PDB-5sd9: Crystal Structure of Dihydrofolate Reductase from Homo sapiens bo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5sd9

タイトル

Crystal Structure of Dihydrofolate Reductase from Homo sapiens bound to NADP and SDDC Inhibitor SDDC-1096

要素

Dihydrofolate reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / Homo sapiens / DHFR / NADP / Folate / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of removal of superoxide radicals / tetrahydrobiopterin biosynthetic process / Metabolism of folate and pterines / tetrahydrofolate metabolic process / response to methotrexate / sequence-specific mRNA binding / folic acid binding / axon regeneration / dihydrofolate metabolic process / G1/S-Specific Transcription ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Dihydrofolate Reductase from Homo sapiens bound to NADP and SDDC Inhibitor SDDC-1096
著者: Mayclin, S.J. / Fairman, J.W. / Dranow, D.M. / Conrady, D.G. / Fox III, D. / Lukacs, C.M. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E. / Abendroth, J.

履歴

登録	2021年12月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年2月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月2日	Group: Other / Structure summary カテゴリ: pdbx_SG_project / pdbx_database_status / struct_keywords Item: _pdbx_database_status.SG_entry / _struct_keywords.text
改定 1.2	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sd/5sd9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sd/5sd9	HTTPS FTP

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グループ登録

ID	G_1002223 (26エントリ) 5scm 5scn 5sco 5scp 5scq 5scr 5scs 5sct 5scu 5scv
タイトル	DHFR structures, SSGCID
タイプ	ground state
解説	human and M. tuberculosis DHFR structures bound to ligands

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関連構造データ

類似構造データ	4keb-1 4qjc-d 4kd7-2 3n0h-d 3ntz-d 1dr6-d 5sda-d 3nxr-d 1pd8-d 6de4-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (12) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#34 - 2002年10月
ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase)
類似性 (12)
#150 - 2012年6月
スライディングクランプ (Sliding Clamps)
類似性 (1)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#188 - 2015年8月
テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis)
類似性 (1)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (1)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Dihydrofolate reductase

ヘテロ分子

23 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.350, 74.350, 144.280
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-316- HOH
2	1	A-339- HOH

詳細

biological unit is a monomer, the same as asu

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Dihydrofolate reductase 分子量: 21480.723 Da / 分子数: 1 / 断片: Human DHFR / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DHFR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00374, dihydrofolate reductase

-
非ポリマー , 5種, 157分子

#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-HZU / (2S)-2-[(2-{3-[(2,4-diamino-6-ethylpyrimidin-5-yl)oxy]propoxy}phenyl)methyl]-3-fluoropropanoic acid 分子量: 392.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₅FN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 73.5 % / Mosaicity: 0.18 °
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: MCSG2 E5 (284882e5): 1600mM Ammonium sulfate, 100mM MES pH6.5, 10% dioxane, 10mg/mL, 20% eg, puck rfh2-6

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月5日

放射

モノクロメーター: C 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97856 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 24345 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 35.772 Å² / R_merge F obs: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.09 / R_rim(I) all: 0.097 / Net I/σ(I): 14.24 / Num. measured all: 175336

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
2.1-2.15		0.839	0.557	3.28	12864	1756	1755	0.597	99.9
2.15-2.21		0.913	0.426	4.28	12547	1714	1714	0.456	100
2.21-2.28		0.942	0.362	4.93	12347	1686	1685	0.388	99.9
2.28-2.35		0.951	0.29	6.16	11981	1622	1621	0.311	99.9
2.35-2.42		0.962	0.269	6.6	11520	1579	1579	0.289	100
2.42-2.51		0.974	0.23	7.62	11220	1539	1537	0.247	99.9
2.51-2.6		0.976	0.202	9.02	10858	1481	1480	0.216	99.9
2.6-2.71		0.983	0.16	11.17	10487	1433	1433	0.171	100
2.71-2.83		0.99	0.133	12.84	10001	1371	1371	0.142	100
2.83-2.97		0.992	0.111	15.17	9627	1334	1333	0.119	99.9
2.97-3.13		0.995	0.092	17.4	9010	1249	1248	0.099	99.9
3.13-3.32		0.997	0.076	20.46	8565	1190	1188	0.082	99.8
3.32-3.55		0.996	0.066	24.33	8118	1132	1132	0.07	100
3.55-3.83		0.997	0.059	27.09	7496	1054	1053	0.063	99.9
3.83-4.2		0.996	0.054	28.88	6918	977	977	0.058	100
4.2-4.7		0.998	0.051	30.23	6326	897	893	0.055	99.6
4.7-5.42		0.997	0.049	30.16	5520	799	794	0.053	99.4
5.42-6.64		0.997	0.052	28.36	4646	691	687	0.056	99.4
6.64-9.39		0.997	0.05	29.86	3554	551	545	0.054	98.9
	9.39	0.998	0.049	27.83	1731	338	320	0.053	94.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	dev_2621	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
PHENIX		モデル構築
Coot		モデル構築
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→49.396 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.23 / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.41 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1842	1974	8.11 %
R_work	0.1582	22365	-
obs	0.1603	24339	99.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 101.98 Å² / B_iso mean: 35.2468 Å² / B_iso min: 15.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→49.396 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1482	0	95	151	1728

