PDB-5s5o: Tubulin-Z27682767-complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5s5o

タイトル

Tubulin-Z27682767-complex

要素

Stathmin-4
Tubulin alpha-1B chain
Tubulin beta-2B chain
Tubulin-Tyrosine Ligase

キーワード

CELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / MICROTUBULE

機能・相同性

機能・相同性情報

tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / cytoplasmic microtubule / cellular response to interleukin-4 / tubulin binding / spindle microtubule / structural constituent of cytoskeleton ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Gallus gallus (ニワトリ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Muehlethaler, T. / Gioia, D. / Prota, A.E. / Sharpe, M.E. / Cavalli, A. / Steinmetz, M.O.

資金援助

European Union,

イタリア,

スイス, 4件

組織	認可番号	国
iNEXT/Horizon 2020	PID2692	European Union
NEON/Regione Lombardia	ID239047	イタリア
Swiss National Science Foundation	31003A_166608	スイス
Swiss National Science Foundation	31030A_192566	スイス

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Comprehensive Analysis of Binding Sites in Tubulin.
著者: Muhlethaler, T. / Gioia, D. / Prota, A.E. / Sharpe, M.E. / Cavalli, A. / Steinmetz, M.O.

履歴

登録	2020年11月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Advisory / Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5s5o.cif.gz	913.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5s5o.ent.gz	750.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5s5o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5s5o_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5s5o_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	5s5o_validation.xml.gz	83.2 KB	表示
CIF形式データ	5s5o_validation.cif.gz	111 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/5s5o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s5/5s5o	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002173 (59エントリ) 5s4l 5s4m 5s4n 5s4o 5s4p 5s4q 5s4r 5s4s 5s4t 5s4u
タイトル	XChem fragment screening on T2R-TTL
タイプ	undefined
解説	Crystal structures of Tubulin-XChem-fragment complexes

-
関連構造データ

関連構造データ	5lxtS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5jvd-d 5nfz-d 5s4z-d 5s55-d 4tv9-d 5cb4-d 5ezy-d 4i4t-d 5h7o-d 5jh7-d 5iyz-d 5s4t-d 5s4l-d 5s4r-d 6fkj-d 5s5u-d 5xi7-d 4zhq-d 5s5w-d 6o5n-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (28) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (19) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (19) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (28)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (19)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (19)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta-2B chain

C: Tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta-2B chain

E: Stathmin-4

F: Tubulin-Tyrosine Ligase

ヘテロ分子

265 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.250, 159.670, 179.230
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質	Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質	Tubulin beta-2B chain 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質	Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質	Tubulin-Tyrosine Ligase 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 8種, 397分子

#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#10: 化合物	ChemComp-WGY / N-(4-sulfamoylphenyl)propanamide 分子量: 228.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₂N₂O₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#12: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 381 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 2% PEG 4K, 4% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 0.1 M MES/Imidazole, 5 mM L-tyrosine

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.91587 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→62.74 Å / Num. obs: 134046 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.795 % / B_iso Wilson estimate: 62.788 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.073 / R_rim(I) all: 0.079 / Χ²: 1.018 / Net I/σ(I): 15.15 / Num. measured all: 910781 / Scaling rejects: 811

