PDB-5qcs: Crystal structure of BACE complex with BMC024

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5qcs

タイトル

Crystal structure of BACE complex with BMC024

要素

Beta-secretase 1

キーワード

HYDROLASE / Hydroloase / D3R / BACE / Ligand Docking

機能・相同性

機能・相同性情報

memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / beta-aspartyl-peptidase activity / signaling receptor ligand precursor processing / amyloid-beta formation / amyloid precursor protein catabolic process / membrane protein ectodomain proteolysis / amyloid-beta metabolic process / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / prepulse inhibition ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.31 Å

Model details

Structures for D3R docking challenge

データ登録者

Rondeau, J.M. / Shao, C. / Yang, H. / Burley, S.K.

引用

ジャーナル: J.Comput.Aided Mol.Des. / 年: 2020
タイトル: D3R grand challenge 4: blind prediction of protein-ligand poses, affinity rankings, and relative binding free energies.
著者: Parks, C.D. / Gaieb, Z. / Chiu, M. / Yang, H. / Shao, C. / Walters, W.P. / Jansen, J.M. / McGaughey, G. / Lewis, R.A. / Bembenek, S.D. / Ameriks, M.K. / Mirzadegan, T. / Burley, S.K. / Amaro, R.E. / Gilson, M.K.

履歴

登録	2017年12月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年6月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月30日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2021年2月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5qcs.cif.gz	460.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5qcs.ent.gz	380.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5qcs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5qcs_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5qcs_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	5qcs_validation.xml.gz	42.8 KB	表示
CIF形式データ	5qcs_validation.cif.gz	59.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/5qcs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qc/5qcs	HTTPS FTP

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グループ登録

ID	G_1002044 (26エントリ) 5qco 5qcp 5qcq 5qcr 5qcs 5qct 5qcu 5qcv 5qcw 5qcx
タイトル	Crystal Structures of Beta-Secretase 1 with Bound Ligands
タイプ	undefined
解説	Crystal Structures of Complexes of Beta-Secretase 1 and Ligands

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関連構造データ

類似構造データ	2wf0-d 2xfk-d 2xfi-d 3dv1-1 5qd6-1 2f3f-2 2f3f-1 5qd7-1 4try-3 4gmi-d 5qd7-3 3ixk-1 5qd2-3 5qcv-1 7b1p-d 5qd8-2 2xfj-d 4gid-3 7d2v-d 4exg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#115 - 2009年7月 β-セクレターゼ (beta-Secretase) 類似性 (5) #79 - 2006年7月アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Beta-secretase 1

B: Beta-secretase 1

C: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

136 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45.3 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Beta-secretase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	82.250, 103.202, 100.997
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.03, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A
2	1	1	(CHAIN B AND (RESID -2 THROUGH 157 OR RESID 171 THROUGH 385))
3	1	1	(CHAIN C AND (RESID -2 THROUGH 157 OR RESID 171 THROUGH 385))

#1: タンパク質	Beta-secretase 1 / Aspartyl protease 2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP ...Aspartyl protease 2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP cleaving enzyme 1 / Memapsin-2 / Membrane-associated aspartic protease 2 分子量: 44777.336 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BACE1, BACE, KIAA1149 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56817, memapsin 2
#2: 化合物	ChemComp-AXF / (2R,4S)-N-BUTYL-4-HYDROXY-2-METHYL- 4-((E)-(4AS,12R,15S,17AS)-15-METHYL -14,17-DIOXO-2,3,4,4A,6,9,11,12,13, 14,15,16,17,17A-TETRADECAHYDRO-1H-5 ,10-DITHIA-1,13,16-TRIAZA-BENZOCYCL OPENTADECEN-12-YL)-BUTYRAMIDE 分子量: 514.745 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₂N₄O₄S₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 255 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.44 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: ハンギングドロップ法詳細: CRYSTALS WERE GROWN AT 19C BY VAPOUR DIFFUSION IN HANGING DROPS FROM 1.0M AMMONIUM SULFATE. PROTEIN STOCK WAS BACE MUT46B BATCH XII 8.45MG/ML IN 10MM TRIS-HCL PH 7.4, 25MM NACL, WITH A 2-FOLD ...詳細: CRYSTALS WERE GROWN AT 19C BY VAPOUR DIFFUSION IN HANGING DROPS FROM 1.0M AMMONIUM SULFATE. PROTEIN STOCK WAS BACE MUT46B BATCH XII 8.45MG/ML IN 10MM TRIS-HCL PH 7.4, 25MM NACL, WITH A 2-FOLD EXCESS OF BMC024 ADDED FROM A 10MM STOCK SOLUTION IN DMSO (2% DMSO IN DROP). CRYO-PROTECTANT WAS 1.2M AMMONIUM SULFATE, 25% GLYCEROL, 0.4MM BMC024, 4% DMSO.

