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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5qtg | ||||||
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タイトル | T. brucei FPPS in complex with CID 126782062 | ||||||
![]() | Farnesyl pyrophosphate synthase | ||||||
![]() | Transferase/Transferase inhibitor / farnesyl diphosphate synthase / Trypanosoma brucei / PanDDA / protein-ligand complex / Transferase-Transferase inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() farnesyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity / geranyltranstransferase activity / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Muenzker, L. / Petrick, J.K. / Schleberger, C. / Cornaciu, I. / Marquez, J.A. / Jahnke, W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: T. brucei FPPS in complex with CID 126782062 著者: Muenzker, L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 151.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 119.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 467.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 474.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-グループ登録
ID | G_1002102 (7エントリ) |
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タイトル | PanDDA analysis group deposition |
タイプ | changed state |
解説 | FPPS screened against the Enamine Golden Fragment Library by X-ray Crystallography at the HTX lab of EMBL Grenoble |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4rypS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 42169.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 66分子 ![](data/chem/img/PK4.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-PK4 / | ||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-NA / | #5: 化合物 | ChemComp-GOL / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.79 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.12 M CsCl 12 % w/v PEG 3350, 12 % v/v DMSO |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9677 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.093→57.478 Å / Num. obs: 15971 / % possible obs: 68.6 % / 冗長度: 37.8 % / Rmerge(I) obs: 0.158 / Rsym value: 0.158 / Net I/σ(I): 18.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.093→2.316 Å / 冗長度: 30.7 % / Rmerge(I) obs: 2.066 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 2.066 / % possible all: 13.5 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: pdbid 4ryp 解像度: 2.093→35.852 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 37.41 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 177.46 Å2 / Biso mean: 59.0326 Å2 / Biso min: 19.86 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.093→35.852 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6
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