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.3-2.36	7.057	1.605	1.24	69388	9862	9833	0.568	1.732	99.7
2.36-2.42	7.025	1.216	1.65	67351	9605	9588	0.669	1.313	99.8
2.42-2.49	6.93	0.922	2.15	64378	9303	9290	0.772	0.996	99.9
2.49-2.57	6.834	0.761	2.56	62031	9089	9077	0.829	0.823	99.9
2.57-2.66	6.515	0.57	3.29	57030	8771	8753	0.883	0.619	99.8
2.66-2.75	6.598	0.459	4.09	56134	8516	8508	0.915	0.498	99.9
2.75-2.85	6.939	0.334	5.54	57165	8249	8238	0.96	0.361	99.9
2.85-2.97	7.061	0.256	7.32	55682	7892	7886	0.976	0.276	99.9
2.97-3.1	6.978	0.179	9.96	53183	7629	7622	0.988	0.193	99.9
3.1-3.25	6.922	0.132	12.98	50270	7276	7262	0.992	0.143	99.8
3.25-3.43	6.606	0.1	16.27	45649	6917	6910	0.995	0.108	99.9
3.43-3.64	6.453	0.075	19.82	42572	6603	6597	0.997	0.082	99.9
3.64-3.89	6.745	0.063	25.42	40850	6170	6056	0.998	0.068	98.2
3.89-4.2	6.968	0.045	33.44	40257	5783	5777	0.999	0.049	99.9
4.2-4.6	6.816	0.035	40.39	36345	5336	5332	0.999	0.038	99.9
4.6-5.14	6.328	0.032	41.97	30526	4831	4824	0.999	0.035	99.9
5.14-5.94	6.654	0.035	41.43	28611	4302	4300	0.999	0.038	100
5.94-7.27	6.868	0.032	44.81	25144	3663	3661	0.999	0.035	99.9
7.27-10.29	6.222	0.024	56.27	17871	2880	2872	0.999	0.026	99.7
10.29-62.74	6.231	0.021	66.36	10344	1680	1660	0.999	0.023	98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX	1.18.2_3874	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 5lxt

5lxt

解像度: 2.3→62.74 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.01 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2348	6635	4.95 %
R_work	0.2019	127394	-
obs	0.2035	134029	99.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 190.19 Å² / B_iso mean: 74.9108 Å² / B_iso min: 38.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.3→62.74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17423	0	199	381	18003
B_iso mean	-	-	67.64	61.58	-
残基数	-	-	-	-	2200

