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- PDB-5oy6: Crystal structure of the ACVR1 (ALK2) kinase in complex with cycl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5oy6
タイトルCrystal structure of the ACVR1 (ALK2) kinase in complex with cyclical inhibitor OD36.
要素Activin receptor type-1
キーワードSIGNALING PROTEIN / Kinase / ALK2 / Receptor / BMP / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


endocardial cushion cell fate commitment / mitral valve morphogenesis / BMP receptor complex / BMP receptor activity / cardiac muscle cell fate commitment / atrial septum primum morphogenesis / endocardial cushion fusion / positive regulation of cardiac epithelial to mesenchymal transition / acute inflammatory response / positive regulation of determination of dorsal identity ...endocardial cushion cell fate commitment / mitral valve morphogenesis / BMP receptor complex / BMP receptor activity / cardiac muscle cell fate commitment / atrial septum primum morphogenesis / endocardial cushion fusion / positive regulation of cardiac epithelial to mesenchymal transition / acute inflammatory response / positive regulation of determination of dorsal identity / transforming growth factor beta receptor activity, type I / smooth muscle cell differentiation / activin receptor complex / activin receptor activity, type I / endocardial cushion formation / receptor protein serine/threonine kinase / transmembrane receptor protein serine/threonine kinase activity / pharyngeal system development / activin binding / cellular response to BMP stimulus / negative regulation of activin receptor signaling pathway / activin receptor signaling pathway / embryonic heart tube morphogenesis / gastrulation with mouth forming second / dorsal/ventral pattern formation / transforming growth factor beta binding / determination of left/right symmetry / neural crest cell migration / atrioventricular valve morphogenesis / branching involved in blood vessel morphogenesis / ventricular septum morphogenesis / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / SMAD binding / germ cell development / peptide hormone binding / positive regulation of intracellular signal transduction / mesoderm formation / positive regulation of SMAD protein signal transduction / regulation of ossification / BMP signaling pathway / positive regulation of bone mineralization / positive regulation of osteoblast differentiation / negative regulation of signal transduction / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / protein tyrosine kinase binding / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / cellular response to growth factor stimulus / apical part of cell / osteoblast differentiation / heart development / in utero embryonic development / cell differentiation / protein kinase activity / positive regulation of cell migration / cadherin binding / protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
GS domain / Transforming growth factor beta type I GS-motif / GS domain profile. / GS motif / Activin types I and II receptor domain / Activin types I and II receptor domain / Ser/Thr protein kinase, TGFB receptor / Snake toxin-like superfamily / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...GS domain / Transforming growth factor beta type I GS-motif / GS domain profile. / GS motif / Activin types I and II receptor domain / Activin types I and II receptor domain / Ser/Thr protein kinase, TGFB receptor / Snake toxin-like superfamily / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
cyclical inhibitor OD36 / Activin receptor type-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.56 Å
データ登録者Williams, E.P. / Pinkas, D.M. / Krojer, T. / Kupinska, K. / Mahajan, P. / Burgess-Brown, N. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Bullock, A.N.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Establishment and characterization of endothelial colony forming cells as a surrogate model for Fibrodysplasia Ossificans Progressiva
著者: Sanchez-Duffhues, G. / Orlova, V. / Benderitter, P. / Williams, E.P. / Garcia de Vinuesa, A. / Caradec, J. / van Wijhe, M. / de Boer, H. / Goumans, M.J. / Eeckhoff, M. / Morales Piga, A. / ...著者: Sanchez-Duffhues, G. / Orlova, V. / Benderitter, P. / Williams, E.P. / Garcia de Vinuesa, A. / Caradec, J. / van Wijhe, M. / de Boer, H. / Goumans, M.J. / Eeckhoff, M. / Morales Piga, A. / Bachiller, J. / Koolwijk, P. / Bullock, A. / Hoflack, J. / ten Dijke, P.
履歴
登録2017年9月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月13日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Activin receptor type-1
B: Activin receptor type-1
C: Activin receptor type-1
D: Activin receptor type-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,59810
ポリマ－138,1514
非ポリマー1,4476
水1,26170
1
A: Activin receptor type-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9934
ポリマ－34,5381
非ポリマー4553
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Activin receptor type-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8682
ポリマ－34,5381
非ポリマー3311
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Activin receptor type-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8682
ポリマ－34,5381
非ポリマー3311
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Activin receptor type-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8682
ポリマ－34,5381
非ポリマー3311
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.260, 103.530, 84.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.52, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Activin receptor type-1 / Activin receptor type I / ACTR-I / Activin receptor-like kinase 2 / ALK-2 / Serine/threonine- ...Activin receptor type I / ACTR-I / Activin receptor-like kinase 2 / ALK-2 / Serine/threonine-protein kinase receptor R1 / SKR1 / TGF-B superfamily receptor type I / TSR-I


分子量: 34537.633 Da / 分子数: 4 / 変異: Q207D / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Contains a Q207D mutation compared to the wt gene - Q04771
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACVR1, ACVRLK2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
Variant (発現宿主): Sf9
参照: UniProt: Q04771, receptor protein serine/threonine kinase
#2: 化合物
ChemComp-B4E / cyclical inhibitor OD36


