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万見
- PDB-5oph: G-quadruplex structure of DNA oligonucleotide containing GGGGCC r... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5oph
タイトルG-quadruplex structure of DNA oligonucleotide containing GGGGCC repeats linked to ALS and FTD
要素DNA (5'-D(*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*(BGM)P*G)-3')
キーワードDNA / G-quadruplex / Nucelar Magnetic Resonance / K+ solution / Antiparallel / Four G-quartets / Edgewise loops / Stacking / GGGGCC-repat / ALS and FTD / Neurodegenerative disorders / Repetitive Sequences / Nucleic Acid / 8Br-dG / modified residue
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Brcic, J. / Plavec, J.
資金援助 スロベニア, 1件
組織認可番号国
Slovenian Research AgencyP1-0242 スロベニア
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: NMR structure of a G-quadruplex formed by four d(G4C2) repeats: insights into structural polymorphism.
著者: Brcic, J. / Plavec, J.
履歴
登録2017年8月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年12月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection
カテゴリ: pdbx_nmr_software / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.42019年6月19日Group: Data collection
カテゴリ: pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _pdbx_nmr_spectrometer.details / _pdbx_nmr_spectrometer.manufacturer / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.52024年5月15日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*(BGM)P*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,0361
ポリマ－7,0361
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area590 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area3860 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*(BGM)P*G)-3')


分子量: 7036.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic22D 1H-1H NOESY
192isotropic22D 1H-1H NOESY
122isotropic22D 1H-1H TOCSY
142isotropic12D DQF-COSY
152isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
162isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
173isotropic11D 15N-edited HSQC
183isotropic11D 13C-edited HSQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系詳細
solution11.0 mM DNA (5'-D(*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*(BGM)P*G)-3'), 30 mM potassium chloride, 20 mM potassium phosphate, 90% H2O/10% D2Osl2_aqu_H2O90% H2O/10% D2O
solution20.4 mM DNA (5'-D(*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*(BGM)P*G)-3'), 30 mM potassium chloride, 20 mM potassium phosphate, 100% D2Osl2_aqu_D2O100% D2O
solution30.3 mM one guanine in the sequence labeled 5% 15N and 13 C DNA (5'-D(*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*(BGM)P*G)-3'), 30 mM potassium chloride, 20 mM potassium phosphate, 90% H2O/10% D2Osamples_labeled90% H2O/10% D2O8% residue-specifically double 15 N, 13 C-labelled samples (15 distinct samples, for every DG in the molecule)
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.0 mMDNA (5'-D(*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*(BGM)P*G)-3')natural abundance1
30 mMpotassium chloridenatural abundance1
20 mMpotassium phosphatenatural abundance1
0.4 mMDNA (5'-D(*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*(BGM)P*G)-3')natural abundance2
30 mMpotassium chloridenatural abundance2
20 mMpotassium phosphatenatural abundance2
0.3 mMDNA (5'-D(*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*GP*GP*CP*CP*GP*GP*(BGM)P*G)-3')one guanine in the sequence labeled 5% 15N and 13 C3
30 mMpotassium chloridenatural abundance3
20 mMpotassium phosphatenatural abundance3
試料状態イオン強度: 53 mM / Label: 298 K / pH: 5.8 / 圧: 1 bar / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Varian VNMRSVarianVNMRS6001Agilent-Varian
Varian VNMRSVarianVNMRS8002Agilent-Varian

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Amber14Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
Amber14Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollmanstructure calculation
SparkyGoddardchemical shift assignment
VNMRVarian解析
SparkyGoddardpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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