PDB-5sd0: Crystal Structure of Dihydrofolate Reductase from Mycobacterium t...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5sd0

タイトル

Crystal Structure of Dihydrofolate Reductase from Mycobacterium tuberculosis bound to NADP and SDDC Inhibitor SDDC-1225

要素

Dihydrofolate reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / Mycobacterium tuberculosis / DHFR / NADP / Folate / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID

機能・相同性

機能・相同性情報

NADP+ binding / dihydrofolate metabolic process / dihydrofolate reductase / folic acid metabolic process / dihydrofolate reductase activity / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Dihydrofolate Reductase from Mycobacterium tuberculosis bound to NADP and SDDC Inhibitor SDDC-1225
著者: Mayclin, S.J. / Fairman, J.W. / Dranow, D.M. / Conrady, D.G. / Fox III, D. / Lukacs, C.M. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E. / Abendroth, J.

履歴

登録	2021年12月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年2月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月2日	Group: Other / Structure summary カテゴリ: pdbx_SG_project / pdbx_database_status / struct_keywords Item: _pdbx_database_status.SG_entry / _struct_keywords.text
改定 1.2	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5sd0.cif.gz	88.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5sd0.ent.gz	65.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5sd0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5sd0_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5sd0_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	5sd0_validation.xml.gz	11 KB	表示
CIF形式データ	5sd0_validation.cif.gz	15.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sd/5sd0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sd/5sd0	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002223 (26エントリ) 5scm 5scn 5sco 5scp 5scq 5scr 5scs 5sct 5scu 5scv
タイトル	DHFR structures, SSGCID
タイプ	ground state
解説	human and M. tuberculosis DHFR structures bound to ligands

-
関連構造データ

類似構造データ	5sd4-d 7k62-1 5scp-2 3fqf-d 6nnd-1 4fop-d 5sd5-d 1nwa-d 7ki9-d 6nni-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Dihydrofolate reductase

ヘテロ分子

21.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	29.480, 67.130, 72.140
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

biological unit is a monomer, the same as asu

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Dihydrofolate reductase 分子量: 19832.365 Da / 分子数: 1 / 断片: MtDHFR / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: folA, dfrA, Rv2763c, MTV002.28c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P9WNX1, dihydrofolate reductase

#1: タンパク質

Dihydrofolate reductase

分子量: 19832.365 Da / 分子数: 1 / 断片: MtDHFR / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: folA, dfrA, Rv2763c, MTV002.28c / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P9WNX1, dihydrofolate reductase

-
非ポリマー , 6種, 192分子

#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-HIK / 3-(2-{3-[(2,4-diamino-6-ethylpyrimidin-5-yl)oxy]propoxy}pyridin-3-yl)propan-1-ol 分子量: 347.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₅N₅O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 32 % / Mosaicity: 0.173 °
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: MCSG4 F7 (291338f7): 200mM magnesium formate, 100mM MES:NaOH pH6.5, 25% (w/v) PEG4000, 10mg/mL protein conc., cryo 15% ethylene glycol, puck pwp0-15

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CLSI

/ ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PAD / 日付: 2017年5月17日

放射

モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97949 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 15006 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 24.867 Å² / R_merge F obs: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.071 / R_rim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 15.95 / Num. measured all: 87095

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.75-1.8		0.797	0.5	2.35	3190	1086	1043	0.6	96
1.8-1.84		0.906	0.374	3.61	4110	1069	1058	0.434	99
1.84-1.9		0.935	0.333	4.92	5105	1031	1030	0.373	99.9
1.9-1.96		0.975	0.251	7.09	5888	1003	1003	0.276	100
1.96-2.02		0.983	0.207	8.89	6356	974	973	0.225	99.9
2.02-2.09		0.987	0.189	9.88	6203	957	957	0.206	100
2.09-2.17		0.992	0.143	11.91	5711	916	916	0.156	100
2.17-2.26		0.994	0.126	13.09	5597	877	876	0.137	99.9
2.26-2.36		0.995	0.114	14.76	5600	851	851	0.124	100
2.36-2.47		0.996	0.098	16.61	5345	818	817	0.106	99.9
2.47-2.61		0.995	0.084	19.38	4811	774	773	0.092	99.9
2.61-2.77		0.996	0.077	21.02	4709	740	740	0.083	100
2.77-2.96		0.997	0.066	24.25	4504	698	698	0.071	100
2.96-3.2		0.998	0.058	27.29	4178	653	653	0.063	100
3.2-3.5		0.998	0.049	30.7	3738	599	599	0.054	100
3.5-3.91		0.999	0.042	34.2	3423	553	553	0.046	100
3.91-4.52		0.999	0.038	36.77	3085	491	491	0.042	100
4.52-5.53		0.999	0.039	35.22	2509	431	430	0.042	99.8
5.53-7.83		0.998	0.042	33.24	1994	337	337	0.045	100
	7.83	0.998	0.035	34.95	1039	209	208	0.04	99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	dev_2744	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
PHENIX		モデル構築
Coot		モデル構築
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.75→49.144 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.29 / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.79 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1858	1600	10.66 %
R_work	0.1453	13404	-
obs	0.1497	15004	99.56 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 64.44 Å² / B_iso mean: 21.4083 Å² / B_iso min: 9.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→49.144 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1294	0	93	184	1571

