PDB-5osk: Tubulin-7j complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5osk

タイトル

Tubulin-7j complex

要素

Stathmin-4
Tubulin alpha-1B chain
Tubulin beta-2B chain
Tubulin-Tyrosine Ligase

キーワード

CELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / MICROTUBULE QUINAZOLINONES

機能・相同性

機能・相同性情報

tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / spindle microtubule / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Gallus gallus (ニワトリ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.11 Å

データ登録者

Menchon, G. / Prota, A.E. / Steinmetz, M.O. / Potter, B.V.L.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Quinazolinone-Based Anticancer Agents: Synthesis, Antiproliferative SAR, Antitubulin Activity, and Tubulin Co-crystal Structure.
著者: Dohle, W. / Jourdan, F.L. / Menchon, G. / Prota, A.E. / Foster, P.A. / Mannion, P. / Hamel, E. / Thomas, M.P. / Kasprzyk, P.G. / Ferrandis, E. / Steinmetz, M.O. / Leese, M.P. / Potter, B.V.L.

履歴

登録	2017年8月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年12月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2018年2月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5osk.cif.gz	924 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5osk.ent.gz	756.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5osk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5osk_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5osk_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	5osk_validation.xml.gz	85.8 KB	表示
CIF形式データ	5osk_validation.cif.gz	119.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/5osk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/5osk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5lxtS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5lyj-d 5xkg-d 4tv8-d 6agk-d 5m8d-d 6k9v-d 5xi5-d 5yz3-d 4i4t-d 5yls-d 6o5n-d 6lsm-d 4yj2-d 6pc4-d 5ezy-d 5kx5-d 6brf-d 5h7o-d 6br1-d 6fkl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (27)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (19)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (19)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta-2B chain

C: Tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta-2B chain

E: Stathmin-4

F: Tubulin-Tyrosine Ligase

ヘテロ分子

266 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.670, 159.920, 181.010
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質	Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: Brain / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質	Tubulin beta-2B chain 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: Brain / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質	Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質	Tubulin-Tyrosine Ligase 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 10種, 866分子

#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#8: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#10: 化合物	ChemComp-A9Q / 3-(2,5-Dimethoxybenzyl)-7-sulfamoyloxy-6-methoxy-3,4-dihydroquinazolin-2(1H)-one 分子量: 423.440 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₁N₃O₇S
#11: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#12: 化合物	ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂
#13: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#14: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 844 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.92 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.7 詳細: 10% PEG 4K, 16% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, and 100 mM MES/Imidazole (pH 6.7)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→49.8 Å / Num. obs: 172614 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 1 / R_sym value: 0.06 / Net I/σ(I): 19.5
反射シェル	解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 6.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.02 / Num. unique obs: 12620 / CC_1/2: 0.394 / R_sym value: 2.003 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 5LXT

5lxt

解像度: 2.11→49.792 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.88 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.232	8557	4.96 %	RANDOM
R_work	0.1951	-	-	-
obs	0.1969	172604	97.93 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.11→49.792 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17080	0	250	844	18174

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	17837
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.858	24186
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.223	10677
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	2626
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	3129

