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万見
- PDB-5sxy: The solution NMR structure for the PqqD truncation of Methylobact... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5sxy
タイトルThe solution NMR structure for the PqqD truncation of Methylobacterium extorquens PqqCD representing a functional and stand-alone ribosomally synthesized and post-translational modified (RiPP) recognition element (RRE)
要素Bifunctional coenzyme PQQ synthesis protein C/D
キーワードCHAPERONE / RiPP RRE peptide scaffolding
機能・相同性
機能・相同性情報


pyrroloquinoline-quinone synthase activity / pyrroloquinoline-quinone synthase / pyrroloquinoline quinone biosynthetic process / sulfur compound metabolic process / : / quinone binding
類似検索 - 分子機能
Coenzyme PQQ synthesis D, bacteria / Coenzyme PQQ synthesis protein D / Coenzyme PQQ synthesis protein D superfamily / Coenzyme PQQ synthesis protein D (PqqD) / Coenzyme PQQ biosynthesis protein C / Pyrroloquinoline-quinone synthase-like / Thiaminase-2/PQQC / TENA/THI-4/PQQC family / Haem oxygenase-like, multi-helical
類似検索 - ドメイン・相同性
Bifunctional coenzyme PQQ synthesis protein C/D
類似検索 - 構成要素
生物種Methylobacterium extorquens (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Evans, R.L. / Xia, Y. / Wilmot, C.M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM-066569 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM-039296 米国
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2017
タイトル: Nuclear Magnetic Resonance Structure and Binding Studies of PqqD, a Chaperone Required in the Biosynthesis of the Bacterial Dehydrogenase Cofactor Pyrroloquinoline Quinone.
著者: Evans, R.L. / Latham, J.A. / Xia, Y. / Klinman, J.P. / Wilmot, C.M.
#1: ジャーナル: to be published
タイトル: 1H, 13C, and 15N resonance assignments and secondary structure information for Methylobacterium extorquens PqqD and the complex of PqqD with PqqA
著者: Evans, R.L. / Latham, J.A. / Klinman, J.P. / Wilmot, C.M. / Xia, Y.
履歴
登録2016年8月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / Data collection
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional coenzyme PQQ synthesis protein C/D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,4221
ポリマ－10,4221
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Bifunctional coenzyme PQQ synthesis protein C/D / Pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein C/D


分子量: 10421.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylobacterium extorquens (strain ATCC 14718 / DSM 1338 / AM1) (バクテリア)
株: ATCC 14718 / DSM 1338 / AM1 / 遺伝子: pqqCD, MexAM1_META1p1749 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q49150, pyrroloquinoline-quinone synthase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic23D HN(CA)CB
121isotropic22D 1H-15N HSQC
131isotropic23D CBCA(CO)NH
141isotropic13D HNCO
151isotropic12D plane of 3D HCACO
161isotropic13D HNHA
171isotropic13D H(CCO)NH
181isotropic13D C(CO)NH
191isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1101isotropic12D (HB)CB(CGCD)HD
1111isotropic12D (HB)CB(CGCDCE)HE
1121isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
1131isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
1141isotropic12D plane of (H)CCH-TOCSY for aromatic ring
1151isotropic23D 15N-edited NOESY
1161isotropic23D 13C-edited NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution / 内容: 4.6 mg/mL [U-13C; U-15N] PqqD, 95% H2O/5% D2O
詳細: PqqD sample contained 285 micro-L of 5.0 mg/ml (0.40 mM) 13C-, 15N-labeled M.ex.PqqD in 25 mM potassium phosphate, pH 6.5, 7 micro-L of 50 mM sodium azide, and 15 micro-L HPLC grade D2O. ...詳細: PqqD sample contained 285 micro-L of 5.0 mg/ml (0.40 mM) 13C-, 15N-labeled M.ex.PqqD in 25 mM potassium phosphate, pH 6.5, 7 micro-L of 50 mM sodium azide, and 15 micro-L HPLC grade D2O. Final concentrations: 4.6 mg/ml (0.37 mM) MexPqqD, 1.1 mM sodium azide, 4.9% D2O).
Label: PqqD / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料濃度: 4.6 mg/mL / 構成要素: PqqD / Isotopic labeling: [U-13C; U-15N]
試料状態詳細: PqqD sample contained 285 micro-L of 5.0 mg/ml (0.40 mM) 13C-, 15N-labeled M.ex.PqqD in 25 mM potassium phosphate, pH 6.5, 7 micro-L of 50 mM sodium azide, and 15 micro-L HPLC grade D2O. ...詳細: PqqD sample contained 285 micro-L of 5.0 mg/ml (0.40 mM) 13C-, 15N-labeled M.ex.PqqD in 25 mM potassium phosphate, pH 6.5, 7 micro-L of 50 mM sodium azide, and 15 micro-L HPLC grade D2O. Final concentrations: 4.6 mg/ml (0.37 mM) MexPqqD, 1.1 mM sodium azide, 4.9% D2O).
イオン強度: 25 mM / Label: PqqD / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III85015 mm TCI CryoProbes including shielded z-gradient
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III90025 mm TCI CryoProbes including shielded z-gradient

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3.1.6Bruker Biospincollection
NMRPipeyear 2012Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
Sparky3Goddard and Knellerデータ解析
XPLOR-NIH2.37Schwietersstructure calculation
Protein Structure Validation Suite (PSVS)1.5http://psvs-1_5-dev.nesg.org/精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 6
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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