+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ovk | ||||||
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Title | Crystal structure MabA bound to NADPH from M. smegmatis | ||||||
Components | 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase FabG | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / FabG / SDR / beta-keto-acyl-acp-reductase | ||||||
Function / homology | Function and homology information acetoacetyl-CoA reductase / acetoacetyl-CoA reductase activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / fatty acid elongation / NADP binding / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mycobacterium smegmatis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.45 Å | ||||||
Authors | Kussau, T. / Van Wyk, N. / Viljoen, A. / Olieric, V. / Flipo, M. / Kremer, L. / Blaise, M. | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr D Struct Biol / Year: 2018 Title: Structural rearrangements occurring upon cofactor binding in the Mycobacterium smegmatis beta-ketoacyl-acyl carrier protein reductase MabA. Authors: Kussau, T. / Flipo, M. / Van Wyk, N. / Viljoen, A. / Olieric, V. / Kremer, L. / Blaise, M. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5ovk.cif.gz | 366.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5ovk.ent.gz | 300.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5ovk.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5ovk_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5ovk_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | |
Data in XML | 5ovk_validation.xml.gz | 42.7 KB | Display | |
Data in CIF | 5ovk_validation.cif.gz | 63.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/5ovk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/5ovk | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5ovjC 5ovlSC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 26729.258 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (bacteria) Strain: ATCC 700084 / mc(2)155 / Gene: fabG, MSMEG_3150, MSMEI_3069 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): rosetta 2 pLysS References: UniProt: P71534, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase #2: Chemical | ChemComp-NDP / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.05 Å3/Da / Density % sol: 40.05 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 0.2 M NaCl and 25% PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Feb 26, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.45→39.034 Å / Num. obs: 138568 / % possible obs: 89.07 % / Redundancy: 6.7 % / Rrim(I) all: 0.097 / Net I/σ(I): 14.83 |
Reflection shell | Resolution: 1.45→1.502 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.05 / Num. unique obs: 12845 / Rrim(I) all: 1.75 / % possible all: 84.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5OVL Resolution: 1.45→39.034 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 24.3 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.45→39.034 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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