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- PDB-5q0d: FACTOR XIA IN COMPLEX WITH THE INHIBITOR methyl [(7S)-7-({(2E)-3-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5q0d
タイトルFACTOR XIA IN COMPLEX WITH THE INHIBITOR methyl [(7S)-7-({(2E)-3-[5-chloro-2-(1H-tetrazol-1-yl)phenyl]prop-2-enoyl}amino)-2-oxo-1,2,3,4,5,6,7,9-octahydro-11,8-(azeno)-1,9-benzodiazacyclotridecin-14-yl]carbamate
要素Coagulation factor XI
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE inhibitor / HYDROLASE / SERINE PROTEASE / BLOOD COAGULATION FACTOR / PROTEIN INHIBITOR COMPLEX / HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


coagulation factor XIa / serine-type aminopeptidase activity / Defective F9 activation / positive regulation of fibrinolysis / plasminogen activation / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / blood coagulation / heparin binding / serine-type endopeptidase activity / extracellular space ...coagulation factor XIa / serine-type aminopeptidase activity / Defective F9 activation / positive regulation of fibrinolysis / plasminogen activation / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / blood coagulation / heparin binding / serine-type endopeptidase activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Apple domain. / Apple domain / APPLE domain / PAN/Apple domain profile. / PAN domain / PAN/Apple domain / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family ...Apple domain. / Apple domain / APPLE domain / PAN/Apple domain profile. / PAN domain / PAN/Apple domain / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9EY / Coagulation factor XI
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.12 Å
データ登録者Sheriff, S.
引用
ジャーナル: Bioorg. Med. Chem. Lett. / 年: 2017
タイトル: Macrocyclic inhibitors of Factor XIa: Discovery of alkyl-substituted macrocyclic amide linkers with improved potency.
著者: Corte, J.R. / Yang, W. / Fang, T. / Wang, Y. / Osuna, H. / Lai, A. / Ewing, W.R. / Rossi, K.A. / Myers, J.E. / Sheriff, S. / Lou, Z. / Zheng, J.J. / Harper, T.W. / Bozarth, J.M. / Wu, Y. / ...著者: Corte, J.R. / Yang, W. / Fang, T. / Wang, Y. / Osuna, H. / Lai, A. / Ewing, W.R. / Rossi, K.A. / Myers, J.E. / Sheriff, S. / Lou, Z. / Zheng, J.J. / Harper, T.W. / Bozarth, J.M. / Wu, Y. / Luettgen, J.M. / Seiffert, D.A. / Quan, M.L. / Wexler, R.R. / Lam, P.Y.S.
#1: ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2014
タイトル: Tetrahydroquinoline derivatives as potent and selective factor XIa inhibitors.
著者: Quan, M.L. / Wong, P.C. / Wang, C. / Woerner, F. / Smallheer, J.M. / Barbera, F.A. / Bozarth, J.M. / Brown, R.L. / Harpel, M.R. / Luettgen, J.M. / Morin, P.E. / Peterson, T. / Ramamurthy, V. ...著者: Quan, M.L. / Wong, P.C. / Wang, C. / Woerner, F. / Smallheer, J.M. / Barbera, F.A. / Bozarth, J.M. / Brown, R.L. / Harpel, M.R. / Luettgen, J.M. / Morin, P.E. / Peterson, T. / Ramamurthy, V. / Rendina, A.R. / Rossi, K.A. / Watson, C.A. / Wei, A. / Zhang, G. / Seiffert, D. / Wexler, R.R.
#2: ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2014
タイトル: Phenylimidazoles as potent and selective inhibitors of coagulation factor XIa with in vivo antithrombotic activity.
著者: Hangeland, J.J. / Friends, T.J. / Rossi, K.A. / Smallheer, J.M. / Wang, C. / Sun, Z. / Corte, J.R. / Fang, T. / Wong, P.C. / Rendina, A.R. / Barbera, F.A. / Bozarth, J.M. / Luettgen, J.M. / ...著者: Hangeland, J.J. / Friends, T.J. / Rossi, K.A. / Smallheer, J.M. / Wang, C. / Sun, Z. / Corte, J.R. / Fang, T. / Wong, P.C. / Rendina, A.R. / Barbera, F.A. / Bozarth, J.M. / Luettgen, J.M. / Watson, C.A. / Zhang, G. / Wei, A. / Ramamurthy, V. / Morin, P.E. / Bisacchi, G.S. / Subramaniam, S. / Arunachalam, P. / Mathur, A. / Seiffert, D.A. / Wexler, R.R. / Quan, M.L.
#3: ジャーナル: Bioorg. Med. Chem. Lett. / 年: 2015
タイトル: Pyridine and pyridinone-based factor XIa inhibitors.
