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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5oml | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Trypanosoma Brucei PEX14 N-terminal domain in complex with small molecules to investigate the water envelope | ||||||
![]() | Peroxin 14 | ||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN / Peroxisomal Translocation / PPI inhibition / Protein-Inhibitor Complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() glycosome membrane / peroxisomal importomer complex / protein import into peroxisome matrix, docking / protein targeting to vacuole / glycosome / post-transcriptional regulation of gene expression / signaling receptor binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ratkova, E.L. / Dawidowski, M. / Napolitano, V. / Dubin, G. / Fino, R. / Popowicz, G. / Sattler, M. / Tetko, I.V. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of Trypanosoma Brucei PEX14 N-terminal domain in complex with small molecules to investigate the water envelope 著者: Ratkova, E.L. / Dawidowski, M. / Napolitano, V. / Dubin, G. / Fino, R. / Popowicz, G. / Sattler, M. / Tetko, I.V. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 83.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 63.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 29.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5aonS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Refine code: _
NCSアンサンブル:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7754.945 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: PEX14 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-9YB / ( #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | ChemComp-BME / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.12 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.22M Li2SO4 0.1M Tris-HCl pH8.5 29% PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月14日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.033 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.5→20 Å / Num. obs: 48921 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.501 % / Biso Wilson estimate: 29.403 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rrim(I) all: 0.067 / Χ2: 1.239 / Net I/σ(I): 9.04 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5AON 解像度: 1.5→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 1.67 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.076 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 90.4 Å2 / Biso mean: 24.751 Å2 / Biso min: 12.4 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.5→20 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.499→1.538 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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