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- PDB-1d5v: SOLUTION STRUCTURE OF THE FORKHEAD DOMAIN OF THE ADIPOCYTE-TRANSC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1d5v
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF THE FORKHEAD DOMAIN OF THE ADIPOCYTE-TRANSCRIPTION FACTOR FREAC-11 (S12)
要素S12 TRANSCRIPTION FACTOR (FKH-14)
キーワードGENE REGULATION / WINGED HELIX / DNA-RECOGNITION HELIX
機能・相同性
機能・相同性情報


apoptotic process involved in outflow tract morphogenesis / negative regulation of apoptotic process involved in outflow tract morphogenesis / paraxial mesodermal cell fate commitment / Formation of intermediate mesoderm / glomerular endothelium development / embryonic viscerocranium morphogenesis / positive regulation of vascular wound healing / Formation of the ureteric bud / glomerular mesangial cell development / lymphangiogenesis ...apoptotic process involved in outflow tract morphogenesis / negative regulation of apoptotic process involved in outflow tract morphogenesis / paraxial mesodermal cell fate commitment / Formation of intermediate mesoderm / glomerular endothelium development / embryonic viscerocranium morphogenesis / positive regulation of vascular wound healing / Formation of the ureteric bud / glomerular mesangial cell development / lymphangiogenesis / podocyte differentiation / neural crest cell development / regulation of organ growth / metanephros development / camera-type eye development / embryonic heart tube development / collagen fibril organization / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / negative regulation of cold-induced thermogenesis / artery morphogenesis / ureteric bud development / cardiac muscle cell proliferation / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / DNA-binding transcription activator activity / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / branching involved in blood vessel morphogenesis / mesoderm development / blood vessel remodeling / anatomical structure morphogenesis / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / somitogenesis / response to hormone / Notch signaling pathway / positive regulation of endothelial cell migration / ossification / blood vessel diameter maintenance / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / promoter-specific chromatin binding / chromatin DNA binding / sequence-specific double-stranded DNA binding / insulin receptor signaling pathway / heart development / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / nuclear body / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / : / Fork head domain conserved site1 / Fork head domain signature 1. / Fork head domain / Forkhead domain / Fork head domain profile. / FORKHEAD / Fork head domain conserved site 2 / Fork head domain signature 2. ...: / : / Fork head domain conserved site1 / Fork head domain signature 1. / Fork head domain / Forkhead domain / Fork head domain profile. / FORKHEAD / Fork head domain conserved site 2 / Fork head domain signature 2. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Forkhead box protein C2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / COMBINED DISTANCE GEOMETRY, SIMULATING ANNEALING PROCEDURE
データ登録者van Dongen, M.J.P. / Cederberg, A. / Carlsson, P. / Enerback, S. / Wikstrom, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Solution structure and dynamics of the DNA-binding domain of the adipocyte-transcription factor FREAC-11.
著者: van Dongen, M.J. / Cederberg, A. / Carlsson, P. / Enerback, S. / Wikstrom, M.
履歴
登録1999年10月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S12 TRANSCRIPTION FACTOR (FKH-14)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0841
ポリマ－11,0841
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)25 / 125structures with the lowest energy
代表モデルモデル #8closest to the average

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要素

#1: タンパク質 S12 TRANSCRIPTION FACTOR (FKH-14)


分子量: 11083.717 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA-BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: ADIPOSE TISSUE / プラスミド: PET-11A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99958

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-SEPARATED NOESY
1223D 13C-SEPARATED NOESY
131HNHA
141CROSS RELAXATION BETWEEN 13CA-1HA DIPOLAR AND 13C' CHEMICAL SHIFT ANISOTROPY
151CROSS RELAXATION BETWEEN 13CA-1HA AND 15N-1HN DIPOLAR INTERACTIONS
NMR実験の詳細Text: HNCA, HN(CO)CA, HNCACB, CACB(CO)NH AND HNCO EXPERIMENTS WERE USED TO OBTAIN SEQUENTIAL ASSIGNMENTS FOR THE BACKBONE. SIDE-CHAIN RESONANCES WERE ASSIGNED USING TOCSY-15N-HSQC, C(CO)NH, H(CCO)NH ...Text: HNCA, HN(CO)CA, HNCACB, CACB(CO)NH AND HNCO EXPERIMENTS WERE USED TO OBTAIN SEQUENTIAL ASSIGNMENTS FOR THE BACKBONE. SIDE-CHAIN RESONANCES WERE ASSIGNED USING TOCSY-15N-HSQC, C(CO)NH, H(CCO)NH AND HC(C)H-TOCSY EXPERIMENTS.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容
11 MM S12 DBD, 10 MM NACL, 5 MM MGCL2, 0.02% NAN3, 5 MM DTT
21 MM S12 DBD, 10 MM NACL, 5 MM MGCL2, 0.02% NAN3, 5 MM DTT
試料状態イオン強度: 15 mM / pH: 6.1 / 圧: AMBIENT / 温度: 300 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS8001
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS6002
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS5003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe1DELAGLIO精密化
ANSIG3.3KRAULIS精密化
X-PLOR3.1BRUNGER構造決定
精密化手法: COMBINED DISTANCE GEOMETRY, SIMULATING ANNEALING PROCEDURE
ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURE WAS DETERMINED FROM 1042 DISTANCE RESTRAINTS, COMPLEMENTED WITH 145 RESTRAINTS ON DIHEDRAL ANGLES AND 36 RESTRAINTS ON HYDROGEN BOND LENGTHS.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 125 / 登録したコンフォーマーの数: 25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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