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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5orp | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of Aurora-A kinase in complex with an allosterically binding fragment | |||||||||
![]() | Aurora kinase A | |||||||||
![]() | TRANSFERASE / kinase / allosteric inhibitor / fragment | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Interaction between PHLDA1 and AURKA / regulation of centrosome cycle / axon hillock / spindle assembly involved in female meiosis I / cilium disassembly / positive regulation of oocyte maturation / spindle pole centrosome / histone H3S10 kinase activity / chromosome passenger complex / pronucleus ...Interaction between PHLDA1 and AURKA / regulation of centrosome cycle / axon hillock / spindle assembly involved in female meiosis I / cilium disassembly / positive regulation of oocyte maturation / spindle pole centrosome / histone H3S10 kinase activity / chromosome passenger complex / pronucleus / mitotic centrosome separation / meiotic spindle / germinal vesicle / protein localization to centrosome / anterior/posterior axis specification / centrosome localization / neuron projection extension / spindle organization / positive regulation of mitochondrial fission / mitotic spindle pole / SUMOylation of DNA replication proteins / spindle midzone / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / centriole / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / AURKA Activation by TPX2 / positive regulation of mitotic nuclear division / positive regulation of mitotic cell cycle / mitotic spindle organization / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / ciliary basal body / regulation of cytokinesis / regulation of signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of protein binding / molecular function activator activity / liver regeneration / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / regulation of protein stability / mitotic spindle / kinetochore / response to wounding / spindle / G2/M transition of mitotic cell cycle / microtubule cytoskeleton / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / mitotic cell cycle / midbody / peptidyl-serine phosphorylation / basolateral plasma membrane / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / microtubule / protein autophosphorylation / postsynaptic density / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein heterodimerization activity / cell division / protein phosphorylation / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / glutamatergic synapse / ubiquitin protein ligase binding / negative regulation of apoptotic process / apoptotic process / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | McIntyre, P.J. / Collins, P.M. / von Delft, F. / Bayliss, R. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Characterization of Three Druggable Hot-Spots in the Aurora-A/TPX2 Interaction Using Biochemical, Biophysical, and Fragment-Based Approaches. 著者: McIntyre, P.J. / Collins, P.M. / Vrzal, L. / Birchall, K. / Arnold, L.H. / Mpamhanga, C. / Coombs, P.J. / Burgess, S.G. / Richards, M.W. / Winter, A. / Veverka, V. / Delft, F.V. / Merritt, A. / Bayliss, R. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 68.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 52.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5orlC ![]() 5ornC ![]() 5oroC ![]() 5orrC ![]() 5orsC ![]() 5ortC ![]() 5orvC ![]() 5orwC ![]() 5orxC ![]() 5oryC ![]() 5orzC ![]() 5os0C ![]() 5os1C ![]() 5os2C ![]() 5os3C ![]() 5os4C ![]() 5os5C ![]() 5os6C ![]() 5osdC ![]() 5oseC ![]() 5osfC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30798.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: AURKA, AIK, AIRK1, ARK1, AURA, AYK1, BTAK, IAK1, STK15, STK6 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: O14965, non-specific serine/threonine protein kinase | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-ADP / | ||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-A5K / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.43 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris, pH 8.5: 0.5 M NaCl: 0.2 M MgCl2: 32.5 % v/v PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月15日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9282 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.19→65.839 Å / Num. obs: 33989 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.468 % / Biso Wilson estimate: 59.681 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rrim(I) all: 0.072 / Χ2: 1.023 / Net I/σ(I): 21.74 / Num. measured all: 355786 / Scaling rejects: 16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.19→65.839 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.79
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 146.55 Å2 / Biso mean: 58.9207 Å2 / Biso min: 34.46 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.19→65.839 Å
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