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1095-2.1335	0.3912	124	0.3637	2125	X-RAY DIFFRACTION	39
2.1335-2.1586	0.3737	268	0.3244	5527	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1586-2.1849	0.3362	304	0.3225	5488	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1849-2.2126	0.3461	287	0.3173	5531	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2126-2.2417	0.3268	278	0.2989	5509	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2417-2.2724	0.3295	281	0.2901	5528	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2724-2.3049	0.3317	253	0.2808	5618	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3049-2.3393	0.3264	302	0.275	5527	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3393-2.3758	0.308	270	0.2618	5531	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3758-2.4148	0.2818	269	0.2677	5577	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4148-2.4564	0.2993	277	0.2551	5550	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4564-2.5011	0.2912	285	0.2408	5540	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5011-2.5492	0.293	284	0.2388	5568	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5492-2.6012	0.267	281	0.2319	5536	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6012-2.6578	0.2691	337	0.2223	5542	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6578-2.7196	0.26	298	0.2268	5536	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7196-2.7876	0.2845	311	0.2271	5550	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7876-2.863	0.2822	272	0.2277	5588	X-RAY DIFFRACTION	100
2.863-2.9472	0.2582	322	0.2248	5536	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9472-3.0423	0.2643	271	0.2268	5575	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0423-3.151	0.2784	315	0.2128	5546	X-RAY DIFFRACTION	100
3.151-3.2772	0.2576	291	0.2088	5606	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2772-3.4263	0.2479	321	0.1973	5569	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4263-3.6069	0.2291	310	0.1886	5567	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6069-3.8328	0.1965	277	0.1733	5638	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8328-4.1286	0.195	283	0.1559	5628	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1286-4.5438	0.1833	293	0.1438	5667	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5438-5.2007	0.1821	284	0.1418	5677	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2007-6.55	0.2161	303	0.1831	5733	X-RAY DIFFRACTION	100
6.55-49.8061	0.1955	306	0.1839	5934	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5188	-0.4194	-0.5485	4.0885	1.4465	3.2083	-0.0217	0.2026	0.2044	-0.6248	0.4336	-0.529	-0.9303	0.5158	-0.3691	0.6473	-0.1777	0.1408	0.5927	-0.195	0.4995	32.1416	89.5946	52.1164
2	1.768	-0.0236	-0.2593	4.38	1.8097	4.2874	0.0979	0.0582	0.0743	0.3349	0.0009	0.255	-0.2071	-0.0431	-0.1252	0.4192	0.0325	0.06	0.3704	-0.0957	0.4163	19.7261	83.3308	66.1919
3	1.2075	-0.113	0.2121	5.727	2.5375	4.215	-0.0716	-0.1551	0.1282	1.0022	0.057	0.3984	-0.0476	-0.0795	-0.0235	0.5082	-0.0151	0.1324	0.4856	-0.1106	0.479	19.6131	84.5083	73.9233
4	1.8178	-0.7065	-0.1226	5.3051	3.0283	7.0579	-0.1308	0.0082	-0.1186	0.8144	0.4305	-0.4734	0.8941	1.1958	-0.3097	0.4609	0.1671	-0.0909	0.5148	-0.1585	0.5877	33.3908	62.7252	60.6496
5	5.882	-2.2047	-0.5954	8.3353	1.4337	4.7296	0.2227	0.2334	0.814	-0.5503	-0.1385	0.1886	-1.0167	-0.2179	-0.0377	0.5174	0.052	0.0397	0.3843	0.0159	0.4799	16.007	70.9242	19.2126
6	2.0475	-0.7131	-1.2649	5.5824	0.8856	3.1796	0.2689	0.3174	0.1391	-0.5253	-0.0308	-0.3798	-0.451	0.2862	-0.2347	0.3958	-0.0029	0.0708	0.5622	-0.0735	0.4273	29.2692	57.1202	14.5453
7	1.9928	0.7497	-0.051	5.9527	1.9975	3.5356	0.0349	-0.2374	0.1747	-0.0155	0.0317	-0.1926	-0.1393	0.2205	-0.0482	0.2344	0.0212	0.0383	0.3522	-0.1186	0.3437	24.5976	53.9393	26.0373
8	6.5094	-1.9164	0.1065	2.4966	-1.5703	3.4648	0.0128	-0.2576	-0.5709	0.0066	-0.1379	0.7926	0.6107	-1.2898	0.1269	0.4005	-0.0895	0.0893	0.767	-0.2886	0.5886	5.4636	51.3041	28.4701
9	2.2244	-0.7451	0.0478	2.1748	0.8904	3.6067	0.0455	-0.0732	0.2099	-0.0453	-0.0381	0.1631	-0.355	-0.4672	-0.0037	0.3856	0.0459	0.0741	0.4447	-0.1516	0.4728	10.5703	62.761	35.938