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1459
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.891	1983
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	203
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	268
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.957	855

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7499-1.8064	0.2672	124	0.2247	1149	1273	96
1.8064-1.871	0.2877	145	0.2076	1198	1343	100
1.871-1.9459	0.2521	136	0.1727	1222	1358	100
1.9459-2.0344	0.2161	142	0.1485	1177	1319	100
2.0344-2.1417	0.2096	145	0.1519	1220	1365	100
2.1417-2.2759	0.19	141	0.1527	1212	1353	100
2.2759-2.4516	0.18	163	0.1562	1208	1371	100
2.4516-2.6983	0.1844	128	0.149	1234	1362	100
2.6983-3.0887	0.1948	144	0.1422	1229	1373	100
3.0887-3.8912	0.1526	156	0.1243	1242	1398	100
3.8912-49.1632	0.1597	176	0.1258	1313	1489	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5616	0.0819	0.0037	4.398	-4.56	4.3907	0.0565	0.1254	0.0745	-0.245	-0.0091	0.0389	0.0536	0.2016	-0.041	0.1147	0.0054	-0.0107	0.1271	0.0071	0.1079	14.3926	12.9308	6.5272
2	2.642	0.8883	0.1821	2.2766	1.3438	1.2509	0.1439	-0.171	-0.2578	0.1988	-0.0115	-0.167	0.1767	-0.0577	-0.1426	0.2016	-0.0137	-0.0311	0.1387	0.038	0.1338	11.0387	-0.3246	23.2961
3	3.87	-1.7274	-4.0944	4.7968	0.0642	5.0687	0.076	0.0286	-0.2585	0.0227	-0.0787	0.2358	0.2701	-0.4983	-0.0111	0.1301	-0.0185	-0.0157	0.19	-0.0036	0.1772	2.6886	8.246	14.1932
4	3.3301	-1.7203	0.1007	4.2391	-0.1994	1.7913	0.0494	0.0559	-0.117	-0.079	-0.0561	-0.0569	0.0892	-0.0281	0.0054	0.1222	-0.0105	-0.0072	0.1261	-0.0064	0.1034	10.5731	-3.8623	5.0249
5	0.67	-2.2786	0.5804	9.4774	-3.2303	1.6707	-0.1266	0.0816	0.26	-0.2234	-0.0086	-0.5553	-0.1479	0.0404	0.157	0.2365	-0.0099	0.0243	0.1905	-0.0049	0.2286	18.3605	2.7949	-1.4777
6	3.4866	0.8924	0.3713	4.9213	-1.3329	3.5124	0.0719	0.0901	-0.0192	-0.1768	-0.042	-0.2195	0.0346	0.0625	-0.0339	0.1172	0.0084	-0.0001	0.1117	-0.0184	0.0961	18.5712	6.2739	8.8189
7	2.0083	-0.2313	-0.358	0.6321	0.8023	1.8977	0.1112	-0.1881	-0.026	0.1304	0.0273	-0.07	-0	0.1023	-0.1266	0.1335	-0.0191	-0.0287	0.1303	-0.0018	0.1411	17.7401	9.9286	20.6538
8	8.1056	7.2941	-0.4182	8.9006	0.3566	0.695	0.0463	-0.1252	0.1123	-0.0955	0.0827	0.2318	0.0748	-0.2359	-0.1655	0.1629	-0.0188	0.0046	0.1662	-0.0094	0.1214	2.5062	11.9269	28.1651
9	4.7289	1.6649	-6.5855	3.1381	-2.0264	9.2075	-0.0059	0.0462	0.2749	-0.2343	0.0349	-0.1517	0.1781	0.1118	-0.1971	0.166	-0.0146	-0.0021	0.1632	0.0228	0.1801	14.0689	16.6145	17.8851

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -6 through 9 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 10 through 24 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 25 through 35 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 36 through 76 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 77 through 89 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 90 through 106 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 107 through 139 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 140 through 150 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 151 through 159 )	A

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)