PDB-5ovj: Structure of the apo form of Mycobacterium smegmatis MabA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ovj

タイトル

Structure of the apo form of Mycobacterium smegmatis MabA

要素

3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase FabG

キーワード

OXIDOREDUCTASE / FabG / beta-keto-reductase / FAS II

機能・相同性

機能・相同性情報

acetoacetyl-CoA reductase / acetoacetyl-CoA reductase activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / fatty acid elongation / NADP binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium smegmatis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Kussau, T. / Van Wyk, N. / Viljoen, A. / Olieric, V. / Flipo, M. / Kremer, L. / Blaise, M.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2018
タイトル: Structural rearrangements occurring upon cofactor binding in the Mycobacterium smegmatis beta-ketoacyl-acyl carrier protein reductase MabA.
著者: Kussau, T. / Flipo, M. / Van Wyk, N. / Viljoen, A. / Olieric, V. / Kremer, L. / Blaise, M.

履歴

登録	2017年8月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年2月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年5月9日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.0	2024年1月17日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ovj.cif.gz	195 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ovj.ent.gz	156.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ovj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5ovj_validation.pdf.gz	447.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ovj_full_validation.pdf.gz	449.1 KB	表示
XML形式データ	5ovj_validation.xml.gz	22.2 KB	表示
CIF形式データ	5ovj_validation.cif.gz	32.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/5ovj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/5ovj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ovkC 5ovlSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5aup-d 4hp8-1 4jf9-1 4nbt-d 3tbc-d 1uls-2 4ni5-1 3tbb-d 4xgn-1 4rzi-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (3) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (4) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (3) #188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (2)

登録構造単位

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase FabG

B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase FabG

ヘテロ分子

54.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase FabG

B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase FabG

ヘテロ分子

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase FabG

B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase FabG

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
108 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.880, 68.270, 71.710
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 123.77, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-427- HOH
2	1	B-459- HOH

#1: タンパク質	3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase FabG / 3-ketoacyl-acyl carrier protein reductase / Beta-Ketoacyl-acyl carrier protein reductase / Beta- ...3-ketoacyl-acyl carrier protein reductase / Beta-Ketoacyl-acyl carrier protein reductase / Beta-ketoacyl-ACP reductase 分子量: 26729.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: GMTVTDNPADTAGEATA part not seen in the electron density the first G belongs to the tag 由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: fabG, MSMEG_3150, MSMEI_3069 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS 参照: UniProt: P71534, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 374 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: BIS TRIS, DMSO, ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→34.135 Å / Num. obs: 42269 / % possible obs: 98.75 % / 冗長度: 5 % / R_sym value: 0.13 / Net I/σ(I): 8.61
反射シェル	解像度: 1.7→1.761 Å / Num. unique obs: 4171 / % possible all: 98.84

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5OVL

5ovl

解像度: 1.7→34.135 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.24 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2016	2000	4.73 %
R_work	0.1601	-	-
obs	0.162	42254	98.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→34.135 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3520	0	35	374	3929

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3596
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.731	4852
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.912	2136
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	540
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	644