著者: Corte, J.R. / Fang, T. / Hangeland, J.J. / Friends, T.J. / Rendina, A.R. / Luettgen, J.M. / Bozarth, J.M. / Barbera, F.A. / Rossi, K.A. / Wei, A. / Ramamurthy, V. / Morin, P.E. / Seiffert, D. ...著者: Corte, J.R. / Fang, T. / Hangeland, J.J. / Friends, T.J. / Rendina, A.R. / Luettgen, J.M. / Bozarth, J.M. / Barbera, F.A. / Rossi, K.A. / Wei, A. / Ramamurthy, V. / Morin, P.E. / Seiffert, D.A. / Wexler, R.R. / Quan, M.L.
#4: ジャーナル: Bioorg. Med. Chem. Lett. / 年: 2015
タイトル: Structure-based design of inhibitors of coagulation factor XIa with novel P1 moieties.
著者: Pinto, D.J. / Smallheer, J.M. / Corte, J.R. / Austin, E.J. / Wang, C. / Fang, T. / Smith, L.M. / Rossi, K.A. / Rendina, A.R. / Bozarth, J.M. / Zhang, G. / Wei, A. / Ramamurthy, V. / Sheriff, ...著者: Pinto, D.J. / Smallheer, J.M. / Corte, J.R. / Austin, E.J. / Wang, C. / Fang, T. / Smith, L.M. / Rossi, K.A. / Rendina, A.R. / Bozarth, J.M. / Zhang, G. / Wei, A. / Ramamurthy, V. / Sheriff, S. / Myers, J.E. / Morin, P.E. / Luettgen, J.M. / Seiffert, D.A. / Quan, M.L. / Wexler, R.R.
#5: ジャーナル: ACS Med Chem Lett / 年: 2015
タイトル: Discovery of a Potent Parenterally Administered Factor XIa Inhibitor with Hydroxyquinolin-2(1H)-one as the P2' Moiety.
著者: Hu, Z. / Wong, P.C. / Gilligan, P.J. / Han, W. / Pabbisetty, K.B. / Bozarth, J.M. / Crain, E.J. / Harper, T. / Luettgen, J.M. / Myers, J.E. / Ramamurthy, V. / Rossi, K.A. / Sheriff, S. / ...著者: Hu, Z. / Wong, P.C. / Gilligan, P.J. / Han, W. / Pabbisetty, K.B. / Bozarth, J.M. / Crain, E.J. / Harper, T. / Luettgen, J.M. / Myers, J.E. / Ramamurthy, V. / Rossi, K.A. / Sheriff, S. / Watson, C.A. / Wei, A. / Zheng, J.J. / Seiffert, D.A. / Wexler, R.R. / Quan, M.L.
#6: ジャーナル: Bioorg. Med. Chem. Lett. / 年: 2016
タイトル: Novel phenylalanine derived diamides as Factor XIa inhibitors.
著者: Smith, L.M. / Orwat, M.J. / Hu, Z. / Han, W. / Wang, C. / Rossi, K.A. / Gilligan, P.J. / Pabbisetty, K.B. / Osuna, H. / Corte, J.R. / Rendina, A.R. / Luettgen, J.M. / Wong, P.C. / Narayanan, ...著者: Smith, L.M. / Orwat, M.J. / Hu, Z. / Han, W. / Wang, C. / Rossi, K.A. / Gilligan, P.J. / Pabbisetty, K.B. / Osuna, H. / Corte, J.R. / Rendina, A.R. / Luettgen, J.M. / Wong, P.C. / Narayanan, R. / Harper, T.W. / Bozarth, J.M. / Crain, E.J. / Wei, A. / Ramamurthy, V. / Morin, P.E. / Xin, B. / Zheng, J. / Seiffert, D.A. / Quan, M.L. / Lam, P.Y. / Wexler, R.R. / Pinto, D.J.
#7: ジャーナル: Bioorg. Med. Chem. / 年: 2016
タイトル: Orally bioavailable pyridine and pyrimidine-based Factor XIa inhibitors: Discovery of the methyl N-phenyl carbamate P2 prime group.
著者: Corte, J.R. / Fang, T. / Pinto, D.J. / Orwat, M.J. / Rendina, A.R. / Luettgen, J.M. / Rossi, K.A. / Wei, A. / Ramamurthy, V. / Myers, J.E. / Sheriff, S. / Narayanan, R. / Harper, T.W. / ...著者: Corte, J.R. / Fang, T. / Pinto, D.J. / Orwat, M.J. / Rendina, A.R. / Luettgen, J.M. / Rossi, K.A. / Wei, A. / Ramamurthy, V. / Myers, J.E. / Sheriff, S. / Narayanan, R. / Harper, T.W. / Zheng, J.J. / Li, Y.X. / Seiffert, D.A. / Wexler, R.R. / Quan, M.L.
#8: ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structure-Based Design of Macrocyclic Factor XIa Inhibitors: Discovery of the Macrocyclic Amide Linker.
著者: Corte, J.R. / Fang, T. / Osuna, H. / Pinto, D.J. / Rossi, K.A. / Myers, J.E. / Sheriff, S. / Lou, Z. / Zheng, J.J. / Harper, T.W. / Bozarth, J.M. / Wu, Y. / Luettgen, J.M. / Seiffert, D.A. / ...著者: Corte, J.R. / Fang, T. / Osuna, H. / Pinto, D.J. / Rossi, K.A. / Myers, J.E. / Sheriff, S. / Lou, Z. / Zheng, J.J. / Harper, T.W. / Bozarth, J.M. / Wu, Y. / Luettgen, J.M. / Seiffert, D.A. / Decicco, C.P. / Wexler, R.R. / Quan, M.L.
履歴
登録2017年5月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年2月21日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_deposit_group / Item: _pdbx_deposit_group.group_type
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coagulation factor XI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,17517
ポリマ－27,6001
非ポリマー1,57516
水3,747208
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.800, 78.800, 105.900
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-302-

