマ－30,3051
非ポリマー1741
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Shikimate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4792
ポリマ－30,3051
非ポリマー1741
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Shikimate dehydrogenase
ヘテロ分子

B: Shikimate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,9594
ポリマ－60,6102
非ポリマー3482
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_645-x+1,y-1/2,-z+1/21
Buried area2000 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area23860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.507, 88.523, 118.185
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Shikimate dehydrogenase


分子量: 30305.139 Da / 分子数: 2 / 変異: Y210S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: 26695 / 遺伝子: aroE, HP_1249 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: P56119, shikimate dehydrogenase (NADP+)
#2: 化合物 ChemComp-SKM / (3R,4S,5R)-3,4,5-TRIHYDROXYCYCLOHEX-1-ENE-1-CARBOXYLIC ACID / SHIKIMATE / シキミ酸


分子量: 174.151 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H10O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M sodium acetate, 0.1M Tris, 36% PEG 4000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13C1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 25263 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allDiffraction-ID% possible all
2.2-2.285.60.46242412195.6
2.28-2.375.60.4024.62412196.7
2.37-2.485.50.2986.12478198.2
2.48-2.615.50.22282496199
2.61-2.775.60.16310.62525199.5
2.77-2.995.70.12313.32508199.8
2.99-3.295.80.07521.52570199.9
3.29-3.765.80.05923.62549199.8
3.76-4.735.70.04730.32597199.5
4.73-305.60.03934.22716199

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3PHG

3phg


解像度: 2.2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 5.626 / SU ML: 0.145 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.352 / ESU R Free: 0.22 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2308 1218 4.9 %RANDOM
Rwork0.1947 ---
obs0.1965 25076 98.26 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 73.99 Å2 / Biso mean: 29.6217 Å2 / Biso min: 5.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.7 Å20 Å20 Å2
2--3.38 Å20 Å2
3----1.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4116 0 24 157 4297
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0224234
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4191.9885702
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8715524
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.07824.545176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.95315760
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0981512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2632
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0213140
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2921.52614
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.32624174
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.39731620
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.3814.51528
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 83 -
Rwork0.199 1661 -
all-1744 -
obs--94.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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