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.7425	0.3209	141	0.313	2839	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7425-1.7896	0.2804	142	0.2639	2864	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7896-1.8423	0.3067	144	0.2336	2876	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8423-1.9017	0.2608	141	0.2168	2848	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9017-1.9697	0.2298	141	0.2069	2841	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9697-2.0485	0.2701	143	0.177	2887	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0485-2.1418	0.2152	144	0.1655	2878	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1418-2.2547	0.197	142	0.1561	2880	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2547-2.3959	0.2027	140	0.1551	2825	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3959-2.5808	0.1834	145	0.1542	2899	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5808-2.8404	0.2066	144	0.148	2899	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8404-3.2512	0.1898	143	0.1435	2866	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2512-4.095	0.1604	144	0.1302	2904	X-RAY DIFFRACTION	99
4.095-34.1419	0.1779	146	0.1446	2948	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.6527	0.0439	-0.1438	4.5061	-0.2131	0.0366	-0.0031	0.0161	0.102	-0.0444	-0.028	0.0677	-0.0957	0.0122	0.0295	0.1495	-0.008	0.0303	0.1371	0.0295	0.1144	-16.6694	-2.9135	18.2933
2	4.9938	-3.6419	-2.146	3.2334	3.1235	6.9719	0.3966	0.2901	-0.1502	-0.3632	-0.2677	0.3658	0.0312	-0.4528	0.0004	0.2655	-0.0087	-0.0096	0.157	0.0296	0.1829	-15.4234	-2.3757	8.4267
3	2.0111	-2.702	-2.0735	6.4625	5.0657	6.0341	0.054	0.0831	0.1005	-0.4577	-0.0242	-0.3811	-0.0068	0.1956	-0.0357	0.2462	-0.019	0.0336	0.2019	0.0563	0.2145	-5.7054	-7.8945	5.5885
4	3.5862	4.074	1.9448	4.8619	2.3404	1.1973	-0.1761	0.2638	0.0931	-0.4553	0.0908	0.1715	-0.0964	0.026	0.0829	0.2705	0.0004	-0.0296	0.2261	0.0225	0.1963	-18.0013	-23.7154	7.6025
5	7.1481	5.0254	6.6977	7.3391	6.9443	8.4984	0.008	0.2805	-0.1994	-0.1726	0.2116	-0.5454	-0.135	0.4533	-0.1643	0.154	-0.0041	0.0366	0.1707	0.0287	0.1865	-1.8743	-14.0597	15.0854
6	0.3219	0.0878	-0.1203	1.4971	-0.2439	0.6511	-0.04	0.0431	0.0211	-0.0923	0.0159	-0.0188	-0.0365	0.0357	0.0261	0.1644	0.0091	0.0092	0.1691	0.0054	0.1569	-14.0436	-21.6579	20.1502
7	0.3425	-0.1055	-0.3306	1.4952	-0.3695	0.9358	0.0133	0.1065	-0.0207	-0.1941	0.0258	0.2207	0.018	-0.1477	-0.0304	0.1911	0.0097	-0.0145	0.16	-0.0007	0.1619	-26.5078	-16.2529	21.2105
8	3.9095	-0.0611	2.149	5.7994	0.3596	4.0859	-0.0633	0.026	-0.0842	-0.1129	0.0524	-0.169	0.1183	0.156	0.038	0.1726	0.0225	0.0139	0.1044	-0.0124	0.0886	-14.0827	-54.2519	19.0501
9	6.2688	2.1537	-3.6774	6.7363	-5.4197	5.2665	0.0704	-0.13	-0.2327	-0.3772	-0.349	-0.9146	0.3921	0.885	0.3966	0.3254	0.0155	0.0374	0.2799	-0.0277	0.2639	-8.4784	-55.1284	12.0771
10	4.0708	2.942	-1.682	8.4377	-6.1225	6.8929	-0.1275	0.2578	0.0087	-0.6891	0.0636	-0.1348	0.2154	0.0012	0.0819	0.3266	0.0519	0.0242	0.2037	-0.0332	0.1812	-12.9084	-49.3412	2.36
11	4.3379	4.7729	0.0164	7.6272	0.3157	0.9683	0.0767	0.069	-0.1999	-0.083	0.0154	-0.5193	0.0508	0.232	-0.1106	0.1819	0.0438	0.0255	0.1965	-0.0215	0.1851	-5.7065	-33.6169	12.4264
12	8.1022	6.7951	-3.7234	8.1357	-2.7745	4.6158	-0.153	0.5679	0.3149	-0.5853	0.2419	0.5644	0.2751	-0.3268	-0.1098	0.2713	0.0384	-0.0683	0.1781	-0.0145	0.1864	-22.2421	-43.1419	6.4825
13	3.8983	4.906	3.1621	7.9284	3.2108	4.2167	-0.1654	0.0345	0.0193	-0.1685	0.0361	-0.0581	0.003	0.0518	0.1329	0.101	0.0339	0.0189	0.1195	-0.0008	0.1361	-14.1613	-37.222	20.9009
14	0.2682	-0.1322	0.1348	1.1607	-0.0344	1.3548	-0.0087	0.0093	-0.007	-0.0297	0.016	-0.1545	0.0108	0.1547	-0.0059	0.1761	0.0098	0.01	0.1745	-0.0137	0.1884	-11.9787	-39.4326	25.43

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 17 through 46 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 47 through 63 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 64 through 87 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 88 through 121 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 122 through 138 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 139 through 182 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 183 through 255 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 17 through 45 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 46 through 63 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 64 through 87 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 88 through 121 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 122 through 138 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 139 through 158 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 159 through 255 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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