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.3-2.33	0.3678	217	0.3506	4180	4397	100
2.33-2.35	0.3331	195	0.3242	4216	4411	100
2.35-2.38	0.3471	226	0.3104	4233	4459	100
2.38-2.41	0.3133	231	0.2994	4146	4377	100
2.41-2.44	0.3177	222	0.2921	4231	4453	100
2.44-2.48	0.3413	230	0.2824	4189	4419	100
2.48-2.51	0.3225	215	0.2853	4236	4451	100
2.51-2.55	0.3332	214	0.2817	4195	4409	100
2.55-2.59	0.3177	223	0.2701	4213	4436	100
2.59-2.63	0.3076	235	0.2651	4223	4458	100
2.63-2.68	0.3115	206	0.2676	4186	4392	100
2.68-2.73	0.2884	218	0.2644	4246	4464	100
2.73-2.78	0.2984	206	0.2539	4247	4453	100
2.78-2.84	0.3056	218	0.2539	4205	4423	100
2.84-2.9	0.2887	234	0.2454	4220	4454	100
2.9-2.97	0.2974	227	0.2466	4210	4437	100
2.97-3.04	0.2873	223	0.2439	4257	4480	100
3.04-3.12	0.2395	239	0.2336	4205	4444	100
3.12-3.21	0.2609	220	0.2281	4223	4443	100
3.21-3.32	0.2707	213	0.2252	4275	4488	100
3.32-3.44	0.2521	213	0.2162	4249	4462	100
3.44-3.57	0.2414	197	0.211	4278	4475	100
3.57-3.74	0.2726	199	0.2323	4188	4387	97
3.74-3.93	0.1949	219	0.1865	4270	4489	100
3.93-4.18	0.1784	234	0.1693	4248	4482	100
4.18-4.5	0.1941	227	0.1569	4298	4525	100
4.5-4.95	0.1873	240	0.1467	4303	4543	100
4.95-5.67	0.2094	224	0.171	4315	4539	100
5.67-7.14	0.227	236	0.1861	4383	4619	100
7.15-62.74	0.1825	234	0.1545	4526	4760	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0474	-0.2447	-0.0635	4.6324	0.9405	3.3375	0.0174	0.1412	0.2504	-0.5529	0.2335	-0.2556	-0.7669	0.2443	-0.2614	0.6227	-0.1032	0.1368	0.5341	-0.1195	0.4536	32.326	90.5438	50.4309
2	5.1048	-0.3316	-3.0471	4.7238	-1.2977	2.6531	0.0223	-0.2372	-0.0823	0.4681	-0.0302	-0.107	0.117	0.3447	0.0283	0.4762	0.0584	-0.0269	0.462	-0.1198	0.3384	30.2631	75.2249	58.7984
3	1.9282	-0.0058	0.3408	4.1111	0.6986	5.532	0.0439	-0.0228	0.0063	0.2703	-0.0557	0.4143	-0.0983	-0.3164	0.0168	0.4342	0.0211	0.0639	0.4054	-0.1136	0.4551	17.3105	85.6823	66.5517
4	1.1735	-0.9471	0.1837	6.3433	1.5707	2.3267	-0.0834	-0.1252	0.0681	0.8044	0.1403	0.1646	0.1281	-0.028	-0.0706	0.5925	-0.0145	0.1355	0.6268	-0.0813	0.504	19.2295	84.4698	73.0168
5	2.5227	-0.1638	0.5567	5.5838	4.781	9.5848	-0.0515	-0.1802	0.0027	0.8014	0.4502	-0.4561	0.8058	0.7616	-0.384	0.5886	0.1274	-0.0791	0.4667	-0.0802	0.5483	32.6589	63.2615	61.5218
6	6.9251	-2.2741	-1.9007	6.0623	0.7038	6.1463	0.1531	0.2003	0.8326	-0.275	-0.1072	0.2786	-1.037	-0.1507	-0.0007	0.57	0.0323	-0.0447	0.461	-0.0185	0.5016	16.2226	70.638	19.0893
7	2.4089	0.3241	0.2823	2.5655	1.4162	3.6483	0.0092	-0.0149	0.1276	0.0101	-0.1326	0.1683	-0.2211	-0.0774	0.1047	0.3736	0.0178	0.0132	0.4817	-0.1004	0.4153	20.4338	56.6656	25.2264
8	5.3444	-3.0778	1.7678	4.3578	-0.7473	3.373	-0.2498	-0.1608	-0.2079	0.2007	-0.027	0.6335	-0.0981	-1.304	0.2558	0.5626	0.0351	0.0636	0.884	-0.2225	0.5591	6.0078	60.9255	42.2753
9	1.5028	-1.6925	-0.6801	5.171	3.172	4.6728	0.0181	-0.2454	-0.018	0.7636	0.0807	-0.0584	0.602	0.3345	-0.1291	0.4225	-0.0751	0.0075	0.5647	-0.0559	0.4546	21.1693	41.8761	30.6354
10	1.1806	-0.2536	0.026	2.9792	0.4056	1.6887	-0.0698	0.2235	0.0599	-0.269	0.1215	-0.0153	-0.1475	0.1499	-0.0482	0.3862	-0.0693	0.0289	0.5444	-0.0471	0.4186	20.2055	33.5828	-12.0681
11	1.3545	-0.684	-0.0551	1.9359	0.8992	1.7542	-0.0238	-0.0348	0.0723	0.1128	-0.0469	0.1588	-0.0091	-0.229	0.0707	0.3008	-0.0504	0.0445	0.4533	-0.0317	0.3704	7.8454	26.4892	3.1294
12	4.6136	-2.448	0.3833	7.9507	-0.0692	1.2991	-0.1313	0.5404	0.1282	-0.6956	0.1322	0.0858	-0.1033	-0.1004	-0.0094	0.6375	-0.1249	0.0421	0.9682	-0.0821	0.384	17.3378	10.3451	-44.0817
13	2.0851	0.2071	-0.1848	1.5153	0.1473	2.497	-0.0742	0.5138	-0.2371	-0.3048	0.1634	-0.2241	0.277	0.0951	-0.0811	0.5679	-0.0442	0.0676	0.6978	-0.2164	0.5007	22.8738	-1.7309	-34.3608
14	1.4992	-1.0983	-2.0109	5.4812	2.2632	2.8333	0.2486	0.7483	-0.597	-0.5563	-0.4031	0.7786	0.2804	-0.6574	0.1012	0.7334	-0.1241	-0.0142	0.9418	-0.2345	0.6973	1.9638	-5.7539	-25.2604
15	2.24	-0.5414	-0.1724	2.1448	0.4306	2.8682	-0.1788	0.2744	-0.2563	-0.0614	0.1825	0.1461	0.3462	-0.3262	0.0159	0.5186	-0.1308	0.0266	0.5586	-0.1474	0.4642	8.7408	-1.1649	-21.0035
16	3.3844	0.5672	-1.9038	2.3614	-0.1465	5.6841	-0.284	0.2117	-0.9664	0.1364	0.0238	-0.2378	0.863	0.529	0.0739	0.7603	0.1102	-0.0293	0.7162	-0.32	0.8449	30.4246	-16.6848	-24.789
17	3.3077	-1.3798	1.1895	5.662	0.5723	0.6571	0.1717	-0.2035	-0.0147	0.9305	0.1491	-0.2822	0.0514	0.2962	-0.3431	0.9633	-0.0721	-0.0521	0.7663	-0.1896	0.6025	28.0358	94.0936	81.4137
18	0.136	-0.2424	-0.497	5.4493	5.6991	6.4595	-0.0264	-0.0476	-0.0775	0.6302	0.6407	-0.6841	0.7653	0.8498	-0.7399	0.517	0.1024	0.0059	0.9497	-0.2472	0.7691	43.1621	28.6151	3.9399
19	5.0489	1.0899	-1.114	6.5709	1.4988	6.402	-0.5447	0.7488	-0.6915	-0.2402	0.3137	-0.1254	1.3727	-0.3667	0.1909	1.0021	-0.1513	0.1558	0.7074	-0.1645	0.5949	6.5899	55.8808	69.7199
20	5.8531	0.7479	2.9452	5.2023	-1.8045	2.6523	-0.021	-1.0449	0.2067	0.6569	-0.266	-0.9035	-0.2648	1.3384	0.287	0.7887	0.0374	-0.094	1.1007	0.0117	0.7096	16.6426	65.6904	102.6083
21	4.7484	0.701	2.2185	5.0222	-0.7409	6.5615	-0.1212	-0.5689	-0.6617	0.7533	-0.2004	-1.0081	0.7759	1.5828	0.2856	0.9548	0.3123	0.0306	1.0209	0.224	0.8628	11.6457	53.7489	105.958
22	2.9402	1.1293	-1.2241	4.072	-0.3923	3.0611	-0.3993	0.0716	-0.7614	0.4333	0.1322	-0.3845	0.9285	0.153	0.2004	1.0359	0.0574	0.1988	0.5455	0.0522	0.8009	-2.0814	51.274	99.4626
23	3.6229	0.2989	-2.1214	1.7002	0.9932	6.9983	-0.3922	0.2636	-0.6035	-0.0437	0.2751	-0.1327	1.0245	-0.0654	0.0648	0.8097	-0.0162	0.0513	0.5187	0.0035	0.6271	1.1952	59.516	87.6234
24	4.5914	-3.4513	-1.2815	3.4381	0.2155	2.4514	0.0508	0.938	-0.3148	0.1191	0.2171	0.675	-0.7077	-1.2483	-0.189	0.686	-0.2417	0.0627	0.9041	0.0521	0.6251	-8.1154	64.3421	79.336

