+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3hx3 | ||||||
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Title | Crystal structure of CRALBP mutant R234W | ||||||
Components | Retinaldehyde-binding protein 1 | ||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / lipid transfer protein / 11-cis-retinal / bothnia dystrophy / Acetylation / Cytoplasm / Disease mutation / Retinitis pigmentosa / Retinol-binding / Sensory transduction / Transport / Vision | ||||||
Function / homology | Function and homology information The retinoid cycle in cones (daylight vision) / 11-cis retinal binding / vitamin A metabolic process / response to stimulus / phosphatidylinositol bisphosphate binding / retinol binding / Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / visual perception / cell body ...The retinoid cycle in cones (daylight vision) / 11-cis retinal binding / vitamin A metabolic process / response to stimulus / phosphatidylinositol bisphosphate binding / retinol binding / Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / visual perception / cell body / centrosome / nucleoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.69 Å | ||||||
Authors | Stocker, A. / He, X. / Lobsiger, J. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2009 Title: Bothnia dystrophy is caused by domino-like rearrangements in cellular retinaldehyde-binding protein mutant R234W. Authors: He, X. / Lobsiger, J. / Stocker, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3hx3.cif.gz | 123.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3hx3.ent.gz | 99.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3hx3.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hx/3hx3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hx/3hx3 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 36693.340 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: R234W Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: CRALBP, RLBP1 / Plasmid: pET28a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P12271 |
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#2: Chemical | ChemComp-RET / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.19 Å3/Da / Density % sol: 43.81 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion / pH: 7.5 Details: PEG 3000, NaCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 0.9793 Å |
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Sep 22, 2008 |
Radiation | Monochromator: Si(111) Channel / Protocol: SAD / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.69→45.577 Å / Num. all: 69614 / Num. obs: 67824 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 30.96 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 19.8 |
Reflection shell | Resolution: 1.69→1.8 Å / Redundancy: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.576 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 11226 / Num. unique obs: 9663 / % possible all: 86.1 |
-Phasing
Phasing | Method: SAD | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD | D res high: 1.78 Å / D res low: 19.45 Å / FOM : 0.53 / FOM acentric: 0.547 / FOM centric: 0.169 / Reflection: 30506 / Reflection acentric: 29134 / Reflection centric: 1362 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm | FOM : 0.69 / FOM acentric: 0.7 / FOM centric: 0.52 / Reflection: 30515 / Reflection acentric: 29153 / Reflection centric: 1362 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.69→45.577 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.2 / σ(F): 0 / Stereochemistry target values: ML Details: The Friedel pairs were used in phasing and in refinement.
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 56.973 Å2 / ksol: 0.354 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 110.75 Å2 / Biso mean: 32.6 Å2 / Biso min: 12.09 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.2039 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.69→45.577 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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