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- PDB-5orz: Crystal structure of Aurora-A kinase in complex with an allosteri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5orz
タイトルCrystal structure of Aurora-A kinase in complex with an allosterically binding fragment
要素Aurora kinase A
キーワードTRANSFERASE / kinase / allosteric inhibitor / fragment
機能・相同性
機能・相同性情報


Interaction between PHLDA1 and AURKA / regulation of centrosome cycle / axon hillock / spindle assembly involved in female meiosis I / cilium disassembly / spindle pole centrosome / chromosome passenger complex / positive regulation of oocyte maturation / pronucleus / mitotic centrosome separation ...Interaction between PHLDA1 and AURKA / regulation of centrosome cycle / axon hillock / spindle assembly involved in female meiosis I / cilium disassembly / spindle pole centrosome / chromosome passenger complex / positive regulation of oocyte maturation / pronucleus / mitotic centrosome separation / germinal vesicle / meiotic spindle / protein localization to centrosome / anterior/posterior axis specification / centrosome localization / neuron projection extension / spindle organization / positive regulation of mitochondrial fission / mitotic spindle pole / SUMOylation of DNA replication proteins / spindle midzone / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / centriole / positive regulation of mitotic cell cycle / positive regulation of mitotic nuclear division / mitotic spindle organization / negative regulation of protein binding / AURKA Activation by TPX2 / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / ciliary basal body / liver regeneration / regulation of cytokinesis / molecular function activator activity / regulation of signal transduction by p53 class mediator / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / regulation of protein stability / kinetochore / response to wounding / mitotic spindle / spindle / G2/M transition of mitotic cell cycle / microtubule cytoskeleton / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / mitotic cell cycle / midbody / peptidyl-serine phosphorylation / histone H3S10 kinase activity / protein autophosphorylation / basolateral plasma membrane / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / microtubule / histone H2AS1 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / postsynaptic density / protein heterodimerization activity / protein phosphorylation / cell division / negative regulation of gene expression / protein serine/threonine kinase activity / protein serine kinase activity / centrosome / ubiquitin protein ligase binding / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aurora kinase A / Aurora kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain ...Aurora kinase A / Aurora kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-A6W / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Aurora kinase A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.92 Å
データ登録者McIntyre, P.J. / Collins, P.M. / von Delft, F. / Bayliss, R.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Cancer Research UKC24461/A12772 英国
Cancer Research UKC24461/A23302 英国
引用ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: Characterization of Three Druggable Hot-Spots in the Aurora-A/TPX2 Interaction Using Biochemical, Biophysical, and Fragment-Based Approaches.
著者: McIntyre, P.J. / Collins, P.M. / Vrzal, L. / Birchall, K. / Arnold, L.H. / Mpamhanga, C. / Coombs, P.J. / Burgess, S.G. / Richards, M.W. / Winter, A. / Veverka, V. / Delft, F.V. / Merritt, A. / Bayliss, R.
履歴
登録2017年8月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aurora kinase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6208
ポリマ－30,7981
非ポリマー8217
水1,63991
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1480 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area12720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.970, 81.970, 175.490
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-404-

CL

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Aurora kinase A / Aurora 2 / Aurora/IPL1-related kinase 1 / hARK1 / Breast tumor-amplified kinase / Serine/threonine- ...Aurora 2 / Aurora/IPL1-related kinase 1 / hARK1 / Breast tumor-amplified kinase / Serine/threonine-protein kinase 15 / Serine/threonine-protein kinase 6 / Serine/threonine-protein kinase aurora-A


分子量: 30798.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: AURKA, AIK, AIRK1, ARK1, AURA, AYK1, BTAK, IAK1, STK15, STK6
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O14965, non-specific serine/threonine protein kinase

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非ポリマー , 5種, 98分子

#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-A6W / methyl 3-azanyl-5-thiophen-2-yl-thiophene-2-carboxylate


分子量: 239.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H9NO2S2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.48 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris, pH 8.5: 0.5 M NaCl: 0.2 M MgCl2: 32.5 % v/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9282 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9282 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→40.985 Å / Num. obs: 50418 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.402 % / Biso Wilson estimate: 55.269 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Rrim(I) all: 0.04 / Χ2: 0.997 / Net I/σ(I): 26.83
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.92-1.9710.6091.921.337180.5472.018100
1.97-2.0210.5051.4741.7936120.6921.549100
2.02-2.0810.3280.9432.7735530.8290.992100
2.08-2.159.6420.613434460.9030.64799.8
2.15-2.2210.3070.4395.7133470.9560.461100
2.22-2.310.8550.3188.0131760.9780.334100
2.3-2.3810.7930.22810.7631030.9890.239100
2.38-2.4810.7420.18213.2630100.9920.192100
2.48-2.5910.6060.13317.3628460.9960.14100
2.59-2.7210.2850.09722.4427470.9970.102100
2.72-2.869.7540.07129.4126090.9980.075100
2.86-3.0411.020.05340.5924670.9990.056100
3.04-3.2510.8180.04449.4223140.9990.046100
3.25-3.5110.5580.03362.38214810.034100
3.51-3.8410.0940.02869.51197810.0399.9
3.84-4.299.2630.02476.4181110.02699.9
4.29-4.9610.6770.02186.01157110.023100
4.96-6.0710.4260.02284.01134610.024100
6.07-8.599.3720.02181.96103410.02399.8
8.59-40.98510.8080.0293.9658210.02199

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
xia2データ削減
PHENIX位相決定
精密化解像度: 1.92→40.985 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.35
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2443 1382 5.04 %
Rwork0.1972 --
obs0.1994 27428 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 148.29 Å2 / Biso mean: 56.5727 Å2 / Biso min: 31.57 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.92→40.985 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2145 0 47 91 2283
Biso mean--63.9 57.24 -
残基数----265
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1449-0.07990.65430.42430.20170.3512-0.03480.009-0.3357-0.07750.113-0.21680.2579-0.0254-0.00010.467-0.04690.03350.4531-0.15040.5026-0.481921.7702-11.9098
22.58820.261-0.34140.047-0.03380.3361-0.2351-0.229-1.5861-0.35370.06290.11520.0006-0.9099-0.07310.649-0.034-0.02370.6877-0.35630.5413-16.358920.6552-17.0922
32.3946-0.5976-0.41891.92790.38360.4761-0.08030.2337-0.0422-0.23510.165-0.056-0.0452-0.0669-0.00010.3912-0.0504-0.03270.4722-0.04150.3457-14.431633.1803-10.7287
40.6858-0.1936-0.05430.8229-0.44470.9260.04430.3493-0.0533-0.04640.0250.04230.17-0.305400.4127-0.0444-0.03880.4236-0.05930.4468-27.942732.1161-3.6815
50.1176-0.07640.04670.1145-0.11850.2331-0.4493-0.56420.00660.52790.17020.1574-0.1513-0.45840.00010.4627-0.00450.07320.4653-0.06970.4626-29.055130.48557.6196
60.6664-0.3794-0.21221.1650.54281.0062-0.05550.30610.5473-0.13330.00990.5047-0.5103-0.5115-0.00010.41220.0436-0.08520.47050.03020.5246-29.880745.7702-4.9418
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 127 through 172 )A127 - 172
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 173 through 187 )A173 - 187
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 188 through 287 )A188 - 287
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 289 through 324 )A289 - 324
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 325 through 343 )A325 - 343
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 344 through 391 )A344 - 391

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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