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- PDB-5svm: Crystal structure of the ATP-gated human P2X3 ion channel bound t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5svm
タイトルCrystal structure of the ATP-gated human P2X3 ion channel bound to agonist 2-methylthio-ATP in the desensitized state
要素P2X purinoceptor 3
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Ion Channel / Desensitized State
機能・相同性
機能・相同性情報


Platelet homeostasis / extracellularly ATP-gated monoatomic cation channel activity / purinergic nucleotide receptor activity / peristalsis / Elevation of cytosolic Ca2+ levels / neuromuscular synaptic transmission / urinary bladder smooth muscle contraction / response to carbohydrate / inorganic cation transmembrane transport / cellular response to ATP ...Platelet homeostasis / extracellularly ATP-gated monoatomic cation channel activity / purinergic nucleotide receptor activity / peristalsis / Elevation of cytosolic Ca2+ levels / neuromuscular synaptic transmission / urinary bladder smooth muscle contraction / response to carbohydrate / inorganic cation transmembrane transport / cellular response to ATP / protein homotrimerization / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / behavioral response to pain / response to mechanical stimulus / positive regulation of calcium-mediated signaling / response to cold / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / establishment of localization in cell / calcium ion transmembrane transport / regulation of synaptic plasticity / Schaffer collateral - CA1 synapse / sensory perception of taste / response to heat / response to hypoxia / receptor complex / postsynapse / axon / signal transduction / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
P2X3 purinoceptor / atp-gated p2x4 ion channel / atp-gated p2x4 ion channel fold / atp-gated p2x4 ion channel domain / : / ATP P2X receptors signature. / ATP P2X receptor / P2X purinoreceptor / P2X purinoreceptor extracellular domain superfamily / Helix Hairpins ...P2X3 purinoceptor / atp-gated p2x4 ion channel / atp-gated p2x4 ion channel fold / atp-gated p2x4 ion channel domain / : / ATP P2X receptors signature. / ATP P2X receptor / P2X purinoreceptor / P2X purinoreceptor extracellular domain superfamily / Helix Hairpins / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6AT / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / P2X purinoceptor 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.093 Å
データ登録者Mansoor, S.E. / Lu, W. / Oosterheert, W. / Shekhar, M. / Tajkhorshid, E. / Gouaux, E.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: X-ray structures define human P2X3 receptor gating cycle and antagonist action.
著者: Mansoor, S.E. / Lu, W. / Oosterheert, W. / Shekhar, M. / Tajkhorshid, E. / Gouaux, E.
履歴
登録2016年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月19日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: P2X purinoceptor 3
B: P2X purinoceptor 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,12815
ポリマ－81,4482
非ポリマー2,68013
水61334
1
A: P2X purinoceptor 3
ヘテロ分子

A: P2X purinoceptor 3
ヘテロ分子

A: P2X purinoceptor 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,44424
ポリマ－122,1713
非ポリマー4,27221
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area16320 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area44690 Å2
手法PISA
2
B: P2X purinoceptor 3
ヘテロ分子

B: P2X purinoceptor 3
ヘテロ分子

B: P2X purinoceptor 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,93921
ポリマ－122,1713
非ポリマー3,76818
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555z+1/2,-x+1/2,-y1
crystal symmetry operation12_554-y+1/2,-z,x-1/21
Buried area16160 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area43920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)172.640, 172.640, 172.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-515-

HOH

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 AB

#1: タンパク質 P2X purinoceptor 3 / P2X3 / ATP receptor / Purinergic receptor


分子量: 40723.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: P2RX3 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P56373
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 6種, 41分子

#3: 化合物 ChemComp-6AT / 2-(methylsulfanyl)adenosine 5'-(tetrahydrogen triphosphate) / 2-methylthio-adenosine-5'-triphosphate / 2-メチルチオATP


分子量: 553.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O13P3S
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.85 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 21% PEG 400, 100 mM Tris, pH 8.0, 325 mM Sodium Acetate, 100 mM NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.09→50 Å / Num. obs: 46746 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 2.32 % / Net I/σ(I): 11.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.093→47.882 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.13 / 位相誤差: 25.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2279 2339 5 %
Rwork0.2033 --
obs0.2045 46738 76.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.093→47.882 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4928 0 166 34 5128
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035221
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7217120
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5043067
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046819
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004889
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0932-3.15640.41541260.34562376X-RAY DIFFRACTION69
3.1564-3.2250.34651420.32372597X-RAY DIFFRACTION77
3.225-3.30.33621410.32292645X-RAY DIFFRACTION77
3.3-3.38250.32291410.28942599X-RAY DIFFRACTION77
3.3825-3.47390.30171340.27252623X-RAY DIFFRACTION78
3.4739-3.57610.25641320.24262652X-RAY DIFFRACTION78
3.5761-3.69150.24381360.21992550X-RAY DIFFRACTION75
3.6915-3.82340.28861240.21542431X-RAY DIFFRACTION71
3.8234-3.97640.19521460.20062703X-RAY DIFFRACTION80
3.9764-4.15730.20531450.19132664X-RAY DIFFRACTION79
4.1573-4.37630.21511370.14722646X-RAY DIFFRACTION78
4.3763-4.65030.1611350.13892701X-RAY DIFFRACTION79
4.6503-5.0090.15931330.13692490X-RAY DIFFRACTION73
5.009-5.51240.19131480.1542750X-RAY DIFFRACTION81
5.5124-6.30850.19471490.18212733X-RAY DIFFRACTION81
6.3085-7.94220.22091350.22342576X-RAY DIFFRACTION76
7.9422-47.88740.25271350.23462663X-RAY DIFFRACTION78

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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