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- PDB-5syt: Crystal Structure of ZMPSTE24 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5syt
タイトルCrystal Structure of ZMPSTE24
要素CAAX prenyl protease 1 homolog
キーワードHYDROLASE / MEMBRANE PROTEIN / CaaX protease / zinc metalloprotease / STE24 / isoprenylation / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Membrane Protein Structural Biology Consortium / MPSBC
機能・相同性
機能・相同性情報


prenylated protein catabolic process / regulation of stress-activated protein kinase signaling cascade / regulation of mitotic cell cycle DNA replication / regulation of termination of RNA polymerase I transcription / Ste24 endopeptidase / CAAX-box protein processing / inflammatory cell apoptotic process / regulation of hormone metabolic process / response to DNA damage checkpoint signaling / kidney morphogenesis ...prenylated protein catabolic process / regulation of stress-activated protein kinase signaling cascade / regulation of mitotic cell cycle DNA replication / regulation of termination of RNA polymerase I transcription / Ste24 endopeptidase / CAAX-box protein processing / inflammatory cell apoptotic process / regulation of hormone metabolic process / response to DNA damage checkpoint signaling / kidney morphogenesis / cellular lipid metabolic process / cardiac ventricle development / maintenance of rDNA / growth plate cartilage development / nuclear envelope organization / regulation of fibroblast proliferation / calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / regulation of cellular senescence / ventricular cardiac muscle tissue development / CAMKK-AMPK signaling cascade / cardiac conduction / regulation of TOR signaling / positive regulation of gene expression via chromosomal CpG island demethylation / regulation of defense response to virus / metalloexopeptidase activity / regulation of bone mineralization / regulation of ventricular cardiac muscle cell membrane repolarization / adult walking behavior / cardiac muscle cell development / negative regulation of miRNA processing / nuclear inner membrane / regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / neuromuscular process / bone mineralization / protein maturation / regulation of lipid metabolic process / regulation of multicellular organism growth / regulation of glucose metabolic process / hair follicle development / heart morphogenesis / thymus development / liver development / regulation of autophagy / determination of adult lifespan / multicellular organism growth / cellular response to gamma radiation / metalloendopeptidase activity / late endosome membrane / regulation of cell shape / early endosome membrane / double-stranded DNA binding / endopeptidase activity / DNA repair / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex / proteolysis / extracellular exosome / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
CAAX prenyl protease 1 / CAAX prenyl protease 1, N-terminal / CAAX prenyl protease N-terminal, five membrane helices / Peptidase M48 / Peptidase family M48
類似検索 - ドメイン・相同性
PENTAETHYLENE GLYCOL MONODECYL ETHER / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / CAAX prenyl protease 1 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Clark, K. / Jenkins, J.L. / Fedoriw, N. / Dumont, M.E. / Membrane Protein Structural Biology Consortium (MPSBC)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U54 GM094611 米国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2017
タイトル: Human CaaX protease ZMPSTE24 expressed in yeast: Structure and inhibition by HIV protease inhibitors.
著者: Clark, K.M. / Jenkins, J.L. / Fedoriw, N. / Dumont, M.E.
履歴
登録2016年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月8日Group: Database references
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CAAX prenyl protease 1 homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,95924
ポリマ－55,3311
非ポリマー5,62823
水2,846158
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8930 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area24710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)149.455, 84.560, 76.885
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 119.070, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 CAAX prenyl protease 1 homolog / Farnesylated proteins-converting enzyme 1 / FACE-1 / Prenyl protein-specific endoprotease 1 / Zinc ...Farnesylated proteins-converting enzyme 1 / FACE-1 / Prenyl protein-specific endoprotease 1 / Zinc metalloproteinase Ste24 homolog


分子量: 55331.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZMPSTE24, FACE1, STE24 / 詳細 (発現宿主): pSGP46 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): BJ5460 / 参照: UniProt: O75844, Ste24 endopeptidase

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非ポリマー , 9種, 181分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-PC1 / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 3-SN-PHOSPHATIDYLCHOLINE


分子量: 790.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H88NO8P / コメント: リン脂質*YM
#4: 化合物 ChemComp-CXE / PENTAETHYLENE GLYCOL MONODECYL ETHER / ペンタエチレングリコ-ルモノデシルエ-テル


分子量: 378.544 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H42O6
#5: 化合物
ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル


分子量: 306.438 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O5 / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#9: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.87 % / 解説: Thin rods up to 400 microns long
結晶化温度: 286 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 24% PEG3350, 170 mM ammonium sulfate, 15% glycerol, 50 mM HEPES, pH 7.5
Temp details: Crystals were transferred to 277 K before cryoprotection.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月27日
放射モノクロメーター: cryo-cooled double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→33.601 Å / Num. obs: 56449 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 14.7 % / Biso Wilson estimate: 22.44 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.439 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2-2.0514.83.4951.60.574197.8
8.94-33.6150.1220.996194.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLM7.21データ削減
Aimless0.5.9データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4AW6

4aw6


解像度: 2→33.601 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.78
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 2007 3.56 %
Rwork0.218 --
obs0.2191 56380 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 135.07 Å2 / Biso mean: 41.6363 Å2 / Biso min: 14.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→33.601 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3561 0 655 160 4376
Biso mean--55.71 39.47 -
残基数----444
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0123923
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3315234
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055564
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008613
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.752304
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.050.36391470.371138453992100
2.05-2.10540.42451310.345538774008100
2.1054-2.16740.29841530.316738514004100
2.1674-2.23730.291410.287738744015100
2.2373-2.31730.28231490.248938824031100
2.3173-2.410.26611370.230638934030100
2.41-2.51970.28431410.21638614002100
2.5197-2.65250.28911450.204338984043100
2.6525-2.81860.23231410.191238714012100
2.8186-3.03610.24281390.192538994038100
3.0361-3.34140.23321430.195538884031100
3.3414-3.82430.23061460.181938994045100
3.8243-4.81590.18351450.175139224067100
4.8159-33.60560.22921490.20873913406298

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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