結晶

マシュー密度: 3.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.44 %

結晶化

温度: 292 K / 手法: ハンギングドロップ法
詳細: CRYSTALS WERE GROWN AT 19C BY VAPOUR DIFFUSION IN HANGING DROPS FROM 1.0M AMMONIUM SULFATE. PROTEIN STOCK WAS BACE MUT46B BATCH XII 8.45MG/ML IN 10MM TRIS-HCL PH 7.4, 25MM NACL, WITH A 2-FOLD ...

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9784
検出器	検出器: CCD / 日付: 2004年12月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9784 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.305→56.236 Å / Num. obs: 72192 / % possible obs: 99.4 % / R_merge(I) obs: 0.097

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
CNX		精密化
CNX		位相決定
SCALEPACK		データスケーリング
DENZO		date reduction
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.31→56.24 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 19.71 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2	3670	5.08 %
R_work	0.172	-	-
obs	0.173	72192	99.4 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.31→56.24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8885	0	102	255	9242

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	9227
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.951	12540
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.24	5389
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.063	1368
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1612

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ
1	1	A	5434	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	5434	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	3	C	5434	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3052-2.3355	0.259	105	0.212	2430	X-RAY DIFFRACTION	91
2.3355-2.3675	0.2764	148	0.21	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3675-2.4013	0.2554	143	0.2112	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4013-2.4372	0.2237	141	0.2016	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4372-2.4753	0.2547	146	0.1971	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4753-2.5159	0.2485	135	0.19	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5159-2.5592	0.2074	144	0.1865	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5592-2.6058	0.2428	133	0.1923	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6058-2.6559	0.2593	143	0.2061	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6559-2.7101	0.2543	149	0.1996	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7101-2.769	0.2186	143	0.1972	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
2.769-2.8334	0.2453	136	0.1876	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8334-2.9043	0.2218	148	0.1859	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9043-2.9828	0.2202	164	0.1841	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9828-3.0706	0.1898	152	0.1849	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0706-3.1697	0.2291	154	0.1867	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1697-3.283	0.2197	132	0.184	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
3.283-3.4144	0.1995	141	0.1792	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4144-3.5698	0.1797	122	0.1702	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5698-3.7579	0.1947	134	0.1703	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7579-3.9933	0.1818	139	0.1565	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9933-4.3015	0.1682	147	0.1444	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3015-4.7342	0.1369	129	0.1308	2642	X-RAY DIFFRACTION	99
4.7342-5.4188	0.1656	156	0.1494	2642	X-RAY DIFFRACTION	99
5.4188-6.8252	0.2192	139	0.1716	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
