PDB-5otm: Crystal structure of human MTH1 in complex with O6-methyl-dGMP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5otm

タイトル

Crystal structure of human MTH1 in complex with O6-methyl-dGMP

要素

7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase

キーワード

HYDROLASE / MTH1 / Inhibitor / Complex / NUDIX / Methylated nucleotide / O6-methyl-dGMP

機能・相同性

機能・相同性情報

2-hydroxy-ATP hydrolase activity / 2-hydroxy-dATP hydrolase activity / N6-methyl-(d)ATP hydrolase activity / O6-methyl-dGTP hydrolase activity / 2-hydroxy-dATP diphosphatase / dATP diphosphatase activity / ATP diphosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydrodeoxyguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / DNA protection ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Gustafsson, R. / Henriksson, L. / Jemth, A.-S. / Brautigam, L. / Carreras Puigvert, J. / Homan, E. / Warpman Berglund, U. / Helleday, T. / Stenmark, P.

資金援助

スウェーデン, 9件

組織	認可番号	国
Swedish Research Council		スウェーデン
Knut and Alice Wallenberg Foundation		スウェーデン
Wenner-Gren Foundation		スウェーデン
Ake Wiberg Foundation		スウェーデン
Swedish Foundation for Strategic Research		スウェーデン
Swedish Pain Relief Foundation		スウェーデン
Torsten and Ragnar Soderberg Foundation		スウェーデン
Swedish Childrens Cancer Foundation		スウェーデン
Swedish Cancer Society		スウェーデン

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: MutT homologue 1 (MTH1) catalyzes the hydrolysis of mutagenic O6-methyl-dGTP.
著者: Jemth, A.S. / Gustafsson, R. / Brautigam, L. / Henriksson, L. / Vallin, K.S.A. / Sarno, A. / Almlof, I. / Homan, E. / Rasti, A. / Warpman Berglund, U. / Stenmark, P. / Helleday, T.

履歴

登録	2017年8月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年9月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年10月17日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2018年10月24日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.3	2018年11月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.4	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5otm.cif.gz	149.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5otm.ent.gz	117.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5otm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5otm_validation.pdf.gz	1012.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5otm_full_validation.pdf.gz	1013.6 KB	表示
XML形式データ	5otm_validation.xml.gz	16.8 KB	表示
CIF形式データ	5otm_validation.cif.gz	23.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/5otm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/5otm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5otnC 3zr1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3q93-1 6gll-2 6jvq-1 6qvo-1 6ijy-2 4n1u-2 6qvo-2 5ngr-1 6glo-2 6jvm-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (6) #201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase

B: 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase

ヘテロ分子

38.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
19.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.581, 67.237, 79.025
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase / 2-hydroxy-dATP diphosphatase / 8-oxo-dGTPase / Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 1 / Nudix motif 1 分子量: 18253.736 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUDT1, MTH1 / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P36639, 8-oxo-dGTP diphosphatase, 2-hydroxy-dATP diphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-6OG / 6-O-METHYL GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE タイプ: DNA linking / 分子量: 361.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₆N₅O₇P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.26 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 3.7 詳細: 26% w/v PEG6000, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 3.7, 0.2 M LiSO4, 3 mM O6-methyl-2'-dGTP, 2 mM TCEP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91801 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91801 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→47.57 Å / Num. obs: 29598 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.5 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 13.7
反射シェル	解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.823 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1705 / CC_1/2: 0.756 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3ZR1

3zr1

解像度: 1.8→47.57 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 7.301 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.152 / ESU R Free: 0.146 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24688	1487	5 %	RANDOM
R_work	0.19612	-	-	-
obs	0.19861	28070	98.49 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.366 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.96 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.11 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.8→47.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2552	0	92	242	2886

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	2719
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2421
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.326	1.988	3687
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.822	3	5626
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.525	5	316
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.395	24.179	134
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.44	15	456
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.854	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	382
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	2976
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	574
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.208	0.97	1265
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.207	0.968	1263
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.357	1.45	1580
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.357	1.45	1581
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.313	1.136	1454
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.313	1.138	1455
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.485	1.701	2108
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.26	12.356	2952
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.192	11.856	2905
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.802→1.849 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.33	93	-
R_work	0.295	2007	-
obs	-	-	97.36 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3375	-0.8048	-0.4612	2.5767	2.0698	1.7062	-0.0052	0.0697	0.1757	-0.179	0.0078	-0.0046	-0.1359	-0.0276	-0.0025	0.0271	-0.0136	-0.0153	0.0414	0.0145	0.0535	-3.032	-11.784	-12.74
2	3.8291	0.2055	0.6391	6.2472	0.5023	0.1443	0.1194	-0.5801	0.0196	0.4375	-0.1755	0.4867	0.0618	-0.1155	0.0561	0.1106	-0.0533	0.0454	0.1254	-0.0265	0.135	-10.897	-12.04	-5.251
3	1.5521	0.1598	-2.1007	5.3463	-8.7196	16.7116	0.0192	0.0857	0.0657	-0.0136	0.0596	0.1381	-0.0413	-0.2974	-0.0789	0.1061	-0.019	-0.0278	0.0734	-0.043	0.1903	0.864	-0.447	-16.036
4	3.1134	1.4099	0.2214	3.7403	0.8765	0.5966	-0.0116	-0.1748	-0.2342	0.2207	-0.0543	-0.1422	0.1813	0.0739	0.0659	0.0684	0.0244	0.0114	0.0295	0.0378	0.0641	-0.193	-19.195	-9.8
5	4.5534	0.7567	-2.0254	4.001	-1.1627	6.7043	-0.0859	-0.2954	-0.2021	0.1404	-0.0823	-0.1984	0.0799	0.2291	0.1682	0.0196	0.0002	-0.0415	0.0235	0.0343	0.1618	8.907	-5.292	-10.459
6	5.964	-1.6512	-0.7138	5.2525	4.8822	8.6126	-0.0265	-0.4725	-0.0484	0.1719	-0.1658	0.2835	0.5117	0.0625	0.1923	0.045	0.0083	0	0.0888	-0.0079	0.1184	28.816	8.672	-7.01
7	6.5206	-1.3516	1.7643	3.5363	-0.2831	0.4833	0.0843	-0.0835	0.5506	-0.1133	-0.203	-0.2534	0.024	-0.0117	0.1187	0.0286	0.0039	0.0183	0.0923	-0.0899	0.1862	36.152	13.597	-7.4
8	5.4788	1.068	4.3009	3.7498	2.1217	13.6381	0.1581	0.1164	-0.0084	-0.1555	-0.0546	-0.1608	0.3196	0.3322	-0.1035	0.0261	0.003	0.0154	0.0623	-0.0176	0.1952	29.244	4.224	-12.672
9	5.2974	0.6924	1.1161	2.0907	1.2082	2.3277	-0.0853	-0.6457	1.0265	-0.0093	-0.0193	-0.0227	-0.1499	-0.0057	0.1046	0.0172	-0.0035	0.0136	0.0943	-0.1687	0.3924	27.032	19.989	-4.822
10	5.5219	0.4245	0.1897	2.8874	-0.9884	5.435	0.2106	-0.2317	0.1686	-0.0469	-0.0937	0.13	0.1994	0.084	-0.1169	0.0152	-0.0049	-0.0006	0.0127	-0.0144	0.0976	19.6	5.247	-11.498

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 42
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	43 - 65
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	66 - 82
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	83 - 118
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	119 - 156
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	0 - 18
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	19 - 62
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	63 - 87
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	88 - 120
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	121 - 156

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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