分子量: 330.769 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H15ClN4O2
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.78 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.3M magnesium formate, 0.1M bis-tris pH 5.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月9日 / 詳細: Compound Refractive Lenses
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.56→75.39 Å / Num. obs: 42050 / % possible obs: 99.91 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 63.101 Å2 / CC1/2: 0.982 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rrim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2.56→2.66 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 4176 / CC1/2: 0.904 / Rrim(I) all: 0.578 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
iMOSFLM7.2.1データ削減
Aimless7.0.044データスケーリング
PHASER7.0.044位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3H9R

3h9r


解像度: 2.56→71.903 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2425 2123 5.06 %Random selection
Rwork0.2111 ---
obs0.2129 41945 99.66 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.56→71.903 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8873 0 100 70 9043
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0069181
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.80312519
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4915401
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0511431
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051572
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.56-2.61960.38171580.30542628X-RAY DIFFRACTION99
2.6196-2.68510.3111170.30822619X-RAY DIFFRACTION99
2.6851-2.75770.29841330.29372642X-RAY DIFFRACTION99
2.7577-2.83880.33481230.28272675X-RAY DIFFRACTION100
2.8388-2.93050.31461340.27552645X-RAY DIFFRACTION99
2.9305-3.03520.30311160.25592686X-RAY DIFFRACTION100
3.0352-3.15670.29871370.24882653X-RAY DIFFRACTION100
3.1567-3.30040.31891340.24552626X-RAY DIFFRACTION100
3.3004-3.47440.2991640.24872642X-RAY DIFFRACTION100
3.4744-3.69210.26531220.21752712X-RAY DIFFRACTION100
3.6921-3.97710.2271440.20012640X-RAY DIFFRACTION100
3.9771-4.37730.23041310.17752659X-RAY DIFFRACTION100
4.3773-5.01060.1871750.17152644X-RAY DIFFRACTION100
5.0106-6.31220.21391860.20042644X-RAY DIFFRACTION100
6.3122-71.93140.22991490.18472707X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.35560.16383.05686.99123.45984.08430.02230.1237-0.26830.65730.7538-0.67540.48831.2812-0.73170.54390.08820.07050.59-0.06330.514922.6826-9.4934-21.2045
24.2241-2.9224-3.50854.65542.17578.7826-0.0965-0.61120.3709-0.04570.4095-0.26280.1040.2631-0.30780.4084-0.0504-0.05530.39490.04030.451416.0834-2.4397-20.3701
34.94970.46441.28772.68350.31175.482-0.1567-0.19540.2040.08970.27550.32050.1103-1.0285-0.13910.41740.06690.03640.49180.13160.3716-1.7868-2.7206-22.9829
47.484-1.1418-0.37945.0034-2.16987.39830.23-0.07910.2668-0.44760.15560.19870.1576-0.4781-0.36110.5103-0.08710.01140.45410.06240.39074.522338.5969-33.8684
53.4353-0.2388-1.51392.25370.22035.25250.0552-0.999-0.15950.21480.18350.03940.03840.376-0.22490.4829-0.0311-0.02270.95020.20980.487613.408435.1803-13.8881
63.40280.85710.48646.3427-0.06975.16550.48930.0354-0.70030.71680.20640.06110.72680.9406-0.55220.83640.20380.01281.47120.37740.714816.307125.1788-5.986
76.2925-0.79863.0149.168-2.83685.7940.36890.39030.2238-1.3696-0.92390.8138-0.4959-0.56560.32370.91260.3427-0.21090.9679-0.24640.817-28.59122.5573-67.6421
82.18031.83260.92649.26133.14141.47070.8313-0.1478-0.1025-1.1733-1.50280.9866-0.0236-0.74370.62050.80150.1847-0.18851.1095-0.10520.8288-27.81722.9601-60.7809
93.7992-0.25050.9917.04281.57132.26830.7442-0.5133-0.1443-0.0434-1.0628-0.4690.0802-0.34650.29480.5196-0.0384-0.01230.74710.18780.461-14.567214.5261-50.5021
107.6053-4.4875-3.47743.74651.22593.85560.36610.83560.15710.0256-0.6289-2.0814-0.1244-0.78360.40150.87870.11780.05081.41160.08361.3222-14.38427.3312-6.1809
113.20492.00290.30334.6842-0.85222.81610.1682-0.0477-0.23510.0086-0.5481-0.7432-0.10080.13640.34820.43910.0363-0.06170.70540.03310.7859-32.11722.5091-11.6682
121.24710.5386-1.00523.2013-0.47821.73560.24310.0319-0.0851-0.1148-0.39330.180.3504-0.60570.13560.7336-0.1527-0.08071.0223-0.14021.09-45.83079.2462-12.43
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 204 through 248 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 249 through 307 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 308 through 498 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 204 through 289 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 290 through 460 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 461 through 498 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 204 through 249 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 250 through 295 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 296 through 498 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 204 through 220 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 221 through 453 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 454 through 495 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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