+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5osk | ||||||
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Title | Tubulin-7j complex | ||||||
Components |
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Keywords | CELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / MICROTUBULE QUINAZOLINONES | ||||||
Function / homology | Function and homology information tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / spindle microtubule / Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on GTP to facilitate cellular and subcellular movement / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton ...tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / spindle microtubule / Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on GTP to facilitate cellular and subcellular movement / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / microtubule cytoskeleton / neuron projection development / nervous system development / mitotic cell cycle / growth cone / microtubule / neuron projection / protein heterodimerization activity / nucleotide binding / GTPase activity / GTP binding / Golgi apparatus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Rattus norvegicus (Norway rat) Gallus gallus (chicken) Bos taurus (cattle) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 2.11 Å | ||||||
Authors | Menchon, G. / Prota, A.E. / Steinmetz, M.O. / Potter, B.V.L. | ||||||
Funding support | Switzerland, 1items
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Citation | Journal: J. Med. Chem. / Year: 2018 Title: Quinazolinone-Based Anticancer Agents: Synthesis, Antiproliferative SAR, Antitubulin Activity, and Tubulin Co-crystal Structure. Authors: Dohle, W. / Jourdan, F.L. / Menchon, G. / Prota, A.E. / Foster, P.A. / Mannion, P. / Hamel, E. / Thomas, M.P. / Kasprzyk, P.G. / Ferrandis, E. / Steinmetz, M.O. / Leese, M.P. / Potter, B.V.L. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5osk.cif.gz | 924 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5osk.ent.gz | 756.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5osk.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5osk_validation.pdf.gz | 2.3 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5osk_full_validation.pdf.gz | 2.4 MB | Display | |
Data in XML | 5osk_validation.xml.gz | 85.8 KB | Display | |
Data in CIF | 5osk_validation.cif.gz | 119.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/5osk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/5osk | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5lxtS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 4 types, 6 molecules ACBDEF
#1: Protein | Mass: 50204.445 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Bos taurus (cattle) / Tissue: Brain / References: UniProt: P81947 #2: Protein | Mass: 49999.887 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Bos taurus (cattle) / Tissue: Brain / References: UniProt: Q6B856 #3: Protein | | Mass: 16844.162 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rattus norvegicus (Norway rat) / Gene: Stmn4 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P63043 #4: Protein | | Mass: 44378.496 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Gallus gallus (chicken) / Gene: TTL / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: E1BQ43 |
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-Non-polymers , 10 types, 866 molecules
#5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-MG / #7: Chemical | ChemComp-GOL / #8: Chemical | #9: Chemical | ChemComp-MES / | #10: Chemical | ChemComp-A9Q / | #11: Chemical | ChemComp-CA / | #12: Chemical | #13: Chemical | ChemComp-ACP / | #14: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.92 Å3/Da / Density % sol: 57.92 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / pH: 6.7 Details: 10% PEG 4K, 16% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, and 100 mM MES/Imidazole (pH 6.7) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Jun 9, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→49.8 Å / Num. obs: 172614 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 6.7 % / CC1/2: 1 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 19.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.16 Å / Redundancy: 6.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.02 / Num. unique obs: 12620 / CC1/2: 0.394 / Rsym value: 2.003 / % possible all: 99.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESIS Starting model: 5LXT Resolution: 2.11→49.792 Å / SU ML: 0.28 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 26.88 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.11→49.792 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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