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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5scx | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Dihydrofolate Reductase from Mycobacterium tuberculosis bound to NADP and SDDC Inhibitor SDDC-1190 (racemic mixture) | ||||||
要素 | Dihydrofolate reductase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / Mycobacterium tuberculosis / DHFR / NADP / Folate / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 NADP+ binding / dihydrofolate metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å | ||||||
データ登録者 | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: to be published タイトル: Crystal Structure of Dihydrofolate Reductase from Mycobacterium tuberculosis bound to NADP and SDDC Inhibitor SDDC-1190 (racemic mixture) 著者: Mayclin, S.J. / Conrady, D.G. / Lorimer, D.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5scx.cif.gz | 92 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5scx.ent.gz | 67.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5scx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sc/5scx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sc/5scx | HTTPS FTP |
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-グループ登録
ID | G_1002223 (26エントリ) |
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タイトル | DHFR structures, SSGCID |
タイプ | ground state |
解説 | human and M. tuberculosis DHFR structures bound to ligands |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | biological unit is a monomer, the same as asu |
-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 19832.365 Da / 分子数: 1 / 断片: MtDHFR / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: folA, dfrA, Rv2763c, MTV002.28c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P9WNX1, dihydrofolate reductase |
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-非ポリマー , 5種, 192分子
#2: 化合物 | ChemComp-NAP / |
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#3: 化合物 | ChemComp-HJI / ( |
#4: 化合物 | ChemComp-NA / |
#5: 化合物 | ChemComp-EDO / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 32 % / Mosaicity: 0.152 ° |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: MCSG3 D4: 200mM NaCl, 100mM imidazole: HCl pH8, 1M potassium sodium tartrate, 10mg/mL, cryo 20% EG, puck uqr1-1 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月13日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97856 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.3→50 Å / Num. obs: 35590 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 18.013 Å2 / Rmerge F obs: 1 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rrim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 24.75 / Num. measured all: 212877 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.3→36.145 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.26 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 14.47 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 58.16 Å2 / Biso mean: 16.864 Å2 / Biso min: 6.38 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.3→36.145 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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