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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5qt6 | ||||||
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タイトル | T. brucei FPPS in complex with CID 112445 | ||||||
![]() | Farnesyl pyrophosphate synthase | ||||||
![]() | TRANSFERASE/TRANSFERASE inhibitor / farnesyl diphosphate synthase / Trypanosoma brucei / PanDDA / protein-ligand complex / TRANSFERASE-TRANSFERASE inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() farnesyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity / geranyltranstransferase activity / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Muenzker, L. / Petrick, J.K. / Schleberger, C. / Jahnke, W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: T. brucei FPPS in complex with CID 112445 著者: Muenzker, L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 148.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 117.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 729.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 732.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-グループ登録
ID | G_1002098 (8エントリ) |
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タイトル | PanDDA analysis group deposition |
タイプ | changed state |
解説 | X-ray crystallography of TbruFPPS at Novartis, Basel and data collection at SLS beamline X10SA |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4rypS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42169.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-JNE / |
#3: 化合物 | ChemComp-PEG / |
#4: 化合物 | ChemComp-DMS / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.91 % / Mosaicity: 0.09 ° |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.12 M CsCl 12 % w/v PEG 3350, 6 % v/v DMSO |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.99979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.189→52.554 Å / Num. obs: 12355 / % possible obs: 60.3 % / 冗長度: 17.6 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.477 / Rpim(I) all: 0.233 / Rrim(I) all: 1.013 / Rsym value: 0.477 / Net I/σ(I): 11 / Num. measured all: 280753 / Scaling rejects: 461 |
反射 シェル | 解像度: 2.189→2.429 Å / 冗長度: 18 % / Rmerge(I) obs: 2.049 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. measured all: 42463 / Num. unique obs: 2206 / CC1/2: 0.443 / Rpim(I) all: 5.932 / Rrim(I) all: 26.373 / Rsym value: 2.049 / Net I/σ(I) obs: 0.9 / % possible all: 11.7 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: pdbid 4ryp 解像度: 2.189→52.554 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.35 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 178.32 Å2 / Biso mean: 56.4189 Å2 / Biso min: 16.94 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.189→52.554 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5
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