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 160 )	A	1 - 160
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 161 through 199 )	A	161 - 199
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 200 through 311 )	A	200 - 311
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 312 through 401 )	A	312 - 401
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 402 through 438 )	A	402 - 438
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 1 through 88 )	B	1 - 88
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 89 through 259 )	B	89 - 259
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 260 through 372 )	B	260 - 372
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 373 through 438 )	B	373 - 438
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 1 through 197 )	C	1 - 197
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 198 through 440 )	C	198 - 440
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 1 through 88 )	D	1 - 88
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 89 through 273 )	D	89 - 273
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 274 through 311 )	D	274 - 311
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 312 through 399 )	D	312 - 399
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 400 through 441 )	D	400 - 441
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'E' and (resid 6 through 46 )	E	6 - 46
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'E' and (resid 47 through 143 )	E	47 - 143
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'F' and (resid 1 through 66 )	F	1 - 66
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'F' and (resid 67 through 140 )	F	67 - 140
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'F' and (resid 141 through 207 )	F	141 - 207
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resid 208 through 297 )	F	208 - 297
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resid 298 through 354 )	F	298 - 354
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'F' and (resid 355 through 382 )	F	355 - 382

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
グループ登録

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

-
非ポリマー , 8種, 397分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-グループ登録

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

-非ポリマー , 8種, 397分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
グループ登録

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

-
非ポリマー , 8種, 397分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)