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万見
- PDB-1u64: The Solution Structure of d(G3T4G4)2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1u64
タイトルThe Solution Structure of d(G3T4G4)2
要素5'-D(*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3'
キーワードDNA / G-quadruplex / monovalent cations
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / simulated annealing, energy minimization
データ登録者Sket, P. / Crnugelj, M. / Plavec, J.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2004
タイトル: d(G3T4G4) forms unusual dimeric G-quadruplex structure with the same general fold in the presence of K+, Na+ or NH4+ ions.
著者: Sket, P. / Crnugelj, M. / Plavec, J.
履歴
登録2004年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3'
B: 5'-D(*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,9532
ポリマ－6,9532
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)8 / 50structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy
代表モデルモデル #5fewest violations, lowest energy

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3'


分子量: 3476.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: Oligomer has been prepared on solid state support using phosphoramidite chemistry

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
2212D NOESY
231PE-COSY
2412D TOCSY
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

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試料調製

詳細内容: 4mM dG3T4G4 per strand; 90% H2O, 10% D2O, 15mM KCl; pH 5.5
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
115mM KCl 5.5ambient 278 K
215mM KCl 5.5ambient 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.1BVariancollection
Felix2000Accelerys解析
Amber7Kollman, at all精密化
精密化手法: simulated annealing, energy minimization / ソフトェア番号: 1
詳細: 414 NOE-derived distance restraints associated with the nonexchangeable and exchangeable protons; 24 hydrogen-bond restraints; 66 torsion angle restraints for sugar moieties. For each of five ...詳細: 414 NOE-derived distance restraints associated with the nonexchangeable and exchangeable protons; 24 hydrogen-bond restraints; 66 torsion angle restraints for sugar moieties. For each of five different initial structures ten simulated annealing calculations at 700 K with NMR restraints using a generalized Born (GB) implicit solvation model were performed for 60 ps. The resulting structures were subjected to energy minimization
代表構造選択基準: fewest violations, lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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