10	3.3071	-0.8676	0.8281	2.7749	-0.569	3.9106	-0.1461	-0.211	0.1208	0.5181	0.0641	0.4433	-0.3724	-0.904	0.044	0.5741	0.0674	0.1453	0.7238	-0.1826	0.5804	6.4866	61.5425	45.0123
11	0.2274	-1.3576	-0.8716	6.3166	4.3895	3.813	-0.0648	-0.1533	0.0216	0.4964	0.0268	0.4674	0.4171	-0.1029	0.0102	0.3958	-0.0178	0.0861	0.4437	-0.0993	0.4015	15.9147	41.9128	34.0016
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13	1.8073	-0.7197	-0.1187	3.3657	0.2587	2.3401	-0.0261	0.2411	0.1125	-0.3438	0.0676	-0.0163	-0.1925	0.1013	-0.0325	0.3056	-0.0906	0.031	0.3778	-0.0323	0.3164	20.3588	33.3907	-11.9248
14	1.173	-0.4597	0.1195	1.908	0.9334	1.8402	-0.0553	-0.0202	0.0903	0.0846	-0.0431	0.1615	0.0293	-0.2554	0.0904	0.2474	-0.0652	0.0336	0.311	-0.0302	0.3355	7.8872	26.1988	3.282
15	4.6347	-0.9143	-0.817	4.4636	1.4238	4.1646	-0.2733	1.2191	0.2615	-0.8121	0.427	0.1154	-0.0082	-0.3074	-0.0898	0.6865	-0.2724	-0.0005	1.0612	-0.0134	0.4096	17.4738	9.4282	-44.3571
16	1.9441	0.0041	-0.0419	2.1502	0.1803	3.1484	-0.2043	0.6925	-0.3064	-0.4202	0.2744	-0.2	0.5034	-0.0586	-0.0895	0.6393	-0.1247	0.0767	0.7331	-0.2538	0.4827	21.4706	-2.563	-33.7055
17	3.1689	-0.1829	0.2832	3.3487	-0.4652	3.5242	-0.2084	0.4685	-0.3471	-0.0591	0.3299	0.1762	0.4003	-0.5215	-0.0677	0.4904	-0.1824	0.0448	0.5986	-0.1247	0.4267	9.2154	-4.2449	-21.3539
18	5.3269	-0.9607	-2.3818	4.0715	0.2977	4.5723	-0.286	0.039	-0.945	0.1643	0.2263	-0.5368	1.0324	0.7862	-0.2111	0.8874	0.0179	0.0455	0.6281	-0.2887	0.804	30.9408	-16.8621	-24.2145
19	3.3752	-1.4898	-1.2393	8.206	-0.9416	3.3156	-0.0097	-0.4023	0.0266	1.7246	0.2705	0.187	-1.2695	1.3252	-0.3634	0.9022	-0.125	-0.0551	0.9319	-0.2423	0.6035	28.427	93.8912	82.4553
20	0.522	-0.6513	-0.7497	1.4171	1.306	1.9899	-0.0486	0.0074	-0.0112	0.1527	0.5527	-0.4999	0.321	0.7645	-0.6398	0.4407	0.0545	0.0413	0.8102	-0.2559	0.7219	43.5313	28.3953	4.1251
21	5.9529	2.6925	-1.7114	8.0061	1.248	6.9276	-0.6051	0.8962	-1.0449	-0.0875	0.2552	-0.2389	1.9172	-0.7176	0.1957	1.1341	-0.1884	0.1922	0.8012	-0.1844	0.6748	6.3662	55.3665	70.0567
22	3.736	0.1478	0.6002	3.9018	-1.3552	5.3635	-0.0524	-1.1968	-0.6735	0.6313	-0.527	-0.8162	0.2546	1.9289	0.5347	0.9829	0.2752	-0.0772	1.4018	0.2012	0.8766	13.6129	59.8943	105.949
23	3.6853	0.7144	-2.547	2.1473	-0.5731	2.9914	-0.5629	0.0144	-0.9594	0.164	0.2969	-0.02	1.2068	-0.1748	0.0847	1.1156	0.0162	0.1616	0.5633	0.0474	0.7674	-2.3314	54.9921	93.2256

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 180)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 181 through 311)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 312 through 401)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 402 through 436)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 2 through 88)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 89 through 127)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 128 through 197)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 198 through 223)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 224 through 295)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 296 through 373)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 374 through 401)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 402 through 437)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 1 through 197)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 198 through 440)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 2 through 88)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 89 through 295)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 296 through 401)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 402 through 441)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'E' and (resid 6 through 46)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'E' and (resid 47 through 143)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'F' and (resid 1 through 66)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resid 67 through 198)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resid 199 through 380)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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