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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4nbt | ||||||
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Title | Crystal structure of FabG from Acholeplasma laidlawii | ||||||
![]() | 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / reductase | ||||||
Function / homology | ![]() : / : / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / nucleotide binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pereira, J.H. / Mcandrew, R.P. / Javidpour, P. / Beller, H.R. / Adams, P.D. | ||||||
![]() | ![]() Title: Biochemical and Structural Studies of NADH-Dependent FabG Used To Increase the Bacterial Production of Fatty Acids under Anaerobic Conditions. Authors: Javidpour, P. / Pereira, J.H. / Goh, E.B. / McAndrew, R.P. / Ma, S.M. / Friedland, G.D. / Keasling, J.D. / Chhabra, S.R. / Adams, P.D. / Beller, H.R. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 453.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.6 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.6 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 49 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 73.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4nbuC ![]() 4nbvC ![]() 4nbwC ![]() 1q7bS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 25532.424 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: A9NFJ2, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase #2: Chemical | ChemComp-NAD / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.24 Å3/Da / Density % sol: 45.01 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 0.2 M Ammonium fluoride and 20% PEG 3,350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
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Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Sep 29, 2012 |
Radiation | Monochromator: Double crystal, Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.48→39.487 Å / Num. obs: 142273 / % possible obs: 96.43 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 |
Reflection shell | Highest resolution: 1.48 Å / % possible all: 96.43 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 1Q7B Resolution: 1.48→39.487 Å / SU ML: 0.11 / σ(F): 1.97 / Phase error: 14.35 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.48→39.487 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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