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- PDB-5swi: Crystal structure of SpGH92 in complex with mannose -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5swi
タイトルCrystal structure of SpGH92 in complex with mannose
要素Sugar hydrolase
キーワードHYDROLASE / Beta sandwich / (alpha/alpha)6 barrel / glycoside hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Alpha-1,2-mannosidase, putative / Glycosyl hydrolase family 92 / Glycosyl hydrolase family 92 N-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 92 catalytic domain / Glycosyl hydrolase family 92 N-terminal domain / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 - #10 / Glycoside hydrolase-type carbohydrate-binding / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 / Six-hairpin glycosidase superfamily / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-mannopyranose / Alpha-mannosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Shapiro-Ward, S. / Boraston, A.B.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP 130305 カナダ
引用ジャーナル: PLoS Pathog. / 年: 2017
タイトル: Molecular Characterization of N-glycan Degradation and Transport in Streptococcus pneumoniae and Its Contribution to Virulence.
著者: Robb, M. / Hobbs, J.K. / Woodiga, S.A. / Shapiro-Ward, S. / Suits, M.D. / McGregor, N. / Brumer, H. / Yesilkaya, H. / King, S.J. / Boraston, A.B.
履歴
登録2016年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月18日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Sugar hydrolase
A: Sugar hydrolase
C: Sugar hydrolase
D: Sugar hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)328,66028
ポリマ－326,3054
非ポリマー2,35424
水24,5721364
1
B: Sugar hydrolase
D: Sugar hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,23813
ポリマ－163,1532
非ポリマー1,08511
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5570 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area45870 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15930 Å2
ΔGint-117 kcal/mol
Surface area87200 Å2
手法PISA
3
A: Sugar hydrolase
C: Sugar hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,42215
ポリマ－163,1532
非ポリマー1,26913
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6100 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area45590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.003, 161.711, 208.404
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A
12B
22C
13B
23D
14A
24C
15A
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROBA2 - 69225 - 715
21PROPROAB2 - 69225 - 715
12SERSERBA2 - 69325 - 716
22SERSERCC2 - 69325 - 716
13HISHISBA2 - 69425 - 717
23HISHISDD2 - 69425 - 717
14SERSERAB2 - 69325 - 716
24SERSERCC2 - 69325 - 716
15SERSERAB2 - 69325 - 716
25SERSERDD2 - 69325 - 716
16PROPROCC2 - 69225 - 715
26PROPRODD2 - 69225 - 715

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

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要素

#1: タンパク質
Sugar hydrolase


分子量: 81576.289 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: ERS003549_00384, ERS409165_00851, ERS409372_00266, ERS455085_01031, ERS515225_01644
プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0Y0HIE3
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 糖
ChemComp-BMA / beta-D-mannopyranose / beta-D-mannose / D-mannose / mannose / β-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1364 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.52 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 2.25 M (NH4)2SO4, 0.1M Bis-Tris

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.97531 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97531 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→127.76 Å / Num. obs: 237386 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 14.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC精密化
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2WVY

2wvy


解像度: 2.15→127.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / WRfactor Rfree: 0.193 / WRfactor Rwork: 0.1722 / FOM work R set: 0.8167 / SU B: 5.311 / SU ML: 0.13 / SU R Cruickshank DPI: 0.1821 / SU Rfree: 0.1563 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.182 / ESU R Free: 0.156 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2212 11855 5 %RANDOM
Rwork0.1968 ---
obs0.198 225381 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 100.57 Å2 / Biso mean: 35.789 Å2 / Biso min: 13.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→127.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21913 0 148 1364 23425
Biso mean--45.38 36.56 -
残基数----2746
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01922764
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.0220474
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2251.94830970
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.94347186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.22552756
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.22924.181110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.383153518
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.341597
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.23326
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02125998
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.025563
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.053.49611024
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0483.49611023
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1185.23713780
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11B430920.04
12A430920.04
21B421480.05
22C421480.05
31B420760.05
32D420760.05
41A421620.05
42C421620.05
51A421850.05
52D421850.05
61C418220.05
62D418220.05
LS精密化 シェル解像度: 2.151→2.207 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 860 -
Rwork0.324 16411 -
all-17271 -
obs--99.06 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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