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- PDB-5svk: Crystal structure of the ATP-gated human P2X3 ion channel in the ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5svk
タイトルCrystal structure of the ATP-gated human P2X3 ion channel in the ATP-bound, open state
要素P2X purinoceptor 3
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Ion Channel / Open State
機能・相同性
機能・相同性情報


Platelet homeostasis / extracellularly ATP-gated monoatomic cation channel activity / purinergic nucleotide receptor activity / Elevation of cytosolic Ca2+ levels / peristalsis / urinary bladder smooth muscle contraction / neuromuscular synaptic transmission / response to carbohydrate / inorganic cation transmembrane transport / cellular response to ATP ...Platelet homeostasis / extracellularly ATP-gated monoatomic cation channel activity / purinergic nucleotide receptor activity / Elevation of cytosolic Ca2+ levels / peristalsis / urinary bladder smooth muscle contraction / neuromuscular synaptic transmission / response to carbohydrate / inorganic cation transmembrane transport / cellular response to ATP / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / protein homotrimerization / behavioral response to pain / response to mechanical stimulus / positive regulation of calcium-mediated signaling / response to cold / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / establishment of localization in cell / Schaffer collateral - CA1 synapse / calcium ion transmembrane transport / regulation of synaptic plasticity / sensory perception of taste / response to heat / response to hypoxia / receptor complex / postsynapse / axon / signal transduction / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
P2X3 purinoceptor / atp-gated p2x4 ion channel fold / atp-gated p2x4 ion channel domain / : / ATP P2X receptors signature. / ATP P2X receptor / P2X purinoreceptor / P2X purinoreceptor extracellular domain superfamily / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / (CARBAMOYLMETHYL-CARBOXYMETHYL-AMINO)-ACETIC ACID / P2X purinoceptor 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.773 Å
データ登録者Mansoor, S.E. / Lu, W. / Oosterheert, W. / Shekhar, M. / Tajkhorshid, E. / Gouaux, E.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: X-ray structures define human P2X3 receptor gating cycle and antagonist action.
著者: Mansoor, S.E. / Lu, W. / Oosterheert, W. / Shekhar, M. / Tajkhorshid, E. / Gouaux, E.
履歴
登録2016年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月19日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / citation / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: P2X purinoceptor 3
B: P2X purinoceptor 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,73818
ポリマ－81,4922
非ポリマー4,24616
水1,09961
1
A: P2X purinoceptor 3
ヘテロ分子

A: P2X purinoceptor 3
ヘテロ分子

A: P2X purinoceptor 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,22430
ポリマ－122,2383
非ポリマー6,98627
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area26190 Å2
ΔGint11 kcal/mol
Surface area49620 Å2
手法PISA
2
B: P2X purinoceptor 3
ヘテロ分子

B: P2X purinoceptor 3
ヘテロ分子

B: P2X purinoceptor 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,99024
ポリマ－122,2383
非ポリマー5,75221
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_577z+1/2,-x+5/2,-y+21
crystal symmetry operation12_774-y+5/2,-z+2,x-1/21
Buried area23150 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area50820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)173.150, 173.150, 173.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-409-

MHA

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 P2X purinoceptor 3 / P2X3 / ATP receptor / Purinergic receptor


分子量: 40745.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: P2RX3 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P56373

-
糖 , 2種, 11分子

#2: 多糖
alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 66分子

#3: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-MHA / (CARBAMOYLMETHYL-CARBOXYMETHYL-AMINO)-ACETIC ACID / N-(2-ACETAMIDO)IMINODIACETIC ACID / ADA


分子量: 190.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10N2O5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.04 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 400, 50 mM ADA, pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.77→50 Å / Num. obs: 79845 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.94 % / Net I/σ(I): 12.34

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2142: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.773→43.287 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.83 / 位相誤差: 25.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2277 4010 5.02 %
Rwork0.2005 --
obs0.2019 79821 93.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.773→43.287 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5503 0 273 61 5837
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035923
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8928079
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.8473487
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.09958
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004989
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7733-2.8060.41861190.38072314X-RAY DIFFRACTION82
2.806-2.84020.34371330.33022559X-RAY DIFFRACTION92
2.8402-2.87610.33221360.30992591X-RAY DIFFRACTION92
2.8761-2.91390.35991380.30842560X-RAY DIFFRACTION92
2.9139-2.95390.33491340.29032524X-RAY DIFFRACTION92
2.9539-2.9960.30731350.28932606X-RAY DIFFRACTION93
2.996-3.04080.32081340.28182586X-RAY DIFFRACTION93
3.0408-3.08830.2911390.27072620X-RAY DIFFRACTION93
3.0883-3.13890.31531350.26172577X-RAY DIFFRACTION93
3.1389-3.1930.24241350.25062606X-RAY DIFFRACTION94
3.193-3.2510.27291410.23482614X-RAY DIFFRACTION94
3.251-3.31350.32751430.23572577X-RAY DIFFRACTION94
3.3135-3.38110.24841420.23462610X-RAY DIFFRACTION94
3.3811-3.45460.24661420.20552668X-RAY DIFFRACTION94
3.4546-3.5350.25021400.21082626X-RAY DIFFRACTION94
3.535-3.62330.25581380.18562626X-RAY DIFFRACTION94
3.6233-3.72120.19581380.19772621X-RAY DIFFRACTION95
3.7212-3.83070.24081380.19772635X-RAY DIFFRACTION95
3.8307-3.95420.22331390.19972659X-RAY DIFFRACTION95
3.9542-4.09550.21561420.18792641X-RAY DIFFRACTION96
4.0955-4.25930.19511380.16942649X-RAY DIFFRACTION96
4.2593-4.4530.15891440.15162705X-RAY DIFFRACTION96
4.453-4.68750.16571400.14832601X-RAY DIFFRACTION95
4.6875-4.98080.18561430.14752687X-RAY DIFFRACTION96
4.9808-5.36470.20551360.15892670X-RAY DIFFRACTION96
5.3647-5.90330.15031400.17072683X-RAY DIFFRACTION97
5.9033-6.75480.22081460.19882693X-RAY DIFFRACTION97
6.7548-8.49970.20691420.19812653X-RAY DIFFRACTION95
8.4997-43.29280.26831400.22282650X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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