SO4

21A-592-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Coagulation factor XI / FXI / Plasma thromboplastin antecedent / PTA


分子量: 27600.342 Da / 分子数: 1 / 断片: HEAVY CHAIN (UNP residues 388-625) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F11 / プラスミド: PET14B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P03951, coagulation factor XIa
#2: 化合物 ChemComp-9EY / methyl [(7S)-7-({(2E)-3-[5-chloro-2-(1H-tetrazol-1-yl)phenyl]prop-2-enoyl}amino)-2-oxo-1,2,3,4,5,6,7,9-octahydro-11,8-(azeno)-1,9-benzodiazacyclotridecin-14-yl]carbamate


分子量: 576.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H26ClN9O4
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.23 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100 mM sodium acetate, pH 4.6, 25% (w/v) MePEG2000, 200 mM ammonium sulfate, then transferred to 100 mM Tris-HCl, pH 7.0, 25% (w/v) MePEG2000, 200 MM ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月7日 / 詳細: MICROMAX CONFOCAL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.12→50 Å / Num. obs: 21457 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.7 % / Biso Wilson estimate: 27.62 Å2 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 43.5
反射 シェル解像度: 2.12→2.2 Å / 冗長度: 8.8 % / Mean I/σ(I) obs: 12.2 / Rsym value: 0.164 / Rejects: 0 / % possible all: 83.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
BUSTER2.11.6精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4TY7

4ty7


解像度: 2.12→22.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9517 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9473 / SU R Cruickshank DPI: 0.155 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.168 / SU Rfree Blow DPI: 0.138 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.132
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.192 1034 4.87 %RANDOM
Rwork0.1718 ---
obs0.1728 21242 96.14 %-
原子変位パラメータBiso max: 102.87 Å2 / Biso mean: 26.42 Å2 / Biso min: 12.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.4807 Å20 Å20 Å2
2---2.4807 Å20 Å2
3---4.9614 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.216 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.12→22.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1856 0 103 208 2167
Biso mean--34.04 36.14 -
残基数----238
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d696SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes42HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes336HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2047HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion252SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance2HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2494SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2047HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2781HARMONIC21.02
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.89
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.93
LS精密化 シェル解像度: 2.12→2.22 Å / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1603 110 4.43 %
Rwork0.1746 2371 -
all0.1739 2481 -
obs--86.54 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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