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- PDB-5omd: Crystal structure of S. cerevisiae Ddc2 N-terminal coiled-coil domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5omd
タイトルCrystal structure of S. cerevisiae Ddc2 N-terminal coiled-coil domain
要素DNA damage checkpoint protein LCD1
キーワードPROTEIN BINDING / coiled-coil / dimerization
機能・相同性
機能・相同性情報


ATR-ATRIP complex / regulation of double-strand break repair / nucleobase-containing compound metabolic process / nuclear chromosome / telomere maintenance via telomerase / DNA damage checkpoint signaling / establishment of protein localization / chromatin organization / damaged DNA binding / DNA repair ...ATR-ATRIP complex / regulation of double-strand break repair / nucleobase-containing compound metabolic process / nuclear chromosome / telomere maintenance via telomerase / DNA damage checkpoint signaling / establishment of protein localization / chromatin organization / damaged DNA binding / DNA repair / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA damage checkpoint protein, Lcd1 / DNA damage checkpoint protein
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA damage checkpoint protein LCD1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Deshpande, I. / Seeber, A. / Shimada, K. / Keusch, J.J. / Gut, H. / Gasser, S.M.
引用ジャーナル: Mol. Cell / 年: 2017
タイトル: Structural Basis of Mec1-Ddc2-RPA Assembly and Activation on Single-Stranded DNA at Sites of Damage.
著者: Deshpande, I. / Seeber, A. / Shimada, K. / Keusch, J.J. / Gut, H. / Gasser, S.M.
履歴
登録2017年7月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA damage checkpoint protein LCD1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,7341
ポリマ－7,7341
非ポリマー00
水81145
1
A: DNA damage checkpoint protein LCD1

A: DNA damage checkpoint protein LCD1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4682
ポリマ－15,4682
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area2610 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area9770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.940, 19.890, 30.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number17
Space group name H-MP2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-209-

HOH

21A-230-

HOH

31A-242-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 DNA damage checkpoint protein LCD1 / DNA damage checkpoint protein 2 / Lethal / checkpoint-defective / DNA damage-sensitive protein 1


分子量: 7733.979 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 73-136 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: LCD1, DDC2, PIE1, YDR499W / プラスミド: pOPINF / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q04377
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl, 24% PEG 400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00005 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00005 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 4644 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.08 % / Biso Wilson estimate: 35.69 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 13.23
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 5.72 % / Mean I/σ(I) obs: 2.19 / Num. unique obs: 330 / CC1/2: 0.706 / Rsym value: 0.856 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.5精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1A92

1a92


解像度: 2.1→38.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9406 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9456 / SU R Cruickshank DPI: 0.231 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.269 / SU Rfree Blow DPI: 0.209 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.196
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2695 558 12.02 %RANDOM
Rwork0.228 ---
obs0.2333 4644 99.87 %-
原子変位パラメータBiso mean: 51.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.3516 Å20 Å20 Å2
2---2.6571 Å20 Å2
3----2.6945 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.347 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→38.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数506 0 0 45 551
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01521HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.15692HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d214SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes22HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes68HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it521HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.96
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.35
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion64SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies1HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact663SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.35 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2628 151 12.02 %
Rwork0.2217 1105 -
all0.2268 1256 -
obs--99.87 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 28.4228 Å / Origin y: 5.3861 Å / Origin z: 14.1176 Å
111213212223313233
T-0.095 Å20.0124 Å2-0.0412 Å2--0.2433 Å20.0653 Å2--0.0678 Å2
L16.0356 °20.6179 °20.4864 °2-0.4724 °20.2653 °2--1.0497 °2
S0.2186 Å °0.3374 Å °-0.649 Å °0.0718 Å °-0.1014 Å °-0.3835 Å °0.0526 Å °0.2044 Å °-0.1172 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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