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- PDB-5otv: Extracellular domain of GLP-1 receptor in complex with GLP-1 vari... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5otv
タイトルExtracellular domain of GLP-1 receptor in complex with GLP-1 variant Ala8Cyc/Thr11Hcs
要素
  • Glucagon
  • Glucagon-like peptide 1 receptor
キーワードSIGNALING PROTEIN / glucagon-like peptide 1 / GPCR / cyclic peptides
機能・相同性
機能・相同性情報


glucagon receptor binding / glucagon-like peptide 1 receptor activity / glucagon receptor activity / hormone secretion / positive regulation of blood pressure / negative regulation of execution phase of apoptosis / post-translational protein targeting to membrane, translocation / feeding behavior / response to psychosocial stress / regulation of heart contraction ...glucagon receptor binding / glucagon-like peptide 1 receptor activity / glucagon receptor activity / hormone secretion / positive regulation of blood pressure / negative regulation of execution phase of apoptosis / post-translational protein targeting to membrane, translocation / feeding behavior / response to psychosocial stress / regulation of heart contraction / positive regulation of calcium ion import / cellular response to glucagon stimulus / response to starvation / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / peptide hormone binding / regulation of insulin secretion / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / positive regulation of gluconeogenesis / protein kinase A signaling / activation of adenylate cyclase activity / negative regulation of blood pressure / cAMP-mediated signaling / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / response to activity / gluconeogenesis / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / hormone activity / Glucagon signaling in metabolic regulation / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Glucagon-type ligand receptors / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / transmembrane signaling receptor activity / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / glucose homeostasis / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / secretory granule lumen / learning or memory / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cell surface receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor signaling pathway / endoplasmic reticulum lumen / signaling receptor binding / negative regulation of apoptotic process / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Glucagon / : / GPCR, family 2, glucagon-like peptide-1 receptor / Glucagon/GIP/secretin/VIP / Peptide hormone / Glucagon / GIP / secretin / VIP family signature. / Glucagon like hormones / GPCR, family 2, glucagon-like peptide-1/glucagon receptor / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / Hormone receptor domain ...Glucagon / : / GPCR, family 2, glucagon-like peptide-1 receptor / Glucagon/GIP/secretin/VIP / Peptide hormone / Glucagon / GIP / secretin / VIP family signature. / Glucagon like hormones / GPCR, family 2, glucagon-like peptide-1/glucagon receptor / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / Hormone receptor domain / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2.
類似検索 - ドメイン・相同性
Pro-glucagon / Glucagon-like peptide 1 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Mortensen, S.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: alpha-Helix or beta-Turn? An Investigation into N-Terminally Constrained Analogues of Glucagon-like Peptide 1 (GLP-1) and Exendin-4.
著者: Oddo, A. / Mortensen, S. / Thogersen, H. / De Maria, L. / Hennen, S. / McGuire, J.N. / Kofoed, J. / Linderoth, L. / Reedtz-Runge, S.
履歴
登録2017年8月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年3月6日Group: Structure summary / カテゴリ: chem_comp / Item: _chem_comp.pdbx_synonyms

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Glucagon-like peptide 1 receptor
D: Glucagon
A: Glucagon-like peptide 1 receptor
B: Glucagon


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9114
ポリマ－33,9114
非ポリマー00
水2,828157
1
C: Glucagon-like peptide 1 receptor
D: Glucagon


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9562
ポリマ－16,9562
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1040 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area8170 Å2
手法PISA
2
A: Glucagon-like peptide 1 receptor
B: Glucagon


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9562
ポリマ－16,9562
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1110 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area8560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.815, 83.998, 42.815
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.52, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Glucagon-like peptide 1 receptor / GLP-1R


分子量: 13547.892 Da / 分子数: 2 / 断片: extracellular domain, UNP residues 24-139 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GLP1R / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P43220
#2: タンパク質・ペプチド Glucagon


分子量: 3407.830 Da / 分子数: 2 / Mutation: A8C, T11HCS / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01275
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Morpheus from Molecular Dimensions, solution E5: 0.12 M Ethylene Glycols, 0.1 M Buffer System 2 pH 7.5, 205 (v/v) PEg500mme, 10% (w/v) PEG20000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-X / 波長: 1.54187 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 R 1M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54187 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→42.62 Å / Num. obs: 17691 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.181 / Rpim(I) all: 0.092 / Rsym value: 0.204 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 7.04 % / Rmerge(I) obs: 0.397 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / Num. measured obs: 8233 / Num. unique all: 1170 / CC1/2: 0.962 / Rpim(I) all: 0.158 / Rrim(I) all: 0.428 / % possible all: 91.98

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2689: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZGM

4zgm


解像度: 2→42.616 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.68
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 2893 8.44 %
Rwork0.2077 --
obs0.211 17658 96.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→42.616 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2084 0 0 157 2241
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022160
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6082950
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.4791241
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.035295
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003379
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0001-2.03290.3241340.32061454X-RAY DIFFRACTION94
2.0329-2.06790.35051360.30981455X-RAY DIFFRACTION95
2.0679-2.10550.25941420.29081504X-RAY DIFFRACTION95
2.1055-2.1460.3341380.26511490X-RAY DIFFRACTION96
2.146-2.18980.31691330.26051474X-RAY DIFFRACTION97
2.1898-2.23740.37791390.32761435X-RAY DIFFRACTION93
2.2374-2.28950.43071230.35531379X-RAY DIFFRACTION90
2.2895-2.34670.29841360.25871476X-RAY DIFFRACTION95
2.3467-2.41020.24521370.23891490X-RAY DIFFRACTION97
2.4102-2.48110.28261420.22791525X-RAY DIFFRACTION98
2.4811-2.56120.29831390.2221527X-RAY DIFFRACTION98
2.5612-2.65270.29351390.21141495X-RAY DIFFRACTION99
2.6527-2.75890.22051390.21211521X-RAY DIFFRACTION99
2.7589-2.88440.27751430.21231559X-RAY DIFFRACTION99
2.8844-3.03640.22961390.20061538X-RAY DIFFRACTION99
3.0364-3.22660.22671380.18651536X-RAY DIFFRACTION99
3.2266-3.47560.21511420.17351526X-RAY DIFFRACTION99
3.4756-3.82520.20341390.15771517X-RAY DIFFRACTION97
3.8252-4.37820.18311350.15481481X-RAY DIFFRACTION97
4.3782-5.51430.18491410.15981493X-RAY DIFFRACTION96
5.5143-42.62610.21121390.18791496X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.70090.32370.6131.55470.28714.10080.05560.0749-0.02220.0029-0.0046-0.02890.07920.1682-0.02470.10960.01570.00730.1297-0.01730.146237.37479.19775.2909
22.07390.0788-0.92621.73580.19284.52590.06150.01580.02070.00470.01180.02280.0081-0.1206-0.02750.108-0.00050.00050.10180.01690.145755.4652-11.94253.103
30.99440.5191-0.51136.6638-6.09636.5416-0.1651-0.0738-0.1378-0.28490.2274-0.24030.2132-0.2391-0.16770.1375-0.02080.01610.2404-0.05420.210230.1251-1.056725.3658
42.4346-1.0598-0.99586.6324.71983.4373-0.09280.06020.08090.01730.17910.2065-0.1243-0.0223-0.02090.19240.0049-0.02630.20.04210.197759.0503-3.008924.0503
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 28 through 128)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'C' and resid 29 through 129)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'B' and resid 7 through 35)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 9 through 35)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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