PDB-5oua: Crystal Structure of the Protein-Kinase A catalytic subunit from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5oua

タイトル

Crystal Structure of the Protein-Kinase A catalytic subunit from Criteculus Griseus in complex with compound RKp017

要素

cAMP dependent protein kinase inhibitor
cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha

キーワード

TRANSFERASE / Complex / peptidic ligand

機能・相同性

機能・相同性情報

cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / cAMP-dependent protein kinase / regulation of protein processing / cAMP-dependent protein kinase activity / protein localization to lipid droplet / regulation of bicellular tight junction assembly / cAMP-dependent protein kinase complex / cellular response to parathyroid hormone stimulus / regulation of osteoblast differentiation / cellular response to cold ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.67 Å

データ登録者

Mueller, J.M. / Heine, A. / Klebe, G.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Acs Omega / 年: 2019
タイトル: Conceptional Design of Self-Assembling Bisubstrate-like Inhibitors of Protein Kinase A Resulting in a Boronic Acid Glutamate Linkage
著者: Mueller, J.M. / Kirschner, R. / Geyer, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2017年8月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年9月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月15日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5oua.cif.gz	223.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5oua.ent.gz	180.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5oua.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5oua_validation.pdf.gz	446.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5oua_full_validation.pdf.gz	447.5 KB	表示
XML形式データ	5oua_validation.xml.gz	20.6 KB	表示
CIF形式データ	5oua_validation.cif.gz	27.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/5oua ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/5oua	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5nw8C 5o0eC 5o5mC 5ol3C 5ot3C 5ousC 6egwC 6eh0C 6eh2C 6em2C 6em6C 6em7C 6emaC 6ertC 6eruC 6ervC 6erwC 6esaC 6i2aC 6i2bC 6i2cC 6i2dC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5m6v-d 4wih-d 5m0u-d 6i2h-d 3mn8-4 5n1d-d 1e33-d 5n1m-d 5m6y-d 6yot-d 5lcr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (7) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (7) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (3)

登録構造単位

A: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha

B: cAMP dependent protein kinase inhibitor

ヘテロ分子

43.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.647, 71.748, 110.154
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha / PKA C-alpha

分子量: 41193.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
組織: Ovary / 遺伝子: PRKACA / 器官: Ovary
発現宿主:

Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P25321, cAMP-dependent protein kinase

#2: タンパク質・ペプチド

cAMP dependent protein kinase inhibitor

分子量: 1973.177 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: PKI 5-22 with S9RBS mutation. A ribose is covalently attached to the serine, but is partially disordered.
由来: (合成)

Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: G3HK48*PLUS

#3: 糖

ChemComp-RIP / beta-D-ribopyranose / beta-D-ribose / D-ribose / ribose / RIBOSE(PYRANOSE FORM) / β-D-リボピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₅H₁₀O₅

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.44 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9 詳細: 100 mM Mes-Bis-Tris, 75 mM lithium chloride, 1 mM DTT, 0.1 mM sodium EDTA, 0.25 mM Mega 8, 0.7 mM peptidic ligand, 15 % v/v methanol/water in reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.67→41.981 Å / Num. obs: 54066 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 5.91 % / CC_1/2: 1 / R_sym value: 0.038 / Net I/σ(I): 29.84
反射シェル	解像度: 1.67→1.77 Å / 冗長度: 5.94 % / Mean I/σ(I) obs: 3.57 / Num. unique obs: 8517 / CC_1/2: 0.871 / R_sym value: 0.499 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.67→41.981 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.03

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1939	2704	5 %	Random selection
R_work	0.1685	-	-	-
obs	0.1698	54064	98.67 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.67→41.981 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2932	0	7	231	3170

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	3073
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.02	4179
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.164	1813
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	448
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	536

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6688-1.6991	0.2901	134	0.2344	2543	X-RAY DIFFRACTION	95
1.6991-1.7318	0.2232	142	0.204	2689	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7318-1.7671	0.2349	139	0.1904	2654	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7671-1.8056	0.1968	143	0.1799	2700	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8056-1.8476	0.2057	141	0.1812	2687	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8476-1.8938	0.2028	142	0.1804	2696	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8938-1.945	0.2205	136	0.179	2590	X-RAY DIFFRACTION	96
1.945-2.0022	0.209	142	0.1736	2686	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0022-2.0668	0.1962	142	0.1684	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0668-2.1407	0.1902	141	0.1647	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1407-2.2264	0.1841	144	0.167	2737	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2264-2.3277	0.2054	143	0.1565	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3277-2.4504	0.1911	145	0.1645	2752	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4504-2.6039	0.1927	141	0.1601	2693	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6039-2.8049	0.1975	139	0.1745	2622	X-RAY DIFFRACTION	95
2.8049-3.0871	0.1979	144	0.1842	2753	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0871-3.5337	0.1995	146	0.1764	2767	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5337-4.4512	0.1606	148	0.1498	2813	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4512-41.994	0.1931	152	0.1606	2877	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2328	-0.0441	-0.2306	0.4117	-0.3252	0.4359	0.2036	-0.0781	0.0282	0.4378	-0.1208	-0.1203	-0.5921	0.0219	0.0121	0.2629	-0.0834	-0.0423	0.2591	0.0258	0.1968	14.3717	-5.858	-5.7265
2	0.1114	0.315	-0.1047	1.5786	-0.8828	0.6425	0.1409	0.2256	0.0405	-0.4358	-0.2877	-0.4469	0.2921	0.2831	0.0213	0.2232	0.0175	0.0503	0.3823	0.073	0.569	24.3795	-18.4489	-30.283
3	0.1559	0.1297	-0.058	0.5287	0.0953	0.0872	0.1272	0.2384	-0.1785	-0.4733	-0.199	-0.5103	0.003	0.4041	-0.0051	0.3355	0.0387	0.015	0.3531	0.0361	0.3984	22.728	-19.5005	-31.8936
4	0.6109	-0.0287	-0.0242	1.0156	0.0372	0.1481	0.0004	-0.0024	-0.0428	-0.0328	-0.0511	-0.1707	0.083	0.156	-0.0001	0.1565	0.0141	0.0085	0.1844	0.022	0.1543	11.8111	-18.3673	-20.6645
5	0.7688	0.2929	-0.0202	1.1091	0.0811	0.536	-0.0093	0.0825	0.0759	-0.0831	-0.0231	0.091	0.0094	0.0991	0	0.1485	-0.0001	-0.0027	0.1375	0.0179	0.1417	-0.5525	-14.0996	-22.4683
6	0.6938	-0.1036	-0.4129	0.2859	0.1288	0.3226	-0.0003	-0.126	0.1715	0.2144	-0.0215	0.1988	0.0211	-0.0079	-0.0007	0.1845	-0.0101	0.0345	0.1542	-0.0044	0.1879	-8.8041	-16.2123	-9.1862
7	0.8886	-0.2737	-0.1671	1.2988	0.101	-0.1373	-0.0152	0.0634	-0.0795	-0.149	0.0208	-0.3076	0.1632	0.066	0.1055	0.2311	-0.003	0.0174	0.2157	0.0165	0.2461	16.3683	-21.7069	-23.6831

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 11 through 31 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 32 through 54 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 55 through 81 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 82 through 160 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 161 through 252 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 253 through 297 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 298 through 350 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)