PDB-5oo5: Streptomyces PAC13 with uridine uronic acid

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5oo5

タイトル

Streptomyces PAC13 with uridine uronic acid

要素

Putative cupin_2 domain-containing isomerase

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / Pac13 / Dehydratase / Pacidamycin

機能・相同性

RmlC-like cupin domain superfamily / isomerase activity / RmlC-like jelly roll fold / uridine uronic acid / Putative cupin_2 domain-containing isomerase

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces coeruleorubidus (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.78 Å

データ登録者

Chung, C. / Michailidou, F.

引用

ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2017
タイトル: Pac13 is a Small, Monomeric Dehydratase that Mediates the Formation of the 3'-Deoxy Nucleoside of Pacidamycins.
著者: Michailidou, F. / Chung, C.W. / Brown, M.J.B. / Bent, A.F. / Naismith, J.H. / Leavens, W.J. / Lynn, S.M. / Sharma, S.V. / Goss, R.J.M.

履歴

登録	2017年8月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年8月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.2	2017年10月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5oo5.cif.gz	45.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5oo5.ent.gz	31.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5oo5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5oo5_validation.pdf.gz	735.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5oo5_full_validation.pdf.gz	735.3 KB	表示
XML形式データ	5oo5_validation.xml.gz	9.2 KB	表示
CIF形式データ	5oo5_validation.cif.gz	13.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/5oo5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oo/5oo5	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5njnC 5njoC 5oo4C 5oo8C 5oo9C 5ooaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5oo4-d 5oo9-d 5lsl-2 1sza-3 4r1k-2 1sz9-3 5ooa-d 5lsl-3 5lsl-4 5o4y-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative cupin_2 domain-containing isomerase

ヘテロ分子

14.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.489, 66.489, 55.232
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-333- HOH
2	1	A-504- HOH

#1: タンパク質	Putative cupin_2 domain-containing isomerase / Putative uncharacterized protein pac13 分子量: 14111.614 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces coeruleorubidus (バクテリア) 遺伝子: pac13, pacM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E2EKP5
#2: 化合物	ChemComp-UUA / uridine uronic acid 分子量: 258.185 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₀N₂O₇
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.73 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.8 / 詳細: 16% PEG3350,0.1M MgCl2,0.2MBis-Tris pH 8.8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.78→57.85 Å / Num. obs: 13723 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 16.66 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 19.4
反射シェル	解像度: 1.78→1.93 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.248 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique obs: 2788 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.78→57.58 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 2.359 / SU ML: 0.074 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.112 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19512	673	4.9 %	RANDOM
R_work	0.15311	-	-	-
obs	0.15508	12994	98.91 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.655 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.06 Å²	0.03 Å²	0 Å²
2-	-	0.06 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.78→57.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	977	0	18	208	1203

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.019	1116
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	980
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.222	1.946	1533
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.709	3	2262
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	12.961	5	140
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.875	23.39	59
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.264	15	172
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.275	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	161
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	1339
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	288
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.92	1.865	533
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.917	1.863	532
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.535	4.182	682
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.535	4.183	683
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.57	2.147	583
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.569	2.147	583
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.644	4.663	851
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.931	9.837	1358
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.399	9.092	1257
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.783→1.829 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.255	63	-
R_work	0.2	914	-
obs	-	-	98.29 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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