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	1682
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.882	2300
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	244
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	311
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.367	1042

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.1001-2.1526	0.2408	122	0.21	1570	1692	100
2.1526-2.2108	0.2594	129	0.1828	1569	1698	100
2.2108-2.2758	0.2321	143	0.1779	1573	1716	100
2.2758-2.3493	0.2103	145	0.1695	1557	1702	100
2.3493-2.4332	0.1945	130	0.1696	1575	1705	100
2.4332-2.5307	0.1785	134	0.167	1591	1725	100
2.5307-2.6458	0.2075	146	0.1673	1576	1722	100
2.6458-2.7853	0.1976	151	0.166	1568	1719	100
2.7853-2.9598	0.1943	152	0.1641	1580	1732	100
2.9598-3.1883	0.1614	157	0.1624	1586	1743	100
3.1883-3.5091	0.1735	141	0.1497	1607	1748	100
3.5091-4.0166	0.1712	131	0.1363	1619	1750	100
4.0166-5.0597	0.1283	146	0.1305	1658	1804	100
5.0597-49.4099	0.2212	147	0.1778	1736	1883	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4288	0.5192	1.6824	6.4143	-1.6077	7.9963	0.2135	0.1693	-0.3388	0.3684	-0.3448	-0.6469	0.3707	0.5085	0.1452	0.2385	0.0044	-0.0048	0.2071	0.0376	0.2278	-20.1441	11.394	-20.6333
2	5.7709	-0.3206	-0.2168	2.7628	-0.6107	9.2098	0.0452	-0.1514	-0.1348	0.1016	0.1328	0.3318	-0.295	-0.6344	-0.1655	0.1726	0.0578	0.0291	0.2927	0.0559	0.2923	-36.2706	15.3037	-24.0517
3	1.7291	-2.8403	3.5824	9.125	-5.5339	8.9592	0.0718	0.1209	-0.1872	-0.4846	-0.0585	-0.0095	0.4474	0.0963	-0.0087	0.1898	0.0057	0.016	0.2367	0.0062	0.1824	-23.3537	10.7603	-32.7712
4	4.9863	-0.693	-1.5925	6.0249	-1.0701	7.0458	0.1555	0.3719	-0.0081	-0.442	0.0107	0.1563	0.4271	-0.213	-0.1179	0.2276	0.0035	-0.0329	0.1602	0.0292	0.1514	-24.39	-0.184	-25.6093
5	2.6283	0.1223	-0.7461	6.8782	3.2088	9.1333	-0.0052	-0.102	-0.5129	-0.2393	0.0028	0.6199	0.7661	-0.4724	0.1062	0.279	-0.0028	-0.0395	0.2817	0.0694	0.3242	-29.4674	-8.7543	-16.8113
6	5.8867	-1.9759	-2.5013	6.8161	2.0687	7.772	-0.0854	-0.5117	0.0876	0.0819	0.2213	-0.4713	-0.2021	0.4204	-0.1327	0.2959	-0.0129	-0.0125	0.204	0.0608	0.2374	-18.1924	-2.755	-12.2758
7	6.3102	-3.2939	1.4938	4.066	-2.8712	5.1282	0.1962	0.1533	-0.0357	-0.3997	-0.3504	-0.2003	0.444	0.5631	0.2555	0.3002	0.0113	0.0203	0.2884	0.0385	0.2563	-14.5375	-0.1198	-21.2211
8	4.6124	-0.6892	0.2446	4.9601	-1.8591	3.1136	0.0042	-0.3183	-0.0645	0.63	0.018	0.0536	-0.235	-0.1551	-0.0071	0.3046	0.0267	0.0363	0.2148	-0.0474	0.1758	-26.6363	15.4158	-17.5513
9	6.966	7.0834	2.349	9.267	-0.5228	4.8703	0.6203	-1.5041	0.3274	1.1358	-0.7303	0.0304	0.1939	-0.2624	0.1209	0.4787	-0.0265	-0.0289	0.4124	-0.0397	0.2105	-19.45	21.6373	-12.3967
10	9.4971	2.6171	1.9173	2.2738	0.2951	2.8854	-0.0378	0.3921	0.257	-0.2468	0.0134	0.1616	-0.1327	-0.0808	0.0122	0.2392	0.0572	-0.0218	0.17	-0.0045	0.1669	-21.3575	22.816	-31.4985
11	3.7013	0.1498	3.037	6.1882	-1.2092	9.6484	0.1569	0.1567	0.0822	0.5628	-0.1454	-0.3503	-0.0453	0.7757	-0.0816	0.2272	0.034	0.0327	0.1938	-0.0086	0.174	-20.1292	20.4157	-22.1811

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 12 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 13 through 28 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 29 through 40 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 41 through 76 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 77 through 88 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 89 through 102 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 103 through 118 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 119 through 149 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 150 through 159 )	A
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 160 through 175 )	A
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 176 through 187 )	A

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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