6.8252-56.2524	0.1997	147	0.1833	2646	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0849	0.0806	-0.1112	0.2128	-0.083	0.1973	-0.1605	0.0582	0.3122	0.2015	-0.0273	-0.115	-0.2288	0.4014	-0.0019	0.4454	-0.1107	-0.0911	0.3735	0.0168	0.3126	44.3328	10.4511	24.6698
2	0.3586	-0.3622	-0.1092	0.8916	0.0334	0.0539	0.0024	0.3802	0.3963	-0.3123	-0.1474	-0.0065	-0.3596	0.1758	-0.4909	0.7085	-0.1344	-0.0376	0.4163	0.2118	0.4268	41.5671	16.8654	10.3952
3	0.4605	0.0958	0.0738	0.5765	-0.3518	0.4042	-0.0634	0.3871	0.3262	-0.2765	-0.0797	-0.1065	-0.3374	0.2559	-0.0003	0.5424	-0.0982	-0.0051	0.4562	0.11	0.331	43.738	9.6879	12.0241
4	0.1704	-0.1424	0.1612	0.4249	-0.2747	0.2071	0.0364	-0.0202	0.0407	0.3926	-0.0283	-0.1577	-0.112	0.3119	-0.0001	0.4009	-0.0055	-0.0526	0.3859	-0.0276	0.2428	45.0824	-5.1338	26.6171
5	0.7553	-0.1866	0.1295	0.3443	0.1326	0.4752	-0.082	0.1754	0.0313	-0.2225	0.1374	0.4788	-0.1711	-0.0454	0.0432	0.2806	0.0548	-0.0374	0.2976	0.0444	0.4548	21.3068	-7.1203	20.2921
6	0.6517	0.2321	0.0831	0.3041	-0.2915	0.5889	-0.1181	0.1154	0.0137	0.1943	0.0792	0.4446	-0.1727	-0.0368	0.0165	0.365	0.0954	0.0347	0.2746	0.0466	0.3932	24.2819	-3.8418	28.8911
7	0.3876	-0.1408	0.1679	0.7731	-0.4506	0.372	-0.0037	0.1462	-0.1008	-0.0308	0.0772	0.2087	-0.2166	-0.0922	-0.0004	0.3117	0.0485	0.0127	0.2885	-0.0166	0.2609	34.6837	-12.9018	25.0971
8	2.1744	0.577	0.1647	0.7555	-0.0639	1.3202	0.0188	-0.1375	-0.3612	0.0777	0.0514	-0.013	-0.0118	-0.2733	0.0002	0.2616	-0.003	-0.0171	0.3021	0.0585	0.2895	16.6534	13.5486	-13.5601
9	0.3255	-0.056	0.1724	0.5758	0.0581	0.6094	-0.087	0.4586	-0.7569	-0.2593	-0.0006	-0.3208	0.3297	0.1034	-0.2396	0.4192	0.0227	0.0797	0.1979	-0.1909	0.8174	33.0383	-1.0517	-23.7343
10	0.9358	0.4529	-0.1422	0.336	0.1608	0.5278	0.0198	0.1524	-0.4442	0.0401	-0.0821	-0.135	-0.0776	0.1805	-0.0038	0.2622	0.0094	-0.0352	0.266	0.0167	0.3867	35.6853	15.7263	-20.3273
11	0.7008	0.1455	-0.45	1.0199	-0.2197	1.3721	-0.0299	-0.0848	-0.0573	0.09	-0.0383	-0.0314	0.1904	-0.0962	0	0.284	0.0321	0.0014	0.3083	0.0494	0.3002	8.5609	-48.0202	42.5332
12	0.2149	0.1331	0.101	0.7885	-0.3935	0.9086	0.1579	-0.1475	0.1649	0.3112	0.0652	-0.0258	-0.2011	-0.1116	0.026	0.3545	0.0737	0.0949	0.3549	-0.0149	0.3602	11.2936	-23.8314	43.0251
13	0.2725	0.303	-0.2658	0.3367	-0.216	0.6914	0.0493	0.0408	0.0697	0.0381	-0.0041	-0.0495	0.0034	0.033	0	0.2872	0.0935	0.0178	0.3084	0.047	0.3934	18.7543	-34.6081	31.7135

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID -2 THROUGH 32 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 33 THROUGH 74 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 75 THROUGH 143 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 144 THROUGH 192 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 193 THROUGH 270 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'A' AND (RESID 271 THROUGH 340 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'A' AND (RESID 341 THROUGH 385 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'B' AND (RESID -2 THROUGH 233 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'B' AND (RESID 234 THROUGH 340 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'B' AND (RESID 341 THROUGH 385 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'C' AND (RESID -2 THROUGH 233 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN 'C' AND (RESID 234 THROUGH 340 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN 'C' AND (RESID 341